解放前的「中央研究院」比較多地學習了西方學術建設的傳統，院士制度是其中的一個環節。從民國初年到20世紀中期，半個世紀學習歐美所建立的學術體制在新中國成立後卻漸漸地拋棄了。直到如今，我們才漸漸意識到嚴格依章行事，尊重學術的自主和自由，是超越任何政體的科學發展的普遍法則
1947年初夏，完成參與北京大學復校工作，拖著疲憊身軀的中央研究院歷史語言研究所所長傅斯年去美國醫治高血壓。此時，中央研究院第一屆院士的提名工作已經在全國展開。6月20日，憂心忡忡的傅斯年不遠萬裡給北大校長胡適寫信，信中說「天下大亂還要選院士」，恐怕難以成功，「這事問題甚多，弄不好，可把中央研究院弄垮臺」，但「大家不聽」，也只好抱著「竭力辦得他公正、像樣，不太集中，以免禍害」。
傅斯年的擔心並非沒有道理。隨著戰火的蔓延，誰還有心思選院士？胡適召集北京大學「教授會」，討論發展，大家談的卻都是吃飯，歷史學家向達起身說：「我們愁的是明天的生活，哪有工夫去想十年二十年的計劃？十年二十年後，我們這些人都死完了。」
但結局卻是出乎意料的順利。1948年4月1日，中研院正式公布了81名院士的名單，最長者為83歲的吳稚暉，最年輕的是37歲的陳省身。2004年12月，當年最年輕的院士陳省身駕鶴西去，而現今唯一健在的首屆中研院院士貝時璋也已是105歲高齡了。如今，這批在戰火硝煙中產生的院士正漸漸地淡出人們的視野。
「從中央研究院院士到解放後的學部委員，再到後來的院士，我們似乎是繞了一個大彎才漸漸地回過神來，重新撿起我們以前曾義無反顧地拋棄掉的那些東西。」中國科學院自然科學史研究所研究員王揚宗告訴《科學新聞》，「而這些本該尊重的傳統和堅守的原則，在1948年的那次選舉中就有了。」
院士之議
現年75歲的中科院電工所嚴陸光院士在北京中關村的寓所向《科學新聞》講述了自己的父親、物理學家嚴濟慈第一次當選中央研究院院士的情形。「我當年也只有十幾歲，和家人住在昆明的黑龍潭。48年9月，父親從北平到南京參加第一屆中央研究院院士會議。會後，他特意由南京到昆明和我們團聚。」在嚴陸光的記憶中，平時一向少言寡語的父親在談到首屆院士會議的時候卻顯得十分高興。
在院士會議召開之前，3月25日至28日的評議會第五次年會進行了院士選舉，時任國立北平研究院物理研究所所長，47歲的嚴濟慈在普選階段，獲得25個評議員中的23票，當選為中央研究院第一屆院士。
嚴濟慈和中研院的關係要追溯到1928年中研院成立之初。那時，剛剛獲得法國國家科學博士學位、歸國效力僅一年的嚴濟慈就當選為正在籌備中的中研院評議會評議員候選人。只是那一年的評議會因為「關係複雜，牽涉太多」終究未能成立。
誠如院長蔡元培所說：「對於向我們諮詢專門問題的人，我們當然有指導的責任；對於在學術界有重要發明或貢獻的本國學者，我們有時亦認為有獎勵的義務；對於和我們志同道合的研究機關，我們更覺得有聯絡的必要。」為擔當「諮詢、聯絡、獎勵」任務，中央研究院組織法規定需成立評議會，「為全國最高學術評議機關」。
1935年6月，在中央研究院總幹事丁文江的推動下，評議會正式成立。而在同時當選的41位評議員中，包括了來自高校和學術機構的聘任評議員30人以及由中研院院長和所長組成的11位當然評議員。
「首屆評議員主要由學者組成，代表了當時學術界的最高水平，官僚在其間並不佔據重要位置，這樣他們的決策可以真正代表學術界，不至於僅僅成為政府的『傳聲筒』。」上海社會科學院副研究員張劍分析道，「雖有王世傑（時任外交部長）、朱家驊（時任行政院教育部長）這樣的純粹官僚，但王世傑的法學、朱家驊對地質事業的貢獻也是有目共睹的。」
