NRGene和日本Kazusa DNA研究所利用Illumina數據揭示八倍體草莓...

2020-12-05 美通社

以色列 NESS ZIONA 和日本 CHIBