in和data文件之十六烷擴散係數和迴轉半徑模擬

2021-02-20 LAMMPS全能助手
     本算例使用LAMMPS模擬了十六烷在npt系綜下的擴散係數和迴轉半徑隨時間的變化。十六烷採用OPLSAA聯合原子力場。十六烷的擴散係數通過均方位移得到。在計算高分子的擴散係數是有兩種方法，第一種直接計算所有原子的均方位移並對於所有原子取平均即g_1，第二種計算每個分子質心的均方位移並對所有分子取平均，即g_3。本算例對比了兩種計算方法，從下圖中可以看出兩種計算方法在初始階段差別很大，在足夠長時間後才會重合，因此計算高分子的擴散係數或均方位移需要計算足夠長時間才行。迴轉半徑是計算每個分子的迴轉半徑然後對所有分子取平均。算例中還輸出了用於計算分子端對端距離的dump文件，通過編程可方便計算分子的端對端距離隨時間的變化。端對端距離和迴轉半徑都是描述分子所佔空間大小的方法。     文中只包含in文件內容data文件請加文後QQ群聯繫群主獲取。

# -- Init Section --
  units real  boundary p p p  neighbor  3.0 bin  neigh_modify  every 1 delay 0 check yes  atom_style full  bond_style harmonic  angle_style harmonic  dihedral_style opls  pair_style lj/cut 10.0  pair_modify mix geometric  special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.5

# -- Atom Definition Section --
  read_data "system.data"
# -- Settings Section --
  pair_coeff 1 1 0.175 3.905  pair_coeff 2 2 0.118 3.905  bond_coeff 1 260.0 1.526  bond_coeff 2 260.0 1.526  angle_coeff 1 63.0 112.4  angle_coeff 2 63.0 112.4  dihedral_coeff 1 -3.4 1.25 3.1 0.0  dihedral_coeff 2 -3.4 1.25 3.1 0.0
# -- Run Section --
  minimize 1.0e-5 1.0e-7 1000 10000  timestep 1.0  velocity     all create 400 372748 rot yes loop local dist gaussian  dump 1 all custom 10000 dump.lammpstrj id mol type x y z  fix   fxnpt all npt temp 400.0 400.0 100.0 iso 1.0 1.0 1000.0    group start id 15:36863:16  dump start start custom 200 start id mol xu yu zu  dump_modify start sort id    group end id 16:36864:16  dump end end custom 200 end id mol xu yu zu  dump_modify end sort id    compute cc1 all chunk/atom molecule  compute gy all gyration/chunk cc1  variable gy equal ave(c_gy)    thermo 200  thermo_style custom step v_gy  thermo_modify flush yes    run 500000
  compute g1 all msd
  compute g3 all msd/chunk cc1  variable g3 equal ave(c_g3[4])    thermo 200  thermo_style custom step c_g1[4] v_g3 v_gy  thermo_modify flush yes    run 1000000
關注LAMMPS全能助手，收穫in和data文件，照亮你的模擬之路
加入LAMMPS模擬科研互助群，群主和大佬為你答疑解惑.