評議會成立後，當年的《科學》雜誌發表社論說，評議員「除極少數非科學家外，餘皆為吾國科學界各方代表人物，極一時之選，評議會既告成立，實為該院最高策源機關，斯不僅關係該院前途之發展，亦吾國科學史上值得記載之一件大事」。
事實上，在院士會議舉行之前，評議會一直是中央研究院最高的決策機構，而在首屆院士的選舉中，「評議會和評議員無疑扮演了核心的角色」。中國科學院自然科學史研究所副研究員郭金海告訴《科學新聞》，「良好素質的評議員和能代表科學界意見的評議會為院士成功選舉奠定了良好的基礎。」
中央研究院首屆院士選舉15個籌委會委員，由評議員以通信投票的方式產生，分數理、生物、人文三組，每組5人，當選者需得到全體評議員半數以上的投票。1948年4月，第一屆院士產生，此後每屆的評議員都須經院士會議由院士投票方可產生。
選舉籌備
院士之議由來已久。蔡元培在最初籌備中研院時就計劃特設名譽會員和外國名譽通訊員，「其職權雖不盡如院士之重要，但重視學術專家及國家學院制度，實出一貫」。其後由於沒有充分的人才基礎以及抗戰的影響，只好以1935年設立的評議會作為過渡。
進入20世紀40年代中期，中國國內中央地質調查所、中國科學社生物研究所、北平研究院、中央研究院等各個研究所以及各個高校的相繼成立，各個基礎學科已奠定了基礎，同時也出現了一批在國際學術界嶄露頭角的科學家。加之抗戰結束，百廢待興，選舉院士、建立院士制度的提議自然也就浮出了水面。1946年10月，中研院第二屆評議會第三次年會作出了舉行第一屆院士選舉的決議。
1947年3月至5月，隨著《國立中央研究院院士選舉規程》的發布以及選舉籌備會的成立，院士選舉進入程序化操作階段。1947年5月16日，院士候選人的提名在全國展開。選舉籌備會給南京、北平、上海、天津、重慶、漢口、廣州、成都等地報社寄發《院士選舉籌備會通告》，請報社在頭版連續刊登3日。東北大學、雲南大學、山東大學、唐山工學院、中國地質學會、靜生生物調查所等50個機構積極響應。
正式提名結束後，選舉籌備會於8月27日至10月13日連續召開了四次會議，按照《選舉規程》對各方提名進行嚴格的初審，結果在所提的510人中，刪掉了108人，將剩餘的402人再提交給評議會。
在刪除的人選中，不少是因為提名者沒有遵行《選舉規程》的規定。在一份提交給評議會的材料中記錄了西北大學、交通大學等高校的教授因「一人投一科以上的票」而將其選票「均暫作廢」，並註明「按照本會選舉規程第四條之規定『每一教授不得投一科目以上之票』」。
1947年10月15日至17日，評議會第四次年會召開，審議402人的大名單，最終議決150名院士候選人。《選舉規程》曾對院士的選舉資格作出規定：其一，對所習的專業有特殊著作發明或貢獻；其二，專業學術機關領導或主持在五年以上，成績卓著。二者符合其一，即可當選院士。而候選人的學術水平，則是評議會尤其要考察的。
學問為大
但學術也許不是唯一的標準。在日偽機構任職者，不管其學問多高也一律被排除在外。原清華大學化學系教授薩本鐵因曾在日據北京大學當過化學系系主任而被除名就是一個例證。在此前的投票中，薩本鐵與高崇熙、黃子卿、孫學悟三位化學家並列化學組第三位。
除了出任偽職，政見不同也是一個「危險」因素。在1947年10月15日的會議中，針對考古學家和歷史學家郭沫若能否當選院士就發生了激烈的辯論。
