儒家學術派真正戰勝「百家爭鳴」的其它諸子學派向政治和權勢靠近，是在漢武帝接受董仲舒的新儒學主張，並且把儒學真正成為步入仕途的必學知識後。只是和西漢時期儒學發展的蓬勃形勢不同，東漢儒學地位與西漢時期更是不可同日而語。由於東漢時期豪族階層和儒學的結合更加密切，豪族與皇權的關係也進入了新的階段——學術與皇權的關係不總是和諧，這就導致東漢的儒學數次遭遇冷落，也將東漢大儒們困在了學術和皇權之間。
一、學術大儒墜入如此困境的深層原因
儒家學說的一個重要理想便是「內聖外王」落實到社會實踐中去，雖然西漢後儒家學說的政治地位有了顯著提高，可是並沒有做到所謂的「以道德引導政治，從而削弱軍權、崇民治、廢世襲」，可見政治目的並沒有達到。疑似到了東漢，儒家學術義不容辭的傳承者——學富五車的東漢大儒們，就開始了孜孜不倦的儒學講授和傳播。東漢的儒學發展在歷史長河中也算是奪目，究竟緣何形成如此困境，我們下面就將深入探討。
1、外戚權傾朝野，皇權爭鬥不絕。
不僅先漢受呂氏家族影響禍及近百年，東漢也深陷外戚幹政的泥沼中，1400多年前的漢順帝在宦官的擁立下以廢太子繼承皇位的這段傳奇歷史（堪稱東漢版奪門之變），便是由許多政權都深感頭痛的宦官和外戚幹政的問題。東漢皇權下移，不僅使外戚和宦官亂政以及邊關頻頻戰亂，無疑也十分不利於東漢文化事業的發展，即「國學」儒學不由自主的便陷入了權利的漩渦。自古思想控制都是封建政權的頭等大事，誰能利用好大儒們的宣傳言論，就是掌握了半壁江山。
政治上的分崩離析，很自然而然的使儒家學士隊伍裡存在著政治派別不同的問題，導致了學術問題上的討論無法客觀公正，存在著隊伍之間學術對立的問題。《後漢書》記載，當時的大儒隊伍之間，摻雜了很多人品卑劣，鑽研學術不精的道貌岸然的儒家學士。其實董仲舒之後的儒術很駁雜混亂，家法和師法都不統一，並且有很多小人曲意逢迎統治階級，這都將立志發揚儒學的大儒置於學術研究以及官場皇權鬥爭之間，很大程度上抑制了儒學文化的發展。
2、學術爭議頗大，統一儒學思想絕非一人之力。
劉秀的江山基礎與西漢不同，他是基於各豪強之力，逐漸合併建立的東漢政權。雖然建立江山的過程較之西漢順利，但是各豪強聯盟之間也存在著很大的問題——文化差異過大，文化碰撞問題在政權建立之後的若干年後甚至愈演愈烈。先不論在朝廷自顧不暇，無法幫助儒家學說交流過程中逐漸走向統一，單單各個文化流派的人互相抵制對方的發展，無法接受其它學派的思想主張，就給主張學派統一的某些大儒的措施實施帶來了極大的困難。
大儒們不但得時時刻刻提防著皇權鬥爭、權力爭奪隨時會給自己帶來的生命危險，還得周旋於各個權力集團之中，為自己基本的利益需求做出保障。《漢書學術編年》中就曾經記載過東漢儒家制度化的弊端以及對儒學發展的桎梏，儒學知識分子「生存尤艱」。更加劇了了大儒們的困窘的還有光武帝本人喜好對於儒學的排斥，那些想身居高位的大儒只好暫且放棄儒學，投身於政治漩渦。
二、歷經數載沉浮的東漢大儒
東漢王朝在公元二十五年締造之後，歷經了近兩個世紀的坎坷變遷，而在東漢王朝期間數經風雨坎坷的儒家學術以及大儒們，在見證歷史上最後一個姓「劉」的王朝開創光武中興、明章之治以及永元之隆的輝煌，也見證了「戚宦之爭」、董卓之亂。大儒們隨著東漢步入繁華，繼而面對禍亂。光陰兩百載，東漢大儒們又經歷了怎樣的成敗興衰？
1、東漢早期如日中天的儒學