相關焦點

  • 鋰電池計算模擬--AIMD算擴散係數、擴散能壘
    通過理論計算可以直接算出Li+的擴散係數，從而直接衡量倍率性能。昨天！鋰離子電池終於拿到了諾貝爾化學獎。小編也是早就預測並編輯好了這三個人的資料，在直播公布的第一分鐘就發出了新聞。可以預測，未來一段時間鋰離子電池研究必然又又又又會成為熱點。理論計算在鋰電池研究中也將會扮演越來越重要的角色。
  • 擴散模式的分類以及擴散係數的計算
    粒子的運動等價於在無限深方勢阱中的布朗擴散. 細分起來又可分為兩類: 受限模式confinement model和系索模式tethering model. 但僅根據軌跡無法區分這兩種模式.隨著關聯時間的增加, MSD會很快過渡到一次函數階段, 代表正常擴散. 這個一次函數區域一般來說就是計算擴散係數的最佳區域.由於關聯時間越大, 漲落越大, 所得MSD的誤差也越大, 所以擬合的最大關聯時間也不是越大越好. 此外, MSD曲線的光滑程度與模擬時間成正比, 一般模擬時間會取最大關聯時間的10倍或更大. 也可以多次模擬求平均值.
  • 升溫過程中水在礦物油和纖維素界面擴散和聚集行為的分子模擬
    建立了105原子量級的礦物油與纖維素複合介質模型，對其從293 K升溫到353 K的過程進行了模擬，計算分析了水分子的聚集狀態、擴散係數、自由體積和徑向分布函數，並比較了電場和溫度場在此過程中的作用。研究結果表明，當纖維素中水分含量超過4%時，快速升溫會導致水分子在油紙界面通過分子間氫鍵作用聚集成水分子簇，形成局部液態水；當水分含量超過5%時，則會形成較大的液態水分區。
  • R時間序列分析學習筆記(二十四)—— ARIMA建模和模擬(十六)
    對平穩列， 已知自協方差列時用Levinson遞推計算逐個一步預報係數(Y-W係數)和一步預測誤差方差。 輸入gams[1:n] 為γk,k=0,1,...,n-1。 輸出是對Y1,Y2,...,Yn做滾動向前一步預報所需的係數和均方誤差。 結果中元素coef.YW是(n-1)×(n-1)矩陣， 第k行的1:k元素為ak1,ak2,...
  • 「論文精選」城市直埋燃氣管道洩漏沿土壤擴散模擬研究
    一些學者採用數值模擬和實驗的方法研究了管道壓力、洩漏孔大小、朝向、風速、建築物間距、地理位置等因素對天然氣在大氣中擴散的影響［8-10］。然而，城市直埋天然氣管道的覆蓋面通常是水泥或瀝青路面，洩漏的天然氣很難直接擴散到大氣環境中，而是在地下土壤中擴散蔓延，目前僅有幾位學者開展了相關的研究。韓光潔［11］研究了埋地燃氣管道洩漏量計算方法。
  • 機械公式分享:圓周運動、轉動和轉矩以及迴轉運動
    圓周運動物體以一定的速度在圓周上作迴轉運動，將這種稱為勻速圓周運動，以一定的加速度做圓周運動稱為勻角加速度圓周運動。角度的大小可以用圓弧的長度與半徑的比值來計算，單位是弧度（rad）向心力和離心力在機械設計中很多時候需要考慮到向心力和離心力的作用影響。雖然離心力是考慮力的平衡時假想出來的，但能感覺到，比較容易理解。很多機械原理都是利用離心力來進行物體分離的。
  • 鋰離子電池電極材料固相擴散係數測量方法
    鋰離子電池的充放電過程主要包括Li+在正負極固相中的擴散、在電解液中的擴散和電極界面處的電荷交換過程，其中固相擴散是相對較慢環節，往往成為電池充放電過程中的限制環節。固相擴散係數是表徵電極材料動力學特徵的主要參數，因此準確的測量電極材料的擴散係數具有重要的意義。
  • 如何用交流阻抗數據確定鋰電材料的擴散係數?
    作為衡量Li+在活性物質內部擴散速度快慢的關鍵參數——固相擴散係數也就成為衡量一款材料倍率性能的關鍵，但是獲取材料的這一參數並非簡單的事情。通常來說，計算活性物質固相擴散係數的方法主要有恆電位滴定、恆電流滴定和交流阻抗數據等方法。
  • 混凝土孔隙結構與氯離子擴散性
    對混凝土耐久性最有利的孔隙應當是超微孔（主要是凝膠孔，半徑r≤5nm）。這種孔隙因孔徑較小，不會發生毛細作用，所以不會加劇對混凝土性能不利的自收縮現象和毛細孔滲透現象，也不會產生碳化收縮和結冰（冰點可達－40～－50℃）；同時因其孔徑細、孔隙率低，具有較高的抗滲性；所以超微孔對於混凝土的耐久性特別是抗滲性的影響是利遠大於弊的，在所有孔隙中正面效應最大。
  • 創騰科技培訓:經典模擬方法在材料模擬中的應用
    ►培訓對象 「經典模擬方法在材料模擬中的應用」培訓班以經典模擬中模型搭建的技巧，動力學模擬中參數的設置和分析應用為核心，主要針對希望接觸和了解經典分子模擬，對分子模擬感興趣的老師和同學，或有一定分子模擬經驗，希望進一步系統提高軟體使用水平的科研人員
