1644年，明朝首都北京被李自成攻陷，崇禎自縊殉國。死前他讓自己的三個兒子換成普通百姓的衣服自行逃命，對比失蹤後的太子朱慈烺和定哀王朱慈炯的各種離奇傳說，只有朱慈煥被各種史料明確證實存活了很長時間。他一生顛沛流離，一直活到清朝康熙年間。
在清朝入關徵伐的過程中，各地明朝皇室成員都難逃一死，朱慈煥卻僥倖逃生，並且活到了75歲。他在朱由檢長大成人的皇子中排行第三，生母是備受寵幸的田貴妃。明朝滅亡時，只有12歲，和兩個哥哥在逃命途中被李自成軍抓獲。
為了要挾山海關的吳三桂，在徵討關寧軍時李自成帶著三位皇子一起出發。但在山海關被吳三桂和多爾袞聯手擊敗，慌亂撤退的過程中顧不上看管他們。朱慈煥也和兩個哥哥走散，從此開始了亂世飄零。
他到處遊走，以乞討為生，在走到一戶王鄉紳家時，鄉紳見他言談間氣度不凡，就細細打聽，毫無城府的朱慈煥也不加隱瞞，向對方表露了自己的身份。
王鄉紳是明朝的退休官員，見先帝的皇子淪落到如此悽慘的地步，抱著朱慈煥失聲痛哭，冒著風險收留了他，給他改了一個名字叫王士元，和自己的兒子相伴讀書。
幾年之後，王鄉紳因病去世，王家的後人不再願意繼續收留他這個外人，他只好繼續到處流浪，後來走到江南的一家寺廟，做了和尚。
一日，浙江一位姓胡的鄉紳到廟裡上香，見20多歲的朱慈煥容貌清秀，談吐不俗，交談一陣過後胡鄉紳對對他極為賞識，勸他還俗，還承諾把自己女兒嫁給他。
朱慈煥隨後跟著胡鄉紳到了浙江，開始成家立業。婚後，他做了一名教書先生。胡鄉紳死後，隨著兒女的增多，他的生活開始入不敷出，經常向別人借錢維持生活。
康熙38年，康熙為了籠絡江南百姓，在南京祭拜明孝陵後，向大臣表示要尋訪一個明皇室後裔，封其官職，來管理朱元璋的明孝陵。
朱慈煥也聽聞了這件事，雖然他不敢去接這個「好差事」，但是康熙對前明的態度這樣「親善」，他認為餘生可以善終了。不料，幾年過後，大禍降臨。一日，他在朋友家做客，清兵突然到來，迅速將他鎖拿帶走。
事發的起因是朱慈煥幾年前的一次酒後失言。到晚年時，他覺得自己可以鬆一口氣了，一次酒後向朋友透露出了一點關於他身世的「秘密」。
世上從來沒有不透風的牆，這個消息很快傳到了江南各地。杭州有一位不滿清朝統治，立志反清復明的念一和尚，聽到消息後，就在康熙45年打起了朱三太子的旗號，召集流民，起兵反清。
朱慈煥聞訊驚慌不已，迅速帶著自己的幼子從浙江逃到山東，沒想到在隱藏兩年後還是被抓獲。在之前，清兵曾到他在餘姚的家中抓人，他家中有一妻二子三女一媳，知道難逃一死，除了一個兒子外，其他六人全部自盡而死。
審訊結果表明朱慈煥是清白的。雖然念一和尚打著他的旗號，但其實從來沒有聯繫過朱慈煥本人。審訊的官員在堂上讓念一和尚來與朱慈煥對質，發現事情前因後果牛頭不對馬嘴，對一念用盡酷刑後也沒有進展，證明兩個人根本不認識。
朱慈煥雖然承認了自己的身份，但也為自己進行了有理有據的辯護。
他說：「吾數十年來改易姓名，冀避禍耳……吾今年七十五歲，血氣已衰，鬚髮皆白，乃不反於三晉變亂之時，而反於清寧無事之日乎？且所謂謀反者，必佔據城池，積草屯糧，招軍買馬，打造盔甲，吾曾有一於此乎？」
審問官員也覺得朱慈煥所恭有理，將審問結果上報給康熙。
由於不久前皇帝還說過要訪查一位明室後裔來當官管理明孝陵，朱慈煥作為崇禎僅存的兒子，毫無疑問是最佳人選，所以官員對他以禮相待，就等著皇帝下處理決定。
事實證明，康熙此前曾說的說的「查訪明皇室後裔」，完全是葉公好龍。如今，找到真正的朱三太子後，他卻毫不留情。
面對一個75歲的老人，康熙下旨：「朱三即王士元，著凌遲處死。伊子俱著立斬。」康熙45年，逃亡一生的朱慈煥和他的兩個兒子被押赴刑場，在眼睜睜看著兩個兒子被斬首後，自己又被一刀刀凌遲處死。
朱慈煥從未享受過皇家的尊貴和奢華生活，國家滅亡也和他沒有分毫關係。他自幼喪父喪母，在亂世中流亡於大江南北，歷盡艱辛。在放棄國讎家恨後，他一生安分守法，只想做一個活下去的人，最終卻難逃一死。死前他會不會想到那句：「願來世不復生於帝王家」！