有人認為郭沫若同情共產黨，其罪過更甚，理應予以刪除。此時，同為考古學家的夏鼐認為此事關係重大，遂不顧自己列席者不能參加討論的身份，起身為郭沫若辯護：「Member of Academia Sinica（中央研究院院士）以學術之貢獻為標準，此外只有自絕於國人之漢奸，應取消資格。至於政黨關係，不應以反政府而加以刪除。」鑑於雙方分歧很大，最後決定以無記名方式表決。結果人文組的13票對8票，仍將郭沫若列入了候選人名單。
1948年2月2日，遠在美國芝加哥的考古學家董作賓寫信給胡適：「春間中研院選院士，您必出席，關於考古學方面，希望您選思永或沫若，我願放棄，因為思永在病中，應給他一點安慰，沫若是院外人，以昭大公，這是早想託你的。」
董作賓在抗戰前曾無條件將殷墟新發掘的著名的大龜四版拓片送與郭沫若研究，不料郭卻搶先發表，兩人遂起芥蒂。
「此時他向胡適推薦郭，自然不知道胡適雖與郭政見不同，但依然站在學術公理的立場上支持提名郭當院士。」寧夏文物考古研究所研究員羅豐說。
意味深長的是，郭沫若當選中研院院士後，則拒絕接受學術界這一最高榮譽，他並不知道這背後許多人為他的當選所作的努力。
「不僅對於院外的人士不存在政治偏見，即使是對於院內的，如果覺得學術水平不夠，也不予選舉，這種寧缺毋濫的態度是真正貫徹始終的。」郭金海說。
作為中研院評議會的評議員，中研院天文所專任研究員兼所長張鈺哲、中山大學教授張雲及在加拿大的天文學家餘青松三人，本來具有「先天」的優勢，但會議認為此三人的學術水準尚不足與院士稱號相稱，最終決定天文學空缺，暫不提候選人。
胡適作為人文組的召集人，不但主持會議，16日晚更是連夜趕寫人文組院士候選人「合格之根據」，一直持續到凌晨4點。評議會連續召開，討論十分激烈，最後敲定的名單在17日晚7時公布。
新科出爐
1947年11月15日，中研院於政府公報和京滬各大報，公告了最後候選名單及每位候選人所治之學科或事業著述，並在發表公告後的4個月內歡迎各界人士提出批評及建議。候選人的公布，引發了不少學者的關注。
時任北大化學教授的袁翰青認為，北平研究院化學研究所研究員紀育灃「在化學界雖為前輩，亦偶有論文發表，但所發表之論文均無創見……國內類似紀先生為院士，恐既不能使國內化學界心服，亦不免使國際化學界訝異也！」王和夫揭發北京大學醫學院院長馬文昭的數篇文章「皆其技術員、助手及友人代作、代寫」，並說「評議員林可勝及吳憲二先生熟知此人，可請其作證」。紀育灃在普選中僅得1票，在接下來的四次補選中，一次得到1票，其餘三次均得0票；而馬文昭在普選中僅得1票，四次補選均得0票。
遠在美國的傅斯年也不甘寂寞，親自寫信由夏鼐轉交給中研院總幹事薩本棟，信中說：「候選人中確有應刪除者，如劉文典（時任雲南大學文史系教授）君，劉君校《莊子》，甚自負，不意歷史語言研究所之助理研究員王叔岷君曾加檢視（王君亦治此學）發現其無窮錯誤。更有甚者，彼曾為（雲南）土司之賓，土司贈以大量煙土，歸來後，既吸之，又賣之，於是清華及聯大將其解聘，此為當時在昆明人人所知者。今列入候選人名單，如經選出，豈非笑話？學問如彼，行為如此，故斯年敢提議將其自名單除去。」由於傅的舉報，劉文典在接下來的五輪投票中，得到五次0票。
但傅斯年同時要求醫學加入戚壽南（時任中央大學醫學院院長）和沈克非（時任上海醫學院教授）、農學加入農學家謝家聲的提議卻被評議會拒絕，理由正如夏鼐回復給傅斯年的信中所說的：「惟依章程，不能於候選人名單以外添人，故戚壽南先生等，無法加入。」
