今天給大家分享一篇與lncRNA–miRNA–mRNA調控網絡預測相關、發表在Journal of Cancer Research and Clinical Oncology上的一篇文章，文章發表於2019年11月。
預測肝硬化患者肝癌發生的候選lncRNA-miRNA-mRNA網絡:綜合生物信息學分析
摘要
目的：本研究通過生物信息學分析，探索潛在的競爭性內源性RNA (ceRNA)網絡在肝硬化患者HCC發展中的作用。
方法：利用GEO和TCGA資料庫的數據挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差異表達譜。在匹配的HCC隊列中，RT-PCR證實了他們的表達(n = 6/組)。通過共表達分析構建ceRNA網絡。它們的相互調控及其在上皮-間充質轉化(EMT)過程中的作用已在細胞水平上通過功能獲得和功能喪失實驗得到驗證。應用Kaplan-Meier法顯示預後價值。
結果：通過對GEO和TCGA數據集中的差異表達基因(DEGs)進行交叉分析和Pearson相關性分析，鑑定出20個mRNA、24個miRNAs和41個lncRNAs。其中，FOXD2-AS1、BLVRA和CYTH2在HCC組織和具有高轉移潛能的HCC細胞(MHCC97H)中顯著上調，而與其相鄰的正常/肝硬化組織和L02和MHCC97L細胞相比。然而，失調的miR-139-5p則表現出相反的表達模式。利用miRanda算法，FOXD2-AS1、BLVRA和CYTH2顯示出miR-139-5p的潛在結合位點。FOXD2-AS1基因敲低誘導miR-139-5p和EMT抑制顯著增加。miR-139-5p的缺失導致BLVRA和CYTH2表達的增加和EMT過程。相反，miR-139-5p過表達抑制了BLVRA和CYTH的表達和EMT過程。FOXD2-AS1、miR-139-5p、BLVRA和CYTH2與HCC患者的預後高度相關。
結論：FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2軸可能是肝硬化肝細胞癌發生的分子機制。
結果一：在GEO資料庫中的DEGs
結果二：GEO資料庫中所有DEGs的Mfuzz聚類和PPI網絡構建分析
結果三：在TCGA資料庫中建立基因序列，並獲取關鍵基因序列
結果四：lncRNA-miRNA-mRNA調控網絡的構建
結果五：FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2網絡參與肝硬化HCC的發展
文章還有部分補充數據，對於lncRNA–miRNA–mRNA調控網絡的預測方法大致總結為：
1.DEGs、DEMs和DELs的鑑定（DEGs：差異表達的基因，DELs：差異表達的長非編碼RNA，DEMs：差異表達的microRNAs，lncRNA：長非編碼RNA，miRNA：microRNA，mRNA：messager RNA）→以火山圖或熱圖呈現。
2. 功能富集分析：了解相關的DEGs的功能。
3. PPI（protein-protein interaction）網絡的建立及樞紐基因的鑑定。
4. lncRNA-miRNA-mRNA調控網絡的構建：結合KEGG和軟體分析的結果，建立相應的lncRNA-miRNA-mRNA相互作用網絡。
想研究lncRNA–miRNA–mRNA調控網絡預測的小夥伴們可以用此套路。
本研究在多個基因組平臺上進行了全面的數據挖掘，證明了FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2可促進肝硬化肝癌的形成。靶向FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2可能是對抗肝硬化向肝硬化HCC轉變的新治療策略。