漢明帝劉莊置雲臺二十八將時，把鄧禹列為第一。其實從軍功上來說，馮異、岑彭等人的功勞絲毫不比鄧禹少。尤其是鄧禹在關中與樊崇率領的赤眉軍交戰的過程中屢屢戰敗，這使鄧禹的功勞遜色不少，鄧禹這雲臺二十八將之首的位置就有點名不副實了。
公元24年，樊崇率領赤眉軍進入長安，與更始政權會合，樊崇要接受更始帝的封賞。在此之前，劉秀已經派鄧禹率軍西進，坐觀形勢。鄧禹是睿智之人，曾率軍消滅銅馬，足見其軍事才能不凡，劉秀能讓鄧禹率軍西進，表明劉秀對鄧禹的信任。
果然更始政權與赤眉軍發生衝突，兩軍開戰。鄧禹本可以坐收漁利，卻不料赤眉軍在消滅了更始政權之後，本是疲軍，竟兩次擊敗鄧禹率領的漢軍。
鄧禹戰敗主要是因為他錯估了當時的形勢。
1.鄧禹過于謹慎，赤眉軍打發更始軍之後，由於當時關中大飢，赤眉軍沒有足夠的糧草，於是西出長安進隴右籌糧。鄧禹本應該趁赤眉軍出長安佔據長安，然而鄧禹卻認為赤眉軍銳不可擋，且長安盜賊多，很難守下去，軍隊應進行休整，觀察赤眉軍的弱點，才能設法擊敗赤眉軍。
鄧禹的想法並沒有錯誤，赤眉軍雖暫時缺糧，但畢竟根基還在，加上消滅了更始政權，士氣高昂，漢軍不可在此時與赤眉軍交戰。但赤眉軍西進隴右，攻打隗囂，已離開長安，實際上等於將長安拱手相讓，赤眉軍缺糧，但漢軍可不缺糧，應該及時佔據長安。
後來鄧禹一直等到赤眉軍進入扶風之後，才率軍進入長安，鄧禹白白浪費了一個月的時間。
2.鄧禹本就對赤眉軍很是忌憚，在進入長安後應加強長安的防守能力，收攏長安的民心，招撫降軍，徵集兵馬、訓練軍隊、加強城防，長安是西漢的都城，本身就有很高的城防，鄧禹應據長安以安整個關中地區，防備赤眉軍回軍。然而鄧禹在進入長安後卻忙著晉謁皇帝廟，舉行祭祀等相關事宜。
《後漢書》：率諸將齋戒，擇吉日，修禮謁祠高廟，收十一帝神主，遣使奉詣洛陽，因循行園陵，為置吏士奉守焉。
3.殺死李寶，使劉嘉投降之事生出事端。劉嘉是劉秀的堂兄，跟劉秀自小關係就很好，自更始帝殺死劉縯之後，劉嘉就開始割據漢中，對更始帝陽奉陰違，而對劉秀卻很支持，更是把賈復和陳俊這兩名大將推薦給劉秀。劉嘉早有投劉秀之心，如果鄧禹在長安，劉嘉正好投效。劉嘉派手下李寶來洽談此事，不料李寶為人心中不願意降，在鄧禹面前出言不遜，鄧禹氣憤之下把李寶殺了。
李寶死了之後，李寶的弟弟糾集李寶舊部攻打鄧禹，劉嘉投效之事就這些擱淺了。其實鄧禹只需忍一時之氣，就可以促成劉嘉投效，那可是大功一件。至於李寶，收拾他有的是機會。鄧禹逞一時之快，卻失去劉嘉這一助力，使關中局勢變得複雜。
4.對赤眉軍實力估計錯誤。鄧禹對赤眉軍本就很忌憚，但當赤眉軍敗於隗囂之手後，鄧禹就瞧不起赤眉軍了，認為赤眉軍銳氣已失，正好擊之。劉秀卻提醒鄧禹：赤眉軍無糧，不要進兵。同時，劉秀也正在布署合圍赤眉軍。但鄧禹沒有聽劉秀的意見，而是主動與赤眉軍發生激戰，結果被赤眉軍擊敗，退出長安，率部至湖縣（今陝西潼關東）。
5.貪功心切。被赤眉軍擊敗退出長安後，鄧禹更是立功心切，邀馮異出兵一起攻打率赤眉軍，馮異認為不妥，但最終還是出兵了。鄧禹再次被赤眉軍擊敗，馮異出兵救援鄧禹，也被擊敗。其實馮異的看法是對，赤眉軍當仍然很強，但畢竟缺糧，根本堅持不了多久，劉秀合圍赤眉軍的部署也已經完成，鄧禹根本就不需要急著和赤眉軍交戰，只待赤眉軍士氣一洩，一擊可成。
當鄧禹再次敗在赤眉軍手下時，他的西進之功已經流產，鄧禹也因此引咎交上大司徒﹑梁侯印綬。接過他的指揮棒的是馮異，馮異雖曾敗在赤眉軍手下，但他知恥後勇，靜待時機，一舉擊敗赤眉軍，劉秀也因此平定關中地區。