隨著分子生物學的發展，越來越多的科研人員熟練掌握了分子生物學的各種試驗技術，並研製成套試劑盒，使基因克隆表達變得越來越容易lIl。但分子生物學的上遊工作往往並非是最終目的，分子克隆與表達的關鍵是要拿到純的表達產物，以研究其生物學作用，或者大量生產出可用於疾病治療的生物製品。相對與上遊工作來說，分子克隆的下遊工作顯得更難，蛋白純化工作非常複雜，除了要保證純度外，蛋白產品還必須保持其生物學活性。純化工藝必須能夠每次都能產生相同數量和質量的蛋白，重複性良好。這就要求應用適應性非常強的方法而不是用能得到純蛋白的最好方法去純化蛋白。在實驗室條件下的好方法卻可能在大規模生產應用中失敗，因為後者要求規模化，且在每日的應用中要有很好的重複性。本文綜述了蛋白質純化的基本原則和各種蛋白純化技術的原理、優點及局限性，以期對蛋白純化的方法選擇及整體方案的制定提供一定的指導。
1 蛋白純化的一般原則
蛋白純化要利用不同蛋白間內在的相似性與差異，利用各種蛋白間的相似性來除去非蛋白物質的汙染，而利用各蛋白質的差異將目的蛋白從其他蛋白中純化出來。每種蛋白間的大小、形狀、電荷、疏水性、溶解度和生物學活性都會有差異，利用這些差異可將蛋白從混合物如大腸桿菌裂解物中提取出來得到重組蛋白。蛋白的純化大致分為粗分離階段和精細純化階段二個階段。粗分離階段主要將目的蛋白和其他細胞成分如DNA、RNA等分開，由於此時樣本體積大、成分雜，要求所用的樹脂高容量、高流速，顆粒大、粒徑分布寬．並可
以迅速將蛋白與汙染物分開，防止目的蛋白被降解。精細純化階段則需要更高的解析度，此階段是要把目的蛋白與那些大小及理化性質接近的蛋白區分開來，要用更小的樹脂顆粒以提高分辨常用的離子交換柱和疏水柱，應用時要綜合考慮樹脂的選擇性和柱效兩個因素。選擇性指樹脂與目的蛋白結合的特異性，柱效則是指蛋白的各成分逐個從樹脂上集中洗脫的能力，洗脫峰越窄，柱效越好。僅有好的選擇性，洗脫峰太寬，蛋白照樣不能有效分離。
2.各種蛋白純化方法及優缺點
2.1蛋白沉澱蛋白能溶於水是因為其表面有親水性胺基酸。在蛋白質的等電點處若溶液的離子強度特別高或特別低，蛋白則傾向於從溶液中析出。硫酸銨是沉澱蛋白質最常用的鹽，因為它在冷的緩衝液中溶解性好，冷的緩衝液有利於保護蛋白的活性。硫酸銨分餾常用做純化的第一步，它可以初步粗提蛋白質，去除非蛋白成分。蛋白質在硫酸銨沉澱中較穩定，可以短期在這種狀態下保存中間產物，當前蛋白質純化多採用這種辦法進行粗分離翻。在規模化生產上硫酸銨沉澱方法仍存在一些問題，硫酸銨對不鏽鋼器具的腐蝕性很強。其他的鹽如硫酸鈉不存在這種問題，但其純化效果不如硫酸銨。除了鹽析外蛋白還可以用多聚物如PEG和防凍劑沉澱出來，PEG是一種惰性物質，同硫酸銨一樣對蛋白有穩定效果，在緩慢攪拌下逐漸提高冷的蛋白溶液中的PEG濃度，蛋白沉澱可通過離心或過濾獲得，蛋白可在這種狀態下長期保存而不損壞。蛋白沉澱對蛋白純化來說並不是多麼好的方法，因為它只能達到幾倍的純化效果，而我們在達到目的前需要上千倍的純化。其好處是可以把蛋白從混雜有蛋白酶和其他有害雜質的培養基及細胞裂解物中解脫出來。
2．2 緩衝液的更換雖然更換緩衝液不能提高蛋白純度，但它卻在蛋白純化方案中起著極其重要的作用。不同的蛋白純化方法需要不同pH及不同離子強度的緩衝液131。假如你用硫酸銨將蛋白沉澱出來，毫無疑問蛋白是處在高鹽環境中，需要想辦法脫鹽，可用的方法有利用半透膜透析，通過勤換透析液體去除鹽分，此法尚可，但需幾個小時，通常要過夜，也難以用予大規模純化中。新型的設備將透析膜夾在兩個板中間，板的一側加緩衝液，另一側加需脫鹽的蛋白溶液，並在蛋白溶液一側通過泵加壓，可以使兩側溶液在數小時內達到平衡，若增加對蛋白溶液的壓力，還可迫使水分和鹽更多通過透析膜進入透析液達到對蛋白濃縮的目的。也有出售的脫鹽柱，柱內的填料是小孔徑的顆粒，蛋白分子不能進入孔內，先於高濃度鹽離子從柱中流出，從而使二者分離。蛋白純化的每一步都會造成目的蛋白的丟失，緩衝液平衡的步驟尤甚。蛋白會結合在任何它能接觸的表面上，剪切力、起泡沫和離子強度的快速變化很容易讓蛋白失活。2-3 離子交換色譜這是在所有的蛋白純化與濃縮方法中最有效方法[4，51。基於蛋白與離子交換樹脂間的相互電荷作用，通過選擇不同的緩衝液，同一種蛋白既可以和陰離子交換樹脂（能結合帶負電荷的分子）結合，也可以和陽離子交換樹脂結合。