1581年，冬，萬曆皇帝朱翊鈞，前往慈寧宮向太后請安。
但太后不在。恰巧，太后的一名宮女，端水伺候朱翊鈞洗手。這一年萬曆皇帝剛滿18歲，正是荷爾蒙極為旺盛的年歲。於是，肌膚相觸，萬曆心血來潮，當即脫了褲子，把這名宮女寵幸了。
按照規矩，寵幸之後，皇帝要留下一個物件，作為臨幸的憑證，也算是個信物。但是，萬曆卻耍流氓了，提起褲子就走人，沒給宮女信物、也沒跟太后匯報。
但是，宮女懷孕了。這就是大事了。關鍵是肯定瞞不住，首先就瞞不住太后。太后發現這名宮女的肚子越來越大，於是就問怎麼回事。皇帝搞臨幸這種事根本無法抵賴，因為有起居注。於是，太后拿著起居注，質問萬曆皇帝：你到底脫沒脫褲子。
萬曆想抵賴但抵賴不成，只能紅著臉說：確實脫褲子了。太后轉怒為喜：既然脫褲子了，那就不能耍流氓，你得照顧皇家體面。母以子貴，只要這個宮女生下兒子，那就是我朱家的長子。
而這個宮女也爭氣。在1582年8月，宮女王氏真給萬曆生了一個兒子。因為萬曆的皇后王喜姐一直沒能生出兒子，所以這個長子也就成了嫡長子。這個人就是朱常洛，後來的明光宗；而這名宮女，就是後來的孝靖皇后。
那麼，這個李太后是怎麼想的？一個宮女怎麼可能在大明後宮逆襲上位呢？沒別的的原因，就是惺惺相惜。因為李太后也是宮女出身，從都人到側妃再到貴妃，最後母以子貴成了太后。
1582年，萬曆皇帝可謂三喜臨門：7月，張居正病逝；隨即，弱冠親政；8月，誕下龍子。所以，從張居正輔政到萬曆親政，非常順暢。根本就不用搞什麼政治鬥爭和權力洗牌，生老病死的自然鐵律就能搞定權力交接。
但是，國本之爭發生了。
1581年，朝廷已為萬曆備選九嬪；1582年，萬曆正式冊封九嬪。九嬪，才是給萬曆皇帝舉國選美的俏佳人。皇后王喜姐在1577年已經入宮，沒人會比皇后更早。而就在這個關鍵點上，你萬曆搞了一出臨幸宮女。如果九嬪姿色平常也就罷了，宮女王氏可以專寵後宮，而王氏之子朱常洛，自是毫無爭議的大明長子。
但，九嬪裡面恰有萬曆皇帝的本命佳人，就是後來的鄭貴妃。宮女王氏，給萬曆生了一個兒子、一個公主；而鄭貴妃給萬曆生了三個兒子、三個公主。除了長子朱常洛外，次子、老三、老四，都是鄭貴妃所生。可見，萬曆對鄭貴妃才是真愛。
愛情，是美好的；可一旦遭遇權力，就要變質為悲劇了。
萬曆皇帝朱翊鈞定要愛情為先，以三子朱常洵為太子；而大臣們非要長子為尊，以長子朱常洛為太子。然後，君臣之間就搞起了鬥爭。1589年以後，見鬥不過大臣，萬曆皇帝直接不上朝了。然後，大臣們主動進攻，要求冊立朱常洛為太子。1590年，大臣們集體情願，繼續要求冊立太子，向皇帝施壓。萬曆招架不住，只能勉強答應：等皇子十五歲時，再決定冊立太子。但是，大臣們不幹，再次集體逼宮。
這時候，我們就能發現一個問題，那就是：大明官員幹皇帝，根本就不需要帶頭，完全是自組織集結、自動化操作。但，大明朝堂畢竟是有主事人的，皇帝是班主任，怎麼也得任命個班長。這個班長就是當時的首輔申時行。
