抗菌藥的使用對人類健康和生命的保護功不可沒，但濫用抗菌藥則成為危害人們的健康和生存環境的重要因素。
濫用抗菌藥主要有以下四個方面的危害：
1、誘發細菌耐藥
病原微生物為躲避藥物，在不斷地變異，耐藥菌株也隨之產生。目前，幾乎沒有一種抗生素不存在耐藥現象。據文獻報導：耐紅黴素的金葡球菌已超過50%，耐頭孢菌素的菌株已達40%，耐喹諾酮的菌株在35%左右。
2、損害人體器官
抗生素在殺菌同時，也會造成人體損害。如喹諾酮類可致年幼動物軟骨損害，少數病人出現關節痛和炎症；四環素使兒童牙齒變黃；利福平、紅黴素均可引起肝損害；氯黴素服用後難以滅活，可引起兒童心血管衰竭的「灰嬰綜合症」，嚴重者可致死；氨基糖苷類可致兒童永久性失聰 ; 青黴素會發生過敏性休克，嚴重危及生命。
3、導致二重感染
在正常情況下，人體的口腔、呼吸道、腸道都有細菌寄生，寄生菌群相互制約維持著平衡狀態。如果長期應用廣譜抗生素，敏感菌群會被滅殺，而不敏感菌群則乘機繁殖，未被抑制的細菌、真菌及外來菌也可乘虛而入，誘發又一次的感染。
4、浪費醫藥資源
抗生素的生產有天然、半合成、合成3種方法，其中前兩種都需糧食作培養基；同時新的抗生素價格昂貴，濫用造成資源浪費和治療費用居高不下。