  • 挖掘機迴轉機構之迴轉馬達
    挖掘機迴轉機構包括迴轉馬達，迴轉驅動和迴轉控制迴轉機構的迴轉時間約佔整個工作循環時間的50-70%，能量消耗約佔25-40%，迴轉液壓油路的發熱量約佔液壓系統總發熱量的30-40%。對迴轉機構的基本要求是在會戰力矩和加速度不超過允許值的前提下，儘可能縮短循環時間。
  • 起重機迴轉傳動系統衝擊載荷的磁流變半主動控制
    因此，本文基於一種新型磁流變彈性體聯軸器的理論模型，運用雙態控制和PID 控制兩種半主動控制算法，通過控制磁流變彈性體聯軸器的線圈電流實時調節磁流變彈性體聯軸器的剛度和阻尼係數，以期減小迴轉系統中的衝擊載荷，改善起重機迴轉系統的運行平穩性。
  • 氣體在薄膜中擴散係數的測試方法研究
    摘要：擴散係數是研究氣體在材料中滲透行為的重要參數。本文以壓差法氣體滲透儀為試驗設備，採用時間滯後法分析了氧氣在PET薄膜樣品中的擴散係數，並通過對試驗原理、設備參數及適用範圍、試驗過程等內容的介紹，為研究氣體在薄膜中的擴散係數提供參考。
  • 加拿大發布十溴聯苯醚和六溴環十二烷限制提案
    加拿大政府於今年3月公布的多溴聯苯醚風險管理修正策略在經過60天的公眾評議後，現在做出最終決策論斷：    按照加拿大環境保護法（CEPA）要求，需立即正式禁止製造、使用、銷售和進口產品中的四溴、五溴、六溴二苯醚及所有多溴聯苯醚。使用、銷售和進口領域的禁令擴大到七溴、八溴、九溴和十溴聯苯醚同類及所有樹脂類或含有這些物質的聚合物。
  • 《Acta Materialia》鋁鎂體系擴散和原子遷移率的實驗與計算研究
    建立相關的熱力學和動力學（遷移率）資料庫時，CALPHAD（PHAse圖的計算）方法是預測多組分相平衡和模擬動力學過程的強大工具之一。在CALPHAD框架下開發了諸如Thermo Calc，Pandat和FactSage之類的商業軟體包。目前已經開發了可靠的Al原子遷移資料庫。相反，Mg的擴散數據非常有限，只有一個初步的鎂遷移率資料庫可用。因此，對於建立可靠的Al和Mg遷移率資料庫至關重要。
  • 實戰操練:Pro/E折彎係數表的建立與應用
    而Pro/E折彎係數表中折彎許可值A即是中性層圓弧長度，通過中性層半徑表分別計算不同材料厚度T和折彎內徑R所對應的折彎許可值A，即完成了Pro/E折彎係數表數據。以板厚T=6mm為例，對應R6、R8、R10、R11、R12的中性層半徑分別為：r7.95、r10.14、r12.28、r13.3、r14.4，依照公式A=2π（90/360）r計算90°時各對應折彎許可值A（見圖7）。
  • Microbiome:CAMISIM模擬宏基因組和微生物群落
    Github: https://github.com/CAMI-challenge/CAMISIM看了一下使用方法：CAMISIM可以採用兩種方法進行模擬：1是根據分類學文件，從NCBI上完整基因組中進行查找和模擬；結果儘可能和輸入文件相接近。2是de novo模擬。
  • 《納米》分子滲透劑形狀和化學如何控制響應性水凝膠的滲透性?
    將滲透率的溶液擴散模型與在不同水化狀態下響應水凝膠中各種形狀和極性的分子的全面原子模擬相結合。特別發現，由於滲透劑的分配和擴散之間存在微妙的平衡，緻密的塌陷狀態具有極高的選擇性。這些性質由滲透劑的大小，形狀和化學性質敏感地調節，從而導致巨大的抵消作用，這對滲透率有重要貢獻。獲得的見解使我們能夠制定半經驗法則，以量化和外推按分子類別分類的滲透率。
  • 擴散同位素效應 II:β 值
    基於經典氣體動理論的氣相中分子擴散，擴散係數之比Dr可以用來表達其同位素效應。然而，我們知道在地球化學領域中涉及擴散同位素效應的體系還有很多不是氣相體系，而是像水溶液、矽酸鹽熔體，以及礦物和巖石這樣的凝聚相體系。理論上，在這些凝聚相中的擴散同位素效應可以用一個β值來描述。注意，這裡的β值並不是描述質量分餾定律或理論計算平衡分餾係數的那個β值。
  • 二項式係數的和或各項係數的和的問題
    ；(2)各項係數的和；(3)奇數項的二項式係數和與偶數項的二項式係數和；(4)奇數項係數和與偶數項係數和；(5)x的奇次項係數和與x的偶次項係數和．【解析】設(2x－3y)10＝a0x10＋a1x9y＋a2x8y2＋…＋a10y10,(*)各項係數的和為a0＋a1＋…＋a10，奇數項係數和為a0＋a2＋…＋a10，偶數項係數和為a1＋a3＋a5＋…＋a9，x的奇次項係數和為a1＋a3＋a5＋…＋a9，x的偶次項係數和為