「保健功效」被指源自商家的過度宣傳
日前，媒體爆出湯臣倍健 、綠A等知名企業生產且經過審批許可的螺旋藻產品檢測出重金屬嚴重超標，雖然之後企業和藥監局予以否認。但撇開安全性不談，通過查閱一些成熟機構的報告，可以發現籠罩在螺旋藻上的一系列保健光環多為忽悠，螺旋藻子虛烏有的「保健功效」完全源自商家的過度宣傳。美國食品藥品管理局等機構始終認為螺旋藻只能作為應對饑荒的暫時口糧，並不認可它具有保健功效。
螺旋藻最初用作改善窮人營養
是「糧食極度缺乏」時的應急口糧、貧困地區改善窮人營養的食品
螺旋藻被當做食物使用還是有傳統的：20世紀40年代，法國藻類學家當雅爾(Dan-geard)報告了非洲查德湖畔的居民自古就會食用螺旋藻，並且在墨西哥阿茲塔克人也有類似行為。之後，西方企業開始工業化地生產螺旋藻，到了1970年代，法國建了第一臺生產螺旋藻的大型機器，並成立了一個叫做IIMSAM 的機構來對它進行推廣，螺旋藻慢慢地才為世人所知。
在對螺旋藻的宣傳中，有不止一家螺旋藻的宣傳提到了聯合國糧農組織(FAO)宣稱它是「21世紀最理想的食品」，但這個名號本身就不靠譜。雖然FAO在1974年的確說過螺旋藻是「未來最佳食品」，可FAO這個定義也明確指出：只有在特定情況下，即糧食極度缺乏，資源匱乏，螺旋藻才可以作為一種投入產出比較高的作物暫時替代常規食品。這一點在2008年FAO發布一份報告也有體現。這份報告推薦的螺旋藻開發方向是：解決貧困地區的營養問題；廢水處理；代替部分家禽、牲畜以及漁業養殖的飼料以降低生產成本；在緊急狀況下暫時解決糧食問題。「暫時解決糧食問題」完全是一種應急措施，只有在遭受地震 、洪水或者其他自然災害之後，常規糧食難以生產的情況下，才可以生產螺旋藻來充飢。NASA和歐航局在上世紀80年代將螺旋藻作為太空人長期太空生存的推薦食物的原因，也是源自空間站的空間限制。因此在特殊年代和背景下，FAO以及I-IMSAM等國際組織對於螺旋藻的積極態度，也都只是著眼於它有助於解決糧食短缺問題而已。
中國企業篡改官方發布推薦意見
刻意突出螺旋藻「保健功效」，其實其蛋白質含量高也僅限於和一般蔬菜相比
大量螺旋藻生產商在宣傳中，總會提到「世界衛生組織(WHO)推薦」；這其實是篡改了WHO於2008年公布的《6個月到5歲中度營養不良兒童的食物與營養成分選擇》對於螺旋藻的推薦意見：「有些研究顯示螺旋藻對於改善兒童中度營養不良可能有一定幫助。」可見，這條推薦與「保健功效」毫無關係。
根據對螺旋藻的成分分析，其蛋白質含量的確很高，但僅限於和一般蔬菜相比。牛奶雞蛋的蛋白質含量不但更高，還更優質。至於螺旋藻的保健功能，就完全是忽悠。雖然在試管實驗和動物實驗中，有一些數據顯示螺旋藻有一定的抗氧化作用，但並沒有臨床實驗提供類似的證據，足以提供對人體有效用的結論。
唯一可以佐證保健功能的試驗，是在韓國78名60歲以上老年人中進行的：連續16周、每天服用8克的螺旋藻補充劑的受試者比服用安慰劑者，其膽固醇水平降低，一些免疫系統功能指標亦有提升。但值得注意是該研究是由韓國著名的CJ希傑集團進行，研究文獻的作者群並無包括大學等學術單位，而該集團的主要業務就涵蓋了食品和保健品加工。
美國研究稱不應推薦螺旋藻有保健功效
美國FDA多次對螺旋藻企業處罰，沒有認可螺旋藻的任何保健功能
與企業和行業協會的熱衷相反，美國FDA對於宣稱保健功能的行為，多次進行處罰。1982年，一家名為Mi-croalgae International Sales的公司因為宣稱他們的螺旋藻產品能夠減肥以及對糖尿病、貧血等有療效，被罰款225000美元；2004年、2005年，又有幾家公司因為宣傳螺旋藻可以「抗癌」和「降低膽固醇」遭到FDA警告。
美國國家衛生研究院(NIH)和國家醫學圖書館(NLM)匯總了公開發表的科學論文中對於螺旋藻保健功能的研究，對糖尿病、高膽固醇、抗癌、減肥等八種功能的研究質量評價是C級，即沒有清楚的科學證據證明有保健功能；而對疲勞症候群和慢性病毒性肝炎研究質量的評價是D級，即有證據證明其不具有這種功能。所以對於螺旋藻的總體評價則是：不應推薦螺旋藻具有保健功效。
由於FDA等食品監管部門通過多次處罰，禁止企業虛假宣傳。在國外，把螺旋藻當做保健品從未成為社會風潮。而且，如今比較著名的國際保健品生產商，其實都沒有生產螺旋藻產品(比如紐崔萊)；聯合國糧農組織2008年的報告顯示，美國、日本和墨西哥螺旋藻產量雖然還在上升，但多數螺旋藻都作為飼料原料，用作保健品加工的比例已經從30%下降到了13%。但在國內，2004年中國的螺旋藻產量超過了四萬噸；而根據2011年的中國螺旋藻行業協會發表的數據，目前全國螺旋藻粉的產量達到1500萬噸，居世界首位；同時，中國還是世界螺旋藻產品的主要進口國和第一消費大國。螺旋藻「保健」產業在中國依舊如火如荼。