在道教史上，東晉南北朝是重要的轉折時期。道教由於門閥士族階級的改造，經歷了一番重大的變革，從早期傳播於民間的道團，直接上升為官方承認的正統宗教，在上流社會普遍流行，同時湧現新的道經，以《三皇經》《靈寶經》《上清經》這三組道經最為重要，即三洞真經。
《三皇經》在元朝被焚，現已失傳。在《道藏》的《洞神八帝妙精經》中，保留了不少三皇經的道法。其中共有最上乘的92枚符咒，這些符文代表某些天神地祗、仙官天將、五嶽四瀆之君、魂魄邪精的隱諱姓字。
《靈寶經》是由葛氏家族傳播的一組道經。其中《靈寶五符序》三卷收錄於《道藏》中，內容為養生求仙，上卷為存思服氣之術，中卷為服食草木藥方，下卷為佩戴或吞服的符籙以及成仙之法。 以五行思想為基礎，構造道教修煉方術，是東晉靈寶諸經共同的特點。靈寶派的兩個顯著特點是：注重齋戒科教，勸善度人。
靈寶派的修煉方法主要是符籙科教，它注重齋儀，同時又受到上清派的影響，也講思神、誦經，對金丹、房中之術甚為輕視。從其重視符籙科教方面來看，它比上清派更接近於舊天師道，故甚至有認為《靈寶經》系由張陵所造者。但實際上它和舊天師道那種搞畫符念咒，以「驅鬼降魔」「祈福禳災」的方式並不完全相同。 同時在修持方法上也比上清派更簡便易行，故能適合中上層人士的需求，發展很快。
上清派的開創人物魏華存、楊羲、許謐等，均系高門士族出身，有較高的文化修養，與封建統治的上層人物有著密切的聯繫，屬於士族知識分子，有的本身即是封建王朝的官吏。但東晉司馬氏政權對江南士族始終抱有戒心，甚至持歧視態度，因此這些信奉道教的世族子弟在政治上並不得意，於是他們便以老莊為精神寄託，並由此而信奉道教。
他們憑藉自己的文化，按自己的意志和愛好，對原來的舊天師道進行改造，使之適應士族貴族的需要。他們製造了《上清經》等許多經典。 在這些經典中，已經完全排除了早期道書中反映農民群眾的願望和要求的思想，在修煉方法上強調存思之法，著重個人修煉，因而為封建統治階級所樂於接受和讚賞，這是他們不斷壯大和發展的重要原因。
《上清經》的問世及傳布，在道教內部開創了一個新的派別，即茅山上清派。山中宰相陶弘景成為南朝上清派的代表人物。 在現存的《上清經》中，諸如金丹服食、導引行氣、佩符投簡、遁甲隱景、踏罡步鬥、高奔日月、餐吸雲霞、歌頌禮讚、召神伏魔、禁制虎狼等道術，應有盡有。