申時行怎麼玩？他在大臣和皇帝之間玩左右逢源。在大臣跟前，那就跟著大臣一起幹皇帝；在皇帝跟前，那就表示支持皇帝。然後呢？然後申時行悲劇了，被發現首鼠兩端，於是名譽掃地。先不管冊立太子的事情了，大臣們集體搞彈劾、一起幹首輔，硬是把首輔申時行趕回了老家。
1593年，萬曆皇帝開始出手，將皇長子朱常洛、皇三子朱常洵和皇五子朱常浩一併封王，圈定了一個太子後備軍。但是，大臣們不幹。於是，首輔王錫爵採取折中辦法，建議將長子朱常洛交由太后撫養，從長子變相成為嫡子。但萬曆不幹，堅持三王並封。但大臣們也不幹，首輔王錫爵只能請辭。首輔就是悲催的命，夾在大臣與皇帝之間太難受。大臣們幹廢首輔之後，接著幹皇帝，然後萬曆被幹慫，收回成命。
但是，這事還沒完。萬曆跟大臣們搞起了冷戰，君臣關係也就沒法好了。萬曆說：你們不同意我的太子，我就不幹活；大臣說：你不幹活就不幹活，原則問題死也不能讓。國本之爭，幹了十五年之久。最後，萬曆的母親李太后實在看不下去了，老太后親自出手幹預。
1601年，萬曆皇帝終於讓步，立皇長子朱常洛為太子，朱常洵（鄭貴妃之子）為福王、朱常浩（周端妃之子）為瑞王。同時，太子朱常洛開始出閣讀書。這個太子真夠慘的，從小到大被喚「都人子」（都人，就是宮女的意思），就沒受到什麼教育。即便出閣讀書了，朱常洛也沒啥好果子吃。因為皇帝老爹看不上，所以寒冬讀書，太監竟敢不給生火。而比朱常洛更慘的則是他的母親王氏，長期被丈夫冷落、又長期被寵妃刁難，基本就是被幽禁在後宮，最後哭瞎了眼睛、悲憤而死。萬曆皇帝在大臣那裡受的氣，全都撒在這母子倆身上了。
但是，這事還沒完。朱常洵被立為福王之後，卻不就封，賴在京城不走。於是，大臣們只能繼續戰鬥，紛紛上書，要求福王就封。直到1614年，福王朱常洵才趕赴封地。但1615年卻發生了梃擊案：一個叫張差的人，拎著一根的大棒，就衝進了太子居住的慈慶宮，打傷了守門太監。這是公然刺殺太子啊！於是，矛頭所指全都對準了鄭貴妃和福王。
這起小案子在激烈的漩渦中各種激蕩，馬上就要演變成一場宮廷慘劇。福王長期不就封，這是鄭貴妃和福王的問題，因為還在惦記著太子之位；太子長期被虐待，非但太子，連太子他媽都被折磨死了，這應該是萬曆的問題；大臣們因為國本之爭更是受了天大的委屈，所以能搞死鄭貴妃就絕不會手軟。國本之爭以來，光首輔就被逼退了四個，朝堂官員三百多人受到牽連。這已經不是立場之爭了，而是血海深仇。
眼看大臣們要把梃擊案往大裡整，萬裡皇帝立即就慌了。已經不上朝二十五年了，但這一次終於出山見大臣了，讓萬貴妃跟太子道歉、自己跟大臣們拍胸脯，好不容易把此案趕緊了斷。但是，之後呢？
之後，萬裡皇帝繼續不上朝。
但不是有萬曆三大徵嗎？皇帝不上朝，那寧夏之役、朝鮮之役和播州之戰，這些仗是怎麼打的？皇帝不出面，但可以出上諭；上諭就是定決策，那就是去打；朝堂立即定攻略，將士馬上行戰陣。大明的官僚機器該怎麼運作就怎麼運作，然後這仗就打勝了。但，後來的薩爾滸之戰卻打得慘敗，遼東完全崩潰。有些仗，靠官僚機器的慣性是可以打贏的；但有些仗，卻真需要君臣一心和勞心謀劃了。
