近年來在感染領域備受關注的宏基因組技術是否徹底改變了該領域？復旦大學附屬華山醫院感染科主任張文宏認為，改變或者未改變事實上需要一次考驗，「當考驗來了以後，我們就知道是不是改變，我認為至少在這次新冠來臨中改變了。」
8月22日下午，在上海舉行的華大基因感染分子診斷高峰論壇上，張文宏分享了宏基因組檢測技術在整個大感染科中的應用。基於宏基因組學測序（mNGS）的病原學診斷技術是一種非靶向的廣譜病原學篩查技術，其不依賴於傳統的微生物培養，直接對臨床樣本中的核酸進行高通量測序，能夠快速、客觀地檢測臨床樣本中的較多病原微生物，包括病毒、細菌、真菌、寄生蟲。
張文宏在現場以此次新冠疫情為例，宏基因組測序利用其技術優勢，數天內快速鑑定並分析出新冠病毒的基因組，中國團隊也在1月11日率先向全球公布了新冠病毒基因組序列。與之對比的是，2003年SARS的鑑定耗時5個多月、2013年H7N9的鑑定也耗時1個多月。「有誰說這個時間還不夠快，應該更快一點，我倒是要問在世界上任何一次對新發傳染病的識別有沒有比這次更快的？事實上沒有。」
張文宏表示，「相信這一次從疾病的預警到確認都跟二代測序的應用有關，所以新技術的應用和誕生對整個領域的進展是非常重要的一件事情。」
張文宏團隊在現場也提到其團隊用宏基因組技術確診不明原因感染性疾病方面的多個案例。其中提到一名曾經到過非洲的患者感染了非洲錐蟲病，該患者在長達6個月的時間裡未得到確診，耗費近百萬。「來的時候奄奄一息，當時第一個技術啟動了抗體檢測，第二個技術啟動了二代測序檢測，在48小時的時候拿到測序數據，最終在72小時內我們從日內瓦找到藥，最終病人治癒。」
張文宏認為，這再次證明宏基因組技術診斷寄生蟲疾病也是非常好的。「這樣一個病例就成為在世界上第一例非洲錐蟲病可以用基因組學診斷的病例，所以我認為我們要解決臨床的問題，這是醫生和臨床微生物學要做到的非常重要的問題。」
張文宏在現場提及，「盡一切能力找到病源學的依據，這個應該成為我們感染科將來新一代發展的主要方向。」
不過他同時提醒，宏基因組技術並不是一個唯一的解。「事實上我要提醒大家，NGS的功能強大，但是不能所有的感染性疾病都要第一時間拿過來用，除非它是白菜價，如果人家不是白菜價，我建議大家要節約病人的醫療資源。」
張文宏表示，傳統的臨床微生物是根本，堅決不能丟掉，需在這個基礎上再去考慮其他的分子診斷等方法，「應該是一個多種辦法的聯合診斷，我們最懼怕的是人家給你介紹一樣東西，我們就都盯著這個東西，把最根本的最原始的東西給放棄掉了。」
他在最後總結道，「從新冠開始，我們進入一個新的時代，這個時代就是一個精準治療的時代，中國今天的新冠防治也是一個精準防治，所以在未來的感染科，我相信在臨床微生物基礎上的精準治療將是我們未來發展的方向。」
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