JMC|輝瑞藥物化學家教您如何處理毒性基團?

2021-01-07 中大唯信

引言

傳統觀點認為毒性基團預選過濾對防止藥物不良反應的發生很重要,但實際上盲目過濾毒性基團對藥物的發展有很多弊端,目前針對毒性基團已經有很多處理的方法,此外不良反應還與諸多因素有關,可通過其他策略緩解。輝瑞藥物化學專家Amit S. Kalgukar在JMC上綜述了關於毒性基團在藥物設計中處理方案。

毒性基團的概念

圖1. 1982年華盛頓大學藥學院Nelson教授提出藥物代謝與藥物毒性文章

圖片來源JMC

毒性基團(structural alerts, toxicophores)是一類與藥物不良反應相關的官能團或亞結構。早在1982年華盛頓大學藥學院Sidney Nelson教授提出藥物代謝與藥物毒性關係,文章系統討論了系列毒性基團在體內代謝轉換為毒性化合物的例子,並引起大家關注。這些毒性基團也成為後續毒性基團的篩選過濾列表。

由於人們對反應性代謝物最終導致特異性不良反應(idiosyncratic adverse drug reactions,IADR)的機制了解甚少,因此在藥物發現中經常接受的一種策略是規避策略,無論藥物的益處如何,都必須在藥物設計中進行毒性基團的篩選。本文討論了幾種常見的毒性基團(例如,苯胺,乙醯苯胺,肼,苯類和硝基芳香族化合物,五元雜芳族化合物,烯烴,炔烴,硫醇等),為進一步了解毒性基團與IADR的藥關係提供了相關依據。

在臨床前藥物發現中消除毒性基團的方法及意義

1.反應性代謝物的捕獲實驗。通常方法是通過對藥物進行適當的體外孵育並輔以親核試劑「誘捕劑」來檢查藥物反應性中間體的形成。但是過程中產生的親電反應性基團由於不穩定而無法被檢測,因此,需要與親核試劑一起捕獲,並在培養過程中進行補充。「誘捕」方法的基本假設是被親核試劑誘捕的毒性基團可作為蛋白質共價結合的替代物。

2.蛋白質共價結合測定。無論是體外體內獲得的組織或血液或血漿中的研究,放射性標記化合物都可以促進蛋白質共價結合程度的測定。蛋白質共價結合數據指示了實驗化合物在體外和體內條件下形成反應性代謝物的傾向。在肝細胞和體內獲得的共價結合數據更有意義。

3.活性代謝物誘捕和蛋白質共價結合研究在藥物發現中的價值。當存在毒性基團時,重要的是通過實驗證明它們是否被代謝為反應性代謝物。對於反應性代謝物呈陽性的化合物,可以利用對反應物的結構(通常從反應性代謝產物與適當親核試劑的穩定共軛物的質譜或NMR表徵推論得出)來化學修飾反應性代謝產物的結構。在實際應用中,一種明智的做法是,在不犧牲藥理活性與藥代性質的前提下,儘可能使用非毒性基團替換毒性基團,這可以在後續研發與藥物註冊中省去關於毒性問題的解決。

毒性基團預先篩選的弊端

1.某些具有毒性基團特徵的安全藥物在代謝過程中並不會產生毒性基團,卻被誤認為是不安全藥物。

2.某些具有顯著效果的藥物由於具有特定的毒性基團特徵而不被接受。苯基取代基的生物活化會生成對苯二酚,鄰苯二酚和相應的親電子醌物種,也與有機溶劑苯的致癌性有關。實際上不可能從可用官能團的集合中除去未取代的苯環。

