1、新農合全稱是《新型農村合作醫療》，是有農民每人每年交一小部分錢，國家出大頭組成的一個報銷程序。必須是農村戶口才能參加新農合，每人每年交的錢只管當年，次年需再交錢才可以享受新農合。針對的人群是在家務農，沒有出來城鎮務工的農民。
2、社保是社會保險的簡稱，社會保險就是國家通過立法手段，在勞動者因為年老、患病、工傷、失業生育以及死亡等原因，暫時或永久失去生活來源的時候由社會給予一定的物質幫助的社會保障制度。社會保險具有：保障性、普遍性、互濟性、強制性、福利性。在社會保險基金入不敷出時，由國家財政資金來彌補基金的缺口。
社保卡和農村合作醫療，住院報銷你只能享受其中一個，也就是說，你要麼按照新農合報銷，要麼按照社保卡上的醫療保險報銷，即使你兩個都繳納了，二者也不可兼得。
社保要連續繳納夠25年，退休後才能永久享受醫保，而農村合作醫療保險是交一年管一年。這個區別的話，因為很多農村老人是沒有社保的，這個時候選擇交醫保就是非常合適的了，為自己的將來買個保障還是非常有必要的。
針對人群不同：新型農村社會養老保險，簡稱農保，針對的是未就業未參加社保的農村戶籍居民，由個人自願繳納，沒有強制性；而社保針對的是在職職工，單位和個人依法必須繳納，具有強制性；
包含項目不同：社保包括養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險和醫療保險；而新農保只是養老保險，因此社保的保障面更廣。因此，在農村交新農保的人，往往也參加了新農合。社保的繳費水平較高，養老金平均水平也遠遠高於新農保。
領取年齡不同：社保退休，男性60周歲、女性工人50周歲、女性管理技術崗位的55周歲退休；而新農保，男女均為60周歲辦理養老金領取手續。
繳費方式不同：農村醫保是由參保人負擔全部費用，而社保是由職工和公司一起承擔費用的。但是農村醫保一年一交，每年保費幾百塊，社保一月一交，各地繳納基數不同。
待遇不同：農保和社保屬於國家社保制度的兩種不同類型，主要區別在於針對的群體不一樣。農保主要針對農民，繳費少，退休時領取的退休金也少；社保主要針對城鎮就業人員，繳費多，退休時領取的退休金也多。
至於兩個社保交哪一個，根據個人的經濟能力來定。
新農合繳費水平低，相應的待遇也低，本來針對的就是未就業未參保的農村居民；而職工社保繳費水平高，享受的待遇也多些、高些，其中就包括很重要的醫保待遇，因此兩者二選一的話， 建議選擇繳納城鎮職工社保。
另外，如果到退休年齡時你的社保還在工作地，並且在當地累計繳費至少滿10年，其他地方交的+在該城市交的社保累計至少滿15年，就可以在該城市退休；如果你在工作地繳納的社保不滿10年，那麼就要轉回農村，將職工醫療保險轉移成城鄉居民醫療保險，並在老家辦理退休手續。