「依傅斯年在學術界的威望，他固然可以舉報，但卻不可在候選名單外推薦，足見評議會辦事是何等的重視規則。」郭金海說，「正是由於評議會嚴格按照選舉規程操作，才真正實現了院士選舉的公平與民主。」
1948年3月25日至28日召開的評議會第五次年會，經過分組審查、一次普選和四次補選，最終確定了81名中央研究院的首屆院士。而所有的候選人必須經過4/5投同意票才可當選，即25名評議員中需要得到20名評議員的票。
美中不足
雖然這81名院士「足以代表今日中國學術界的情況」，但也並不是完美的。夏鼐曾溫和地批評說：「中研院的所長和專任研究員，因為『近水樓臺』的關係，他們的工作和貢獻，院中同人自然比較熟悉。又加以人類到底是感情的動物，朝夕相處的熟人之間多少有點『感情』的關係。所以同等成績的學者，也許是院內的人比較稍佔便宜。」
而中研院時任院長朱家驊的當選更遭到訾議。時任北京大學教授、西北大學校長楊鍾健回憶說，地質學當選的6名院士中，「獨朱對於地質方面的工作太少。然因別的原因（推進工作有功）而當選。此事為許多人不滿」。時任清華大學農學院院長的湯佩松幾十年後回憶說：「至今我仍未得到一個問題的答案：個別院士是怎樣被『遴選』進來的？並且又如何『當選』為第一任院長的？」
張劍認為，朱家驊僅有兩篇博士畢業時代的論文，且以「研究家」名義當選院士，自然招來非議。
通過考察可以發現，以主持學術機關當選院士的有朱家驊、姜立夫、李書華、葉企孫、周仁和袁貽瑾等人。
在《國立中央研究院院士錄》的著作目錄上，姜立夫只有1945年發表在《科學記錄》上那篇用矩陣方法改寫並發展了圓素和球素幾何學的論文。李書華的著作也僅有1922年發表的兩篇論文。葉企孫的著作分別為1921、1925年發表的兩篇論文，都是學生時代的成果，回國後「即不研究特別問題」了。周仁亦僅有1915~1937年間發表的3篇文章。袁貽瑾的論文僅5篇，相比其他醫學家如陳克恢的225篇論文，實在有點少。
「這些院士的學術成就和當時的國際水準還是差很遠的，他們的貢獻主要也是作為國內該學科的奠基人，比如葉企孫，要求有很高的學術成就也不現實。」王揚宗告訴《科學新聞》，「但畢竟是通過嚴格的民主程序選舉的，在國內學術界至少得到了承認，而且相對比較集中，以從事科教領導崗位當選的畢竟是少數。以後就不是這樣了，55年學部委員就是通過推薦和協商選出的，沒有科學界的評議，其中還有不少學部委員是派到科教部門工作的黨政幹部。」
最後晚宴
在嚴濟慈的回憶中，1948年9月，遼瀋戰役已經打響。在炮火紛飛中，嚴濟慈從北平經天津坐船到了南京，參加23日舉行的中研院院士會議。
1948年9月23日上午10時，「國立中央研究院成立第二十周年紀念會暨第一次院士會議」在南京雞鳴寺中研院禮堂開幕。至少49名院士出席了開幕式。蔣介石、何應欽等政府要員，張伯苓、吳貽芳等教育界名流也參加了開幕禮。為求節約，整個會場布置簡樸，連鮮花都未擺設，雖然天氣陰雨，亦不開燈。
年齡最大的張元濟和聲望最著的胡適作為院士代表相繼發言。張元濟的講話給嚴濟慈留下了深刻的印象，以至於嚴濟慈回到昆明的家中還向家人稱讚張元濟的「直率」。83歲的張元濟在學界威望甚高，講話自然有很重分量，他說：「倘若再打下去，別的不用說，我恐怕這個中央研究院，免不了要關門。」
這番話使在場的何應欽等國民黨要員相顧失色。會後，胡適忍不住抱怨說：「菊老，今天大家在做喜事，你的發言未免說得太煞風景了。」
