明朝共有北京、鳳陽、南京三個都城，朱元璋在南京稱帝後，開始大肆營建南京宮殿，他在位30多年就建了30多年，形成了皇宮、內城、外城、外城郭等建築圈。1402年朱棣篡位後，打到南京並沒有毀城，隨後定都北京，作為陪都的南京城，依然沒停止營建、修繕。萬曆時，歐洲傳教士利瑪竇來中國，看到南京城後，感嘆為世界上最雄偉壯觀的城市，明朝滅亡時南京故宮都保存完好。
圖為明代南京皇城宮城復原圖。
歷史上的南京故宮有三次大的破壞導致毀滅，一是清初為了平定江南地區，滿清軍隊佔領南京城，為了將其改為駐防城，大規模的拆建、破壞；二是晚清太平天國定都南京後，為建天王宮殿，再一次東拆西建，幾年後湘軍攻陷南京，戰火吞噬了剩下的皇城；三是1927年蔣介石定都南京後，為了城市建設，拆除了僅剩明皇宮的石料、磚瓦，用於鋪路和南京城內的修建，甚至在明故宮基址上修建了軍用機場，南京城內明皇宮的建築越來越少。
民國時南京政府在明皇宮遺址上修建了明故宮機場，圖為南京淪陷後百姓在機場放羊。
民國時期由於南京城建設，經常有施工地挖掘出古磚、木柱、木板、黃瓦、瓷器等文物，有些還非常珍貴，明故宮遺址逐漸受到了一些文物工作者的重視，於是從1929年開始，在南京古物所長衛聚賢的主持下，開始對明故宮進行發掘，不僅發掘了大量文物，保護了僅存的建築，還建立了明故宮博物館，1937年南京淪陷後，日本人和賊匪破壞盜竊，明故宮博物館被毀，戰後南京重建，達官貴人們蓋房子都到明故宮遺址挑選材料，最後僅剩的建築也蕩然無存。
圖為現存的明故宮遺址，午門。
今天的中都鳳陽皇城最起碼還有城牆、門、護城河、基址、豐富的遺址遺蹟，而南京城的明故宮在解放後，又經歷了大拆大建，現在明故宮遺址全被現代化建築覆蓋，僅剩幾個門，幾個石敦子、片瓦啥的，所以到今天明故宮現狀連中都鳳陽都不如，80的年代以後明故宮保護才被正視，但保護工作已越來越困難重重。