樹脂所用的帶電基團有四種：二乙基氨基乙基用於弱的陰離子交換樹脂；羧甲基用於弱的陽離子交換樹脂；季銨用於強陰離子交換樹脂；甲基磺酸酯用於強陽離子交換樹脂。蛋白質由胺基酸組成，胺基酸在不同的pH環境中所帶總電荷不同。大多數蛋白在生理pH（pH 6—8）下帶負電荷，需用陰離子交換柱純化，極端的pH下蛋白會變性失活．應儘量避免。由於在某個特定的pH下不同的蛋白所帶電荷數不同，與樹脂的結合力也不同，隨著緩衝液中鹽濃度的增加或pH的變化，蛋白按結合力的強弱被依次洗脫。在工業化生產中更多地是改變鹽濃度而不是去改變pH值，因為前者更容易控制。在實驗室中幾乎總是用鹽濃度梯度去洗脫離子交換柱，利用泵的輔助可以使流入柱的緩衝液中鹽濃度平穩地上升，當離子強度能夠中和蛋白的電荷時，蛋白就被從柱上洗脫下來。但在工業生產中鹽濃度很難精確控制，所以常用分步洗脫而不足連續升高的鹽梯度。與排阻層析相比，離子交換特異性更好，有更多的參數可以調整以獲得最優的純化效果，樹脂也比較便宜。值得一提的是，即便是用最精確控制的條件，僅用離子交換單一的方法也得不到純的蛋白，還需要其他的純化步驟。
2．4 親和層析親和層析基於目的蛋白與固相化的配基特異結合而滯留，其他雜蛋白會流過柱子。本方法存在的問題是：單抗非常昂貴，而且也需先純化；單抗與目的蛋白結合力太強．要用苛刻的條件來洗脫，這會使目的蛋白失活並破壞單抗；混合物中的其他蛋白如蛋白酶也可能破壞抗體或與它們非特異結合；某些單抗也會在純化過程中從樹脂上解離下來混入產物中，也需要從終產物中去除。親和柱通常在純化過程的後期應用，此時標本體積已縮小，大部分的雜質已經去除。穀胱甘肽S一轉移酶（Glutathione S—transferase，GST）是最常用的親和層析純化標籤之一，帶有此標籤的重組蛋白可用交聯穀胱甘肽的層析介質純化，但本方法有以下缺點：首先，蛋白上的GST必須能合適地摺疊，形成與穀胱甘肽結合的空間結構才能用此方法純化；其次，GST標籤多達220個胺基酸，如此大的標籤可能會影響表達蛋白的可溶性，使形成包涵體，這會破壞蛋白的天然結構，難於進行結構分析，有時即便純化後再酶切去除GST標籤也不一定能解決問題。另一種可應用的親和純化標籤是6組氨酸標籤，組氨酸的咪唑側鏈可親和結合鎳、鋅和鈷等金屬離子，在中性和弱鹼性條件下帶組氨酸標籤的目的蛋白與鎳柱結合，在低pH下用咪唑競爭洗脫。組氨酸標籤與GST相比有許多優點，首先，由於只有6個胺基酸，分子量很小，一般需要酶切去除：其次，可以在變性條件下純化蛋白，在高濃度的尿素和胍中仍能保持結合力；另外6組氨酸標籤無免疫原性，重組蛋白可直接用來注射動物，也不影響免疫學分析。雖然有這麼多的優點，但此標籤仍有不足，如目的蛋白易形成包涵體、難以溶解、穩定性差及錯誤摺疊等。鎳柱純化時金屬鎳離子容易脫落漏出混入蛋白溶液，不但會通過氧化破壞目的蛋白的胺基酸側鏈，而且柱子也會非特異吸附蛋白質，影響純化效果。若目的蛋白可與某種碳水化合物特異結合，或者需要某種特殊的輔因子，可將該碳水化合物或輔因子固相化製成親和柱，結合後目的蛋白可用高濃度的碳水化合物或輔因子洗脫[9]。
2．5 疏水作用層析蛋白是由疏水性和親水性胺基酸組成』的。疏水性胺基酸位於蛋白空間結構的中心部位，遠離表面的水分子。親水性胺基酸殘基則位於蛋白表面。由於親水性胺基酸吸引了許多的水分子，所以通常情況下整個蛋白分子被水分子包圍著，疏水性胺基酸不會暴露在外。在高鹽濃度的環境中蛋白的疏水性區域則會暴露並與疏水性介質表面的疏水性配基結合。不同的蛋白疏水性不同，與疏水作用力大小也不同，通過逐漸降低緩衝液中鹽濃度衝洗柱子，在鹽濃度很低時，蛋白恢復自然狀態，疏水作用力減弱被洗脫出來。疏水性樹脂的選擇性是由疏水性配基的結構決定的，常用的直鏈配體為烷基配體（alkyl ligands）和芳基配體（arylligands），鏈越長結合蛋白的能力也越強。理想樹脂種類的選擇應根據目的蛋白的化學性質而定，不能選擇結合力太強的樹脂，結合力太強的樹脂會很難洗脫，所以開始時應選用中等結合力的苯基樹脂探討條件。為了使選擇合適的介質更容易，Amersham Biosciences推出了疏水作用樹脂選擇試劑盒，裡面包括5種不同的樹脂供比較。疏水層析很適合作為離子交換純化的下一個步驟，因為疏水作用層析在高鹽濃度下上樣，從離子交換得到的產物不需更換緩衝液即可使用。蛋白又在低鹽緩衝液中洗脫，又省去了下一步純化前的更換緩衝液的步驟，既節約了時間，又減少了蛋白的丟失。