一向溫和的胡適則在發言中對眾人說：「不是我們掛方牌子作院士，只坐享其成；或者下半世紀也靠自己成績吃飯，而不繼續工作。中央研究院不是學術界的養老院，所以一方面要鼓勵後一輩。我們可以夠得上作模範，繼續工作，才不致使院士制度失敗。第二，多收徒弟。今天我們院士中，年紀最輕的有兩位算學家，也是四十歲的人了。我想我們這一點經驗方法已經成熟，可以鼓勵後一代。再即希望以後二十年，二百年，本院這種精神發揚光大起來。願互相勉勵。」
多年之後，嚴濟慈講起自己參加院士會議的經歷：會議期間，蔣介石在總統府請大家吃飯。到總統府去時，前面是幾部小車，我們這些院士坐大卡車。我們在車上開玩笑說：「大人坐小車，小人坐大車。」
是日晚8時，蔣介石在總統府官邸宴請全體院士。晚宴「極簡單而精緻，但五十歲以下人均覺不能果腹」。宴會時間不長，至9時一刻即散。
臺灣歷史語言研究所的考古學家石璋如後來回憶：「當時在研究院辦了很熱鬧的慶祝活動。上午開會，晚上就請吃飯，從總辦事處到地質研究所前頭的空曠處，桌子一路排開，放上酒跟點心，夜裡燈火通明，稱作遊園會。剛開始的時候人很多，愛去哪桌吃、喝酒都可以，可是天氣不巧，打了響雷下起了陣雨，大家就集中到總辦事處的演講大廳去了。」
在這新舊政權的更迭之際，無論是中國共產黨還是國民政府，在軍事戰場外，都對中國學人展開了爭奪。在蔣介石的授意下，傅斯年制定了「搶救大陸學人計劃」。中國共產黨也通過地下黨等途徑展開爭取。
嚴濟慈回憶：「開完院士會，我立即動身去了昆明。當時確有很多人跑了，有的去了臺灣。如果國民黨找到我，我也脫不了身。」嚴陸光告訴《科學新聞》，那時已是1949年的年初，北平已經解放，在清華大學讀書的哥哥嚴又光意外地遇到了多年不見的舅舅張宗麟。張宗麟時任北平市軍管會教育接管部副部長。他對我哥哥說：「趕快打電報叫你父親回來。」父親接著哥哥的電報，看到「麟舅盼晤」四個字，馬上從昆明到香港，在香港等了一個多月後，坐船轉道仁川、天津，隨後到了北京。
1949年1月，上海祁齊路的在君館，中研院將南京和上海各研究所的人員、儀器、圖書等集中起來準備搬遷至臺灣。4月24日，院長朱家驊召集院務會議，在會議席上，中研院的成員同意了遷臺的決議。但僅僅在會後不久，情況就發生了改變，許多研究所拒絕遷臺。在動員未果的情況下，朱家驊於25日乘飛機離開上海，飛往臺北。
國共局勢急轉直下。1949年5月，上海解放，中央研究院的大部分人員、圖書、儀器等最終留在了大陸，成了新中國發展科學事業的基礎和重要力量。而在中央研究院的81名院士中，遷至臺灣的僅有凌鴻勳、林可勝、傅斯年、董作賓、李濟、王世傑、吳稚暉7人，在國外的有陳省身、李書華、趙元任、汪敬熙、胡適、吳大猷等12人，其餘50餘人（除薩本棟等人去世外，）均留在了大陸。
在臺灣，依靠搬遷至臺的數學所及歷史語言研究所，殘存的中研院又要陷入復建的困境。
1949年初，已被蔣介石派專機由北平接到南京的胡適與傅斯年一起度歲。他們相對悽然，一邊飲酒，一邊背誦晉代詩人陶淵明所作《擬古》詩：「種桑長江邊，三年望當採。枝條始欲茂，忽值山河改。柯葉自催折，根株浮滄海。春蠶既無食，寒衣欲誰待。本不植高原，今日復何悔！」吟罷，兩人均潸然淚下。
1949年4月，南京解放，中研院在大陸關了門。
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