解釋這個問題就必須提到三種我們日常生活中常見的微生物——酵母、乳酸菌和醋酸桿菌，讓我們看看百度百科是如何定義這兩種微生物的。
酵母（Yeast）是一種肉眼看不見的微小單細胞微生物，能將糖發酵成酒精和二氧化碳，是一種天然發酵劑，分布於整個自然界，它有自己的生命現象，是一種典型的兼性厭氧微生物，在有氧氣和沒有氧氣存在的條件下都能夠存活。在有氧條件下，酵母分解糖分為二氧化碳和水，在缺氧條件下，分解產物變成二氧化碳和酒精。
乳酸菌（Lactobacillus）是發酵糖類且主要產物為乳酸的一類無芽孢、革蘭氏染色陽性細菌的總稱。凡是能從葡萄糖或乳糖的發酵過程中產生乳酸的細菌統稱為乳酸菌。是一種存在於人類體內的益生菌。
醋酸桿菌則是在酵母發酵出酒精的基礎上，將酒精氧化成為醋酸，此外，在糖分充足的情況下，醋酸桿菌則直接將葡萄糖分解成為醋酸。
看了這些介紹就很清楚的知道了，我們都說在果蔬酵素製作的第一個月，要經常換的搖晃瓶身或攪拌水果，其實目的就是防止酵母缺氧發酵，同時為醋酸桿菌氧化酒精提供養分，保證在糖分分解的過程中儘可能的少產生酒精，
所以，結論是 ，酵素有酒味，是發酵過程較短，或者前期放氣和攪拌不夠，有醋味則是正常的發酵結果。而且酵素髮酵時間越久，糖分分解越充分，甜味越弱，酸味越濃。
其實醋也是酵素的一種，自古代中國人在釀酒失敗時，誤打誤撞的發現酸化的酒竟然可以做為醒酒用，也可以用來消除疲勞、消腫退火，中藥泡製、烹調、印染和藥解諸癰毒等等。此後；糯米醋、高梁醋也被廣泛的應用在各種水果的浸泡，做為抑制果酸在發酵過程中酒化的天然控制劑。
但天然發酵的果蔬酵素，雖然含有醋酸，但比醋的營養成分更為豐富，更適合補充身體營養，與果醋還是要有一定區別的。
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