3.某些生物激活途徑缺乏經典的毒性基團特徵。導致毒性基團只有在極少數情況下才能觀察到,並且難以一概而論。

4.供藥物毒性基團篩選的系統或軟體並不一定正確,從而可能會對藥物造成錯誤的篩選。

5.在研究候選藥物中消除毒性基團會減輕IADR風險的概念也不一定成立。

影響反應性代謝物毒性的因素

1.生物激活和排毒。活性代謝物捕獲研究通常在含有NADPH和GSH的人肝微粒體中進行,僅能檢查CYP酶的氧化生物活化作用。在幾種情況下可以在人肝微粒體中觀察到CYP依賴的代謝成反應性代謝物,但在體內母體化合物,反應性代謝物前體或反應性代謝物本身可以通過產生無毒產物的替代代謝途徑有效地脫毒。這些體外體內觀察結果指出了在生理相關基質中進行詳細的後續研究以獲得生物活性和解毒的重要性,從而減少在人肝中運行的活性代謝物中產生的假陽性微粒。此外,這些結果也提高了完全消除基於人肝微粒體的反應性代謝物分析的可能性,而將重點放在對所有代謝物的整體表徵上。這需要在肝細胞系統中進行適當的分析驗證。如果在原代肝細胞中檢測到基於GSH的結合物,則可根據參與生物活性的酶,使用分離系統來執行判斷活性代謝物可靠性的工作。因此,對動物研究中的藥物處置途徑和人類預期的藥物處置途徑的詳細觀察和分析,並結合反應性代謝物數據,將會是臨床前藥物選擇的有效方法。

2.每日總劑量。IADRs最初被認為是劑量獨立的,因為大多數患者在任何劑量下都沒有觀察到不良反應,而且治療劑量範圍通常很窄。在大多數口服藥物中,優化主要藥理學效價和藥代動力學特性作為降低總日劑量的方法是小分子藥物發現計劃的一種標準操作方法。分析表明,總日劑量(≤50mg)的標準做法可能會有效減少不良反應。

結論

一味地去篩去可能含有毒性基團的藥物是不可取的,某些具有毒性基團的藥物具有顯著治療疾病的效果,相比之下,雖然毒性基團可能會引發系列的不良反應,但目前由於罕見病患者沒有其他治療選擇,因此他們通常更願意接受更高的風險,以減緩或逆轉疾病。因此仍存在治療危及生命的疾病如癌症引起的IADR並帶有BBW標籤的市售藥物。

在過去的十年中,在解決毒性基團避免策略以及在藥物發現中進一步完善管理生物激活問題上取得了很大的進步。儘管本文的重點是將生物激活過程產生的代謝物作為引發藥物毒性的可能原因,但引起不良反應的其他因素仍需探索。因此,除了對毒性基團的思考,我們需要同時考慮新陳代謝的依賴性機制和獨立機制,同時嘗試減少新藥候選者的特異毒性。

參考文獻

Amit S. Kalgutkar. Designing around Structural Alerts in Drug Discovery.J. Med. Chem. 2019, DOI: 10.1021/acs.jmedchem.9b00917

相關文章

DDT | 藥物機制與安全的多尺度模擬JMC | 諾華人工智慧啟發式藥物發現推薦系統DDT | 藥物設計中分子柔性的描述Nature Reviews | 人工智慧時代藥物設計的思考

