一些已經發表的和正在投稿中的論文，存在著邏輯錯誤，高影響因子刊物也不能倖免。不是說有這個毛病，論文就沒有任何價值了，但這樣的論文可能有一天成為「低水平研究時代」的證據，讓我們所處時代的科研工作者蒙羞。常見的幾種錯誤簡述如下，期望今後能減少。
1 「未見」作為「不存在」的證據
某件事沒有被觀察到，所以不存在，這種論證方式很常見。在引言裡，作者暗示本項研究前人沒有做過，理由是「未見文獻報導」，實際情況往往是作者本人不知道前人文獻，同時想當然地認為別人也不知道。還有一個例子，說全新世高海面事件（指海面高程高於目前的情況）不存在，理由是整個區域都沒有找到對應於高海面的沉積記錄，對此南京大學朱大奎老師有一句很到位的評論，他說：「在沉積記錄研究裡，有是有的證據，但沒有不是沒有的證據」。
2 「不同」作為「變化」的證據
圍墾要建造新海堤，海堤建造前後有什麼變化？這個問題，有的研究者決得很簡單，到實地找一塊地方，進行圍墾前後的某些數據採集，如潮水溝分布、潮流流速大小、波浪大小、植被生長情況等，回來後做些對比，如果相同，就是無變化，如果不同，就是有變化。但相同與否，即使不建海堤不是也照樣有？失誤在於，同一個系統可以有不同的狀態，這叫Variability（變幅），但不同系統內部趨勢性的演化結果，或者是發生系統狀態轉換之後出現的差異才是Change（變化）。所以，要確定是變幅還是變化，光看差異是否存在還不行，還要看演化趨勢和系統狀態特徵，所以不是簡單的事情。
3 相關性混同於機理解釋
相關性分析，可操作性強，經常用來建立經驗關係。但是，此類經驗關係是否成立，需要明確定義域或適用範圍。例如，在某個特定的潮間帶區域，從高潮位到低潮位的沉積物類型不同，每一種類型堆積的高程範圍不同，因此沉積物類型可以表達為高程的函數，對於這個地方，此函數是成立的。但如果把這一關係表述為：高程決定了沉積物的類型，某類沉積物一定分布於某高程，這就犯了將相關性混同於機理解釋的毛病。沉積物的堆積地點受到物源供給、水動力特徵、宏觀地形等條件的影響，並非僅僅受控於高程。因此，換個環境，沉積物堆積的格局可以大不同。
4 一元線性回歸分析：自變量和因變量互換
一元線性回歸分析被用來建立兩個變量之間的統計關係，評價兩變量之間的相關性大小，從回歸常數中獲得重要參數。但兩個變量，哪個是自變量，哪個是因變量，是不能互換的，否則會得到不同的回歸方程和回歸常數，雖然相關係數仍舊相同。這個特點是常用軟體所依據的高斯假定所帶來的。高斯在導出回歸算法時假定，自變量無觀測誤差，因變量有觀測誤差。所以要選擇沒有或較小觀測誤差的變量作為自變量。有時候，兩個變量的誤差相近，此時需要考察x軸變量和y軸變量互換帶來的影響。不幸的是，有些作者根本不考慮果這個問題。
5 「機理的過程」
有一篇論文，說要針對某種現象的機理，進行過程研究。按照定義，過程是指與某個系統有關的某種因素影響該系統的方式，而機理是過程的各種組合，其中之一與該系統的某個現象相對應。如此，「機理的過程」到底是想研究什麼，是說不清楚的。通常情況下，研究次序應是過程在先、機理在後。
6 結論和前提倒置
有一種奇特的辯論方法，說「所有的精神病患者都不承認自己是精神病患者，現在張三拒不承認得了精神病，這正好說明他有精神病」。用這個不合邏輯的說法開個玩笑是可以的，但付諸行動則會釀成災難，到街上去問問每個路過的行人，恐怕絕大多數都有精神病，要關到精神病院去。與此相對照，說「河流入海通量減小導致河口區發生侵蝕，觀測表明，現在侵蝕正在發生，這正是河流入海通量減小的效應」，是否有點問題。實際上，凡是這種情況，得出的結論最多是或然性的，能否坐實，要看能否排除掉其他的所有可能性。
7 「案例」誤為「典型代表」或「普適描述」
地學研究經常要進行現場觀測。長江口向海輸送沉積物，強度是多大？好的，選定大、中、小潮的時期各一天，再選擇一些站位，進行現場觀測。從觀測數據中，可以計算出一個數值。這個數據就是問題的答案。這個方法暗示，所進行的觀測是具有代表性的，甚至是普適的：「不信你再測？還是這個結果」。然而，我們怎麼知道真實情況的確如此？只有在了解系統行為的各種可能性及其出現的頻率，才能評價「代表性」。不少發表的論文，對所選案例在整個系統中的典型性和代表性，是迴避不談的，也就是說，無論研究了多少案例，我們還是不知道整體情況究竟怎樣。
8 「綜合分析」
什麼叫「綜合分析」？一些論文中宣稱要進行這種分析，但實際上是把所有的現象又羅列了一遍，把說過的話又重複了一遍。在操作層面上，「綜合」應該是歸納的，也就是說，要從個案中，通過變動範圍、出現頻率、典型性/代表性評價等方式，總結出一般的預測性陳述，例如對長江口沉積物輸運觀測結果進行歸納，給出「代表性輸運強度」及其計算方法。「分析」應該是演繹的，例如從長江口沉積物輸運公式中，可以得出特定情況下的輸運強度。因此，具體的操作要麼是歸納的，要麼是演繹，並沒有一種叫做「綜合分析」的動作。當然，對數據可以既做歸納，又做演繹，但這是做兩件事，不是一件事。
9 「地理環境決定論應徹底拋棄」
在人文地理學研究中，曾經產生過一種真正的科學理論，稱為「地理環境決定論」。不幸的是，人們以地理環境不是唯一決定因素為由，批判並拋棄了這個理論，致使這個有潛力的方向被迫放棄。任何科學理論，都要針對特定的系統，在這個系統之外理論是否適用，與理論本身無關。「地理環境決定論」說的是，一個地方是否重要，是受到其環境條件制約的。把地理環境當成一個系統，然後對其各個部分的重要性進行分類，然後考察各自的條件，從而得到一個總體圖景，這完全符合科學研究的流程和規範，研究中的一些缺陷，如「重要地方」、環境條件、支配程度、時間演化格局的定義，可以通過進一步研究來克服。科學理論通過明確定義域、提升預測的可靠性而得到發展，並進一步開拓出新領域。所以，人們犯下的這個錯誤對人文地理學打擊不小，歷史上這種錯誤還一犯再犯，對待馬爾薩斯的人口理論就是如此。
10 局部差異大小作為影響大小的證據
相同和不同，經常被用來作為影響大小的證據，但沒有考慮到系統演化的時間尺度問題。例如，在環境影響評估中，施工前後的環境特徵用模擬結果的差異來表徵。因為地貌演化受到水動力條件、沉積物輸運條件的影響，所以用施工前後的水動力和地貌對比被認為可以說明施工的影響。做起來也不困難，模擬一下施工前後的流程和地形，對比結果就出來了。然而，這裡有一個天大的漏洞：模擬的時間尺度遠小於地貌演化的時間尺度。有時，施工導致地貌系統的狀態轉變，從此其演化將導向另一個方向，最終變得面目全非。但在各種「環境影響評估」報告中這一點基本上是不管的。打個比方，優秀的和平庸的研究者，其差異要在後來的學術生涯中才能看出，如果只對比前一兩年，不大可能有巨大的差異吧。