吸取秦亡的歷史教訓，東漢在西漢的基礎上更加重視布衣百姓的教育，董仲舒之後的儒家思想顯然十分利於封建王朝的統治以及長治久安。其在董仲舒後由奴隸制的意識形態,轉變為封建制的意識形態,並逐漸成為封建地主階級統治工具。在封建社會發展的長過程中,由於封建的經濟基礎和政治制度總在不斷地發生變化,因此,作為封建意識形態的儒家思想必然也要變化。
後代著名史學家曾經盛讚東漢儒學「風華最美，儒學最盛」，劉秀善於使用儒家學說為教化百姓的一種現實統治工具，從而擺脫了前代對於儒學的使用一直處於一種十分飄渺，近似虛幻的層面上。都城洛陽更是儒家私學遍地，大儒們處於東漢王朝精神嚮導的無上地位。
2、東漢中後期漸趨式微的儒學
歷史發展到東漢後期，中央集權被豪強地主以及宦官外戚削弱，不僅如此，《後漢書》中還記載了當時土地兼併的惡化程度，導致數以萬計的難民流離失所，帶來了地方的不穩定因素的增多。另外一個很重要的因素還有儒學本身的局限性難以滿足當時唯心主義的人們對於命運和人生等真理的探求，缺乏這方面的相關解釋。戰亂以及各種不穩定因素的融合，使許多士人離開學術研究的領域，背井離鄉，尋求肉體的安穩之地。
還有許多在信仰中尋找出路的人便針對神學研究，從而產生了一股強大的"求真"思潮。身在其中的人們在理想與現實、真理與謬誤、虛妄與真實等多方面的矛盾與對立中尋找出路，這種價值導向甚至構成了東漢思想的主要趨向。各種新思潮逐漸出現並流行，而且開始廣泛傳播道教和佛教，直接衝擊著儒家思想作為核心價值觀念的地位，其統治地位進一步被削弱。
三、困境重重，大儒選擇各異
「南朝四百八十寺，多少樓臺煙雨中」，在東漢時期，佛教就對儒學形成了一定的打壓態勢。再加上政治方面的複雜險惡，將東漢儒家學士們潛心研究學術的追求變成了近乎奢求的美好願望，所以也便不難理解為什麼《後漢書》中所描寫的「滿朝儒士，學儒者寥寥無幾人」的局面為什麼會產生。只是歷史之所以偉大，便是因為不從眾者的逆行，為歷史朝更好的方向而奮鬥終身的人的存在。
東漢私學的興盛促進了儒學的社會化進程以及士人群體的加速形成，只是政治動蕩也影響了儒學的發展，導致了儒學的衰微。在這幾個儒學發展歷程中，都出現了偉大的大儒，他們或推動儒學走向更盛的繁榮，或是拼盡全力穩固儒學的穩定地位，或是不離不棄，拯救日益被東漢社會邊緣化的儒學。
起推動作用的代表人物之一便是班固，他出生在聲名赫赫的儒學家族，自幼便接受極其全面和系統（對於那個時代而言）的儒學教育。作為一名心懷大義，有擔當有情懷的儒學世家，他在班彪去世後便在《史記後傳》的基礎上撰寫《漢書》。歷時二十餘年，終於完成這部照亮歷史長河的驚鴻之作——《漢書》。雖然因為被捲入政治漩渦喪命，但是他一生著作齊身，不僅撰寫了「前四史之一」的《漢書》、開創了《京都賦》的範例，他編寫的的《白虎通義》，還被稱作是集當時經學之大成，使讖緯神學理論化、法典化。
穩固儒學地位的大儒代表應當是馬融，和班固相似的是，他們都出身名門，可以接受到優越的教育，只是也因為靠近政治，多少也被政治束縛影響。馬融因為學術主張與朝廷的政治主張相左的緣故，一生中也歷經數次貶謫，境遇居然差到「饑寒，無所食」。馬融最為卓越的成就便是綜合各家之學，將古文經學推進了一個新的發展階段，統一了儒學自董仲舒以來思想體系紊亂的問題。
扶大廈於將傾的東漢末年儒學家盧植被譽為是「三國中唯一一個完人」，他熟讀經學，潔身自好，是劉備的老師。盧植性格剛毅，不近女色，就連曹操也對他稱讚連連，說他「學為儒宗，士之楷模」。作為動蕩政權下的一名學者，他寡慾清心，全身心投入到儒學的繼承和弘揚工作上，他續寫的《東觀史記》對東漢儒學的保留和繼承意義極大，《明史》中記載盧植在唐朝時配享孔子，地位之重、名聲之盛，可見一斑。