相關焦點

  • JMC|計算輔助的輝瑞臨床2期TYK2抑制劑的研發過程
    圖1中的JAK激酶抑制劑的嘧啶並吡咯基團與Glu979和Val981形成氫鍵作用時,會與Ile960的側鏈發生空間碰撞(如圖2a所示)。這在一定程度上解釋了為什麼化合物1、2和3與JAK1相比,TYK2的效價分別降低了30倍、20倍和5倍。設計一個不與Glu969的羰基相互作用的鉸鏈結合基團可以解決與TYK2 Ile960的衝突。
  • JMC|機器和自動化時代的藥物化學:連續流技術的最新進展
    背景介紹藥物化學在化學生物學、藥理學和藥學研究中發揮著基礎性和潛在性的作用,以此用於發現安全有效的藥物。小分子藥物化學依賴於由化合物設計、合成、測試和數據分析組成的迭代學習循環,為全新的和成藥性靶點提供新的化學探針和先導化合物。
  • JMC | 藥物化學中的分子表徵學習
    研究者討論了分子深度學習領域的積極研究將如何解決當前描述符和指紋的局限性,同時在化學信息學和虛擬篩選領域創造新的機遇。2. 研究者簡要概述了表徵在化學信息學中的作用,以及深度學習中的關鍵概念,並認為學習表徵提供了一種改進小分子生物活性和性質預測建模的新方法。背景介紹為什麼表徵重要?
  • 輝瑞/諾華夾擊 禮來CDK4/6新藥如何脫穎而出?
    先上市藥物永遠要比後上市的同類藥物有更大優勢。因此,當FDA授予禮來公司CDK4/6抑制劑類藥物abemaciclib突破性療法認證時,許多分析人士感到疑惑。因為禮來公司的研發進度相對於輝瑞公司的palbociclib以及諾華公司的ribociclib都慢。如今,公司最新公布的一項abemaciclib的臨床I期研究中似乎解釋了FDA如此看重該藥物的理由。
  • 執業藥師考試-藥一-藥物化學結構與藥物代謝
    第三節藥物化學結構與藥物代謝  大綱要求一、藥物結構與第I相生物轉化的規律 ★ ★ ★ ★在藥物分子中引入或使藥物分子暴露出極性基團,如羥基、羧基、巰基、氨基等。第Ⅱ相生物結合(結合反應):是將第I相中藥物產生的極性基團與體內的內源性成分,如葡萄糖醛酸、硫酸、甘氨酸或穀胱甘肽,經共價鍵結合,生成極性大、易溶於水和易排出體外的結合物。
  • JMC|藥物發現和合成機器學習聯盟綜述人工智慧在藥物合成中應用
    他們共同撰寫了這篇文章,分享了他們認為的預測模型是如何整合到藥物化學合成工作流程中的,MLPDS成員公司目前如何使用它們,以及該領域的前景。計算機硬體和經電腦模擬方法的進步,加快和改善了藥物化學中典型的設計-製造-測試-分析(DMTA)藥物發現周期的各個方面(圖1)。其中一個越來越受關注的領域是,在製造階段使用數據驅動的合成預測工具,它可以加速合成過程和減少合成新分子實體的失敗。
  • 輝瑞新寵第三代ALK抑制劑Lorlatinib的大環之謎
    最近,輝瑞新一代ALK/ROS1酪氨酸激酶抑制劑Lorlatinib被FDA授予突破性藥物資格。於是,Lorlatinib作為第三代ALK抑制劑進入大家的視野,也為病人帶來了新的希望。當看到Lorlatinib的結構(圖1),其大環結構對我來說成了一個謎,為什麼是一個大環結構呢?這種結構又是怎麼被發現的?
  • 輝瑞最具潛力10大在研藥物
    輝瑞是全球最大的製藥公司之一,同時更是「全球最大以研發為基礎的生物製藥公司之一」。公司每年花費上百億美元進行研發活動,截止2018年7月31日,輝瑞的研發管線藥物有98個,其中11個處於申報階段,30個處於III期臨床研發階段。下面,將綜合分析一下輝瑞最具潛力的10大在研藥物。
  • JMC | 機器和自動化時代的藥物化學:連續流技術的最新進展
    ,並描述了加速藥物化學發現周期的自動化流程系統和端到端原型的設備和代表性例子。背景介紹藥物化學在化學生物學、藥理學和藥學研究中發揮著基礎性和潛在性的作用,以此用於發現安全有效的藥物。小分子藥物化學依賴於由化合物設計、合成、測試和數據分析組成的迭代學習循環,為全新的和成藥性靶點提供新的化學探針和先導化合物。
  • JMC|基於網絡的方法在藥物研發中的應用
    作者首先介紹了構建網絡的數據來源,然後展示如何使用網絡研究藥物相關系統的一些範例,其中專門介紹了基於網絡推理的應用以及布爾網絡動力學(Boolean networks dynamics),最後作者認為在未來幾年中,結合機器學習和3D建模方法的網絡應用程式將成為計算藥物發現中必不可少的工具。