梃擊案之後，鄭貴妃肯定是翻盤無望了。別說他跟大臣拉了仇恨，就是萬曆皇帝也沒法跟大臣們相處了。但大臣們也受到了傷害，首輔憐恤被逼退，朝臣紛紛被收拾，尤其是東林黨，遭到了毀滅性打擊。但最受傷的應該是大明：
臺省空虛，諸務廢墮，上深居二十餘年，未嘗一接見大臣，天下將有陸沉之憂。
「陸沉」，這個詞簡直太形象了。六部、大理寺的幹部，十缺其六，大臣之間各種爭鬥不斷，後期黨派林立。而最直接的傷害就是後金的崛起，大明朝沒能把遼東的女真人給盯住。這時候，女真在遼東已經建國了。
但，難免就要問一個問題：萬曆皇帝為什麼沒被架空？
大明萬曆朝的主旋律就是國本之爭，而主要內容就是君臣冷戰。而從上述國本之爭中就能發現皇帝不能被架空的原因：
一是大明根本就沒有權臣。
要架空皇帝，首先得有亂臣賊子。而且，還不是一般的亂臣賊子，而是董卓、曹操之流。但是，大明朝有嗎？根本就沒有。如果真能有這麼一個能夠壓住大臣、能夠控住皇帝的權臣，那麼，國本之爭也不會爭這麼久。大明最有權勢的大臣，應該是內閣首輔。但內閣首輔的日子一直很悲催：對下，他壓制不住百官；對上，他降服不住皇帝。尤其是君臣鬥爭最激烈的時候，內閣首輔就一直在背鍋，成了風箱老鼠、兩頭受氣。在大明朝，無論是內閣首輔還是司禮監太監，誰也當不了權臣。得罪皇帝肯定不行，但得罪官僚體系，也不行。甚至，那個推進改革的首輔張居正也不行。與其說是萬曆清算張居正，不如說是大臣們要清算他。
二是官僚體系已經相當成熟。
有人說萬曆並非躲在宮裡吃喝玩樂，而是一直盯著朝政的，只不過把辦公地點搬到了後宮。萬曆三大徵都是因為萬曆的英明神武。如果真是如此，那薩爾滸怎麼敗了、女真怎麼建國了？三大徵能成功，主要是官僚體系足夠強。這夥人不僅保障了制度性的皇權，而且也有能力應付國事和戰爭。就大事來說，一個生於深宮、長於婦人的皇帝能幹什麼？也許啥也幹不了，讓官僚系統自己運行，可能更有效率。也正是因為官僚體系足夠成熟，所以，皇帝要任性，大臣們立即群起攻之，根本就不用結黨、搞聯盟。但成熟的官僚體系不能一直被透支，對付女真崛起這件大事，就真需要君臣同心了。
三是忠君思想已經極為深厚。
國本之爭，爭得是什麼？表面上是立誰當太子的問題。但實際上是意識形態的較量。「太子者，國之根本」，就是這個核心觀念，所以大臣們一定要捍衛。而立儲以長，則是大臣們的立場，所以原則問題半步不退。因此，這不是利益之爭、不是小人之爭，而是君子之爭。原因就是忠君思想已經深入人心，爭鬥的雙方都是在為大明好。但這個忠君，不是忠於皇帝個人，而是忠於皇帝制度。皇帝個人要任性，不行；但架空大明皇帝，也肯定不行。
所以，任憑萬曆怎麼不上朝，大明朝堂也不會把他這個皇帝架空。但難受是肯定要有的：該任命的官員不認命、該批覆的奏摺不批覆，甚至連後期的內閣大臣都不認識皇帝了。這種事，也只能發生在大明朝。