優秀生源遠離中科院
2020年全國參加碩士研究生統考的人數再破歷史記錄，同時也把34所自主劃線高校的複試分數線拉高，有些熱門專業複試分數線高達400+，單科英語成績75+，然而考研實力雄厚的中科院卻不受優質考生的歡迎，就拿目前最熱門的自動化專業為例，2019年中科院自動化所的複試分數線為305~316，英語單科成績在44~46分之間，在34所自主劃線高校的複試分數線面前，中科院自動化所的複試分數線略顯尷尬，這也是為何中科院要創辦中科院大學本科班的重要原因之一，中科院希望為自己培養優秀的研究生生源，各大名牌高校早已把優秀的生源留在本校，即便是統考的優質考生也偏向於高校，那麼為何優質生源會遠離中科院呢？而中科院不僅可以獨立頒發學位，畢竟比教育部管轄的高校更容易，並且中科院系統的研究生補助遠比高校要高很多！
就業是硬傷
相對於高校對研究生的系統培養，中科院的研究生培養分階段，首先在聚集北京中科院大學學習，然後就回歸中科院下屬的各大院所進行學習，由於中科院的學生相對高校較少，因此人均資源較多，補貼會比高校高很多，尤其是博士研究生，甚至可能高好幾倍，然而令很多人後悔攻讀中科院研究生中重要原因是就業問題，對比很多企業進駐高校招聘，甚至高校校友團的助力，中科院獨立於教育部，整體的環境比較封閉，不僅很多實力較弱的院所根本每人來招聘，而且社會的認可度也偏低，中科院在就業市場最牛也就是頂尖的211和普通的985水平。
特殊的中科院系統
中科院雖然類似德國馬普所，但是比德國馬普所多了更多的自主權，例如德國馬普所的學位必須掛靠高校，才能獲得學位，而中科院則可以獨立於教育部，直接頒發學位，因此在各大高校都對研究生畢業有SCI論文要求的時候，早在2006年，中科院就放棄了研究生畢業有SCI論文的要求，因此單純考研創新產出來看，相對於高校的研究生，中科院的研究生更容易畢業。從一份中科院的情報中心數據來看，中科院大學的高被引論文產出率相對於985高校來說，非常的低。
當然也並不是中科院所有的院所都差，中科院有些院所的研究生也非強的強，就業和畢業薪水也非常的高，例如中科院計算機所、中科院上海藥物所等等！這些熱門院所的生源質量也較好，但是大部分院所的生源質量對比高校還是差很多！