東漢的滅亡也是神學經學的滅亡。魏晉南北朝期間，儒學幾乎蕩然無存，由無賴之風轉而為清談虛議。清談之風漸熾的另一個原因是佛教的興盛。佛教給個體以心靈的恬淡之感，從而使儒學的宏大敘事轉變成了自我審視。士人的無賴之風可由範曄的行節來說明，清談虛議則可由顏之推批判的"治官則不了，或家則不辦"現象來形象地描述。無賴之風的興起有利於大動亂之後統治的勉強維持，可以說，是一個政治上的權宜之計。
東漢後期，儒家為拯救衰敗的君權，從政學者往往以與外戚集團結盟的方式來對付橫暴無忌的宦官集團，因此士族階層就與宦官集團形成了積不相能的"歷史關係"。到了曹操崛起，他雖有士族之學術背景，但家係為宦官，仍與儒家從政學者為敵；再加上實質已經取代東漢，政治行為於其學術背景下的道德原則上無法講通，就採取了"提倡無賴之風而摧抑士氣"的方法[注1]。獻帝建安十五年退封縣而拒不交兵權的告示，最好地說明這點；到了其子曹丕那裡，更是全然否定舊的道德標準，使秦漢以來的風俗為之一變。
曹魏既是無賴之風的受益者，也是無賴之風的受害者，司馬氏以效法"漢魏故事"的方取代它。雖然司馬氏以恢復儒家名教為要務，但其取得權力的方式不合儒家"忠"的道德標準，只落了個"以孝治國"的歷史笑柄。蜀漢降官李密寫《陳情表》，希望按孝的道德原則回家服侍祖母，把司馬氏搞得狼狽不堪。六百年的蜿蜒之路。隋朝結束了中國大分裂的局面，初步統一了中國舊有之天下，也開始努力恢復儒家的道德原則。學者王通[注2]率先起來喊口號，提倡"明王道"、"尊孔子"，這一口號在學術界反映為對無賴政治遺風的修正。
王通力主佛、道、儒三家為一體即"三教可一"而不是相互攻訐。他認為：佛教來自（當時認為的）西方，到了中國則本身分化成各種派系，以致經義雜然不精；中國的道教雖然產自本土，但不重視傳統的仁義孝悌之倫理，不利於社會生活秩序化；儒家又不如前二者靈活，應當吸收前二者的長處。在國家治理原則上，王通也十分實際，認為夏商周三代的政治遼遠不可考，應以漢代為樣板。可惜，正如隋朝的短命一樣，王通很短命，只活了38歲，在隋亡的頭一年死掉了。
唐初雖然沒有魏晉南北朝時期的無賴政治習氣與清談之風，但是道家佔了主流，儒家只是提供考試資源而已。至唐中期以後佛教熾盛，更大地壓迫了儒教的生存空間。約過了200年，韓愈[注3]則比王通"三教可一"的意識形態政策主張更近了一步，力倡建立儒家的道統或曰法統。其中，道統之論顯然來自道家，而法統之論顯然取乎佛家。韓愈的信心堅決，理論體系也十分清晰，他聲稱："抑愈所謂望孔子之門牆而不入於其宮者，焉足以知是非邪？"在抽出孔孟之學的精髓時，他論道："博愛之謂仁，行而宜之謂義，由是而之焉之謂道，足乎無待於外之謂德"。
韓愈的學術主張與政治抱負均未能實現，為官竟然三次遭貶：第一次，在永貞元年（公元805年），他上書反對宮市即宮中強行低價購買民物，以及請察旱災免民租賦，遭貶，由監察御史（監察部長）一降為縣令；元和十年（公元815年），以中書舍人身份上書，請討伐淮西淮鎮割據勢力吳元濟，再次遭貶；元和十四年，上書反對迎佛骨，又在刑部侍朗職位上被貶到外地做刺史。穆宗即位，召為國子祭酒，轉為兵部、吏部侍朗，再升為京兆尹（長安市長）、御史大夫。在韓愈三落四起的官場經歷與他為宋代理學開先河的學術作為，均被後代一般歷史閱讀者所忽略。這一方面是由於他是古文運動倡導人並為唐宋八大家之首的緣故，即他的文學家身份衝淡了他的哲學家身份。
另一方面，程朱理學自宋以後在中國政治思想史上佔有了確然不拔的地位，普通歷史讀者，沒興趣再往上追溯歷史。放下韓愈不論，即便是宋代理學的開山祖師周敦頤（1017-1073），與韓愈之間仍有250年的歷史時間，而周敦頤經程顥、程頤，再經張載到朱熹，仍有120年的時間。大體算來，自王通至朱熹，儒學的恢復以至於成為理學，蜿蜒走來，用了將600年的時間。這個蜿蜒之路雖然終於通向了一個思想的巔峰，但它卻由王通的寬容轉為韓愈的純粹性堅守，再到程朱理學則變成褊狹與激憤。程頤留下的"餓死事極小，失節事極大"的倫理原則，典型地說明了思想的純粹性一變為世俗倫理的刻薄性，那樣一個過程。無論是學術風格還是個人品格上，朱熹都完全承襲了二程兄弟，或曰性格上更接近程頤。程朱理學之謂，最終還過"朱學"[注4]而已，即由朱熹將儒學進行重新定位，使他成為孔丘之後的最傑出的儒學思想家。