崇禎十七年三月，李自成率領的農民軍攻破北京，崇禎帝於煤山自縊殉國，在臨死之前，崇禎帝下令內侍將太子朱慈烺、永王朱慈照、定王朱慈炯三人送往外戚周奎家中避險，但在李自成入京之後周奎就將三人獻出，李自成將太子、永王、定王帶入軍中，四月二十一日，為徵討不願歸附的吳三桂，李自成親率大軍前往山海關，但在一片石一役中被吳軍及清軍擊敗，大敗之下的李自成匆忙率殘軍逃回京城，隨軍出徵的太子、永王及定王三人也在此戰之後不知所蹤（有說是死於亂軍之中）。在之後的歲月裡，不少反清志士紛紛打著「朱三太子」的旗號，以恢復皇明江山為名起事反清，這也就是困擾康熙帝數十年的「朱三太子案」的由來。
在康熙一朝，「朱三太子案」爆發了十次之多，但每次都在清廷的重壓之下而失敗。這其中比較有代表性的就是假稱「朱三太子」率眾起事的楊起隆。楊起隆，本為無業游民，但為人果敢，有謀略，康熙十二年（1673）十二月，吳三桂在雲南發動叛亂，楊起隆充分利用了吳三桂叛亂的時機，組織起百姓和家奴，還假借朱三太子朱慈炯的名義高舉復明的旗幟，他們還約定好統一的服飾於夜間在京城四處舉火起事。楊起隆改年號「廣德」，在與部下黃吉、陳益以及其他三十餘人在鼓樓開會時，被家主檢舉，清廷派兵包圍，楊起隆不得不提前兩天起事，但在清兵的圍攻中失敗。楊起隆的護駕指揮朱尚賢，閣老張大等數百人被活捉隨即被清廷磔死遇害。楊起隆棄眾奔逃陝西，在七年後被捕並被磔死。
然而「朱三太子案」卻遠沒有結束，康熙十六年，漳州人蔡寅打著「朱三太子」的旗號，率「白頭軍」數千人起事，旋敗死。康熙十八年（1678），陝西漢中、興安一帶有人自稱「朱三太子」起兵抗清，後被撫遠大將軍圖海擊敗並處死。康熙三十八年（1698年），江南金和尚擁立一個七十多歲的老頭為「朱三太子」，聚眾太湖，密謀在康熙南巡時將其劫持，關鍵時刻由於發炮不鳴，最後雙雙被捕伏誅。康熙四十五年（1706年）浙東念一和尚等又以「朱三太子」名義打出反清復明的旗號起事，江蘇太倉州與浙江四明山幾乎同時暴動，最後在清廷的徵討下全部敗死。
每次爆發以「朱三太子」為名號的起義，都會讓康熙感覺猶如芒刺在背；而每次只抓到偽「朱三太子」，卻讓康熙大失所望、寢食難安。這一系列「朱三太子案」的結束一直到康熙四十七年（1708年）四月，大明最後的一位皇子，時年七十五歲的崇禎帝第五子朱慈煥被清廷捕獲，在此之前他一直用著王士元的假名平靜的生活在浙江，康熙皇帝發下諭旨：「朱三即王士元，著凌遲處死。伊子……俱著立斬。」朱慈煥死了，「朱三太子」案似乎也終於塵埃落定了。