  • 對話高端輝瑞:為患者帶來創新診療手段與藥物
    將創新藥引入中國:  10餘款抗腫瘤產品  惠及萬千腫瘤患者  自從進入中國以來,一向以研發著稱的輝瑞率先將全球領先的乳腺癌化療基石藥物、白血病標準治療藥物等引入中國。在接下來的30餘年間,輝瑞陸續引進旗下10餘款抗腫瘤產品,惠及中國萬千患者。  在輝瑞供職22年的李進暉正是這一歷程的見證者。
  • 研究人員發現藥物代謝在藥物研發中的作用
    另外,對吩噻嗪類安定藥,如氟丙嗪、異丁嗪、氯丙嗪、氟吩嗪、丙嗪的研究發現,化合物的親脂性是藥物能否透過血腦屏障的決定因素,親脂性強,腦內藥物濃度高。因此,在設計中樞神經系統藥物時必須考慮其脂溶性,對於含有極性基團如羥基或者羧基的藥物可以通過酯化形成前體藥物以增加脂溶性或油水分配係數的方法增強其透過血腦屏障的能力,在到達中樞神經系統後,藥物在大腦內含有的羧酸酯酶作用下水解,形成活性產物。
  • 蛋白質功能基團的化學修飾與其生物活性間的定量關係
    化學修飾是研究蛋白質的結構與功能關係的一種重要的手段,在相當長的歷史時期中曾經是研究蛋白質結構與功能關係的唯一手段。鄒承魯根據在蛋白質化學修飾反應中常見的一些不同情況,分析了蛋白質中必需基團化學修飾和活性喪失關係的6種主要情況,這6種主要情況分別為:1.修飾劑僅與一類基團反應,同類基團反應速度相同。
  • 超分子化學藥物簡介
    超分子體系可分為環狀配體組成的主-客體體系、有序的分子聚集體和由兩個或兩個以上基團用柔性鏈或剛性鏈連接而成的超分子化合物三類。        超分子化學的起源在一定程度上來自於生物體系。通過非共價鍵相互作用形成的超分子體系存在於眾多的生命活動過程中,如植物進行光合作用產生的葉綠素是卟啉環的鎂絡合物超分子等。
  • Alnylam:從30%到5% 如何降低RNAi療法的肝臟毒性?
    GalNac綴合的RNAi療法產生肝臟毒副作用的原因可能有以下幾種:RNAi藥物在肝細胞內溶酶體 (endolysosome) 內過度富集而幹擾了內溶酶體的正常功能;用於提高RNAi藥物穩定性的化學修飾可能產生毒性;RNAi藥物的脫靶效應。
  • 從分子設計角度 看蒽環類藥物結構及毒性
    作者:強森蒽環類藥物,臨床上被廣泛用作抗腫瘤抗生素,是過去幾十年來研究較多且發展較快的一類抗癌藥物。這類結構由於構效較為清晰,也是藥物設計-合成人員非常熟悉的類別。隨著臨床數據的不斷積累,其具有統計意義的不良反應也成為了這類藥物的附屬特點。因此,了解蒽環類藥物的結構、機制、療效、毒性等概況是藥物設計合成人員日常知識儲備較好的方式。
  • 經典抗腫瘤藥物——烷化劑
    烷化劑是最早問世的細胞毒物藥物,自 1942 年應用氮芥用於治療惡性淋巴瘤以來,烷化劑基礎研究和臨床應用迅速發展,目前已成為腫瘤化學治療藥物中最主要的一類藥物。
  • 藥物化學中常用試劑、基團英文縮寫
    MIBK 甲基異丁酮NPA 乙酸丙酯EtOH 乙醇其他:DMM 二甲氧基甲烷Isooctane 異辛烷IPE 異丙醚PE 石油醚TCA 三氯乙酸TFA 三氟乙酸TEA 三乙胺Py 吡啶 有機基團Diphenylmethylsilyl 二苄基矽基Dpp Diphenylphosphinyl 二苯基次膦醯Dppe 2-(Diphenylphosphino)ethyl 2-(二苯基膦基)乙基Dppm (Diphenyl-4-pyridyl)methyl (二苯基-4-吡啶基)甲基Et Ethyl 乙基Hex Hexyl 己基化學物質
  • 2020版《中國藥典》│遺傳毒性雜質檢測,您準備好了嗎?
    如何建立遺傳毒性雜質的監控能力成為一些製藥企業與檢測機構必須完成的挑戰,需儘早做好相應準備。 藥典四部新增《9306 遺傳毒性雜質控制指導原則》,用於指導藥物遺傳毒性雜質的危害評估、分類和限制規定,以控制藥物中遺傳毒性雜質潛在的致癌風險,為藥品標準制修訂,上市藥品安全性再評估提供參考。
  • 有機合成,必須防範的毒性試劑!
    鉻是惟一令人信服的具有遺傳性的金屬,其性取決於氧化狀態及溶解度,惟有溶解度小的鉻酸鹽是致癌的。可溶性鎳化合物因其顆粒小,呈現氣霧狀,易達肺部,以致肺癌為主;難溶性鎳化合物呈現粉塵狀,顆粒大,易滯留鼻腔,除致肺癌外,還可致鼻咽癌。給大鼠、猴氣管內反覆灌注金屬鈹、氧化鈹、氫氧化鈹等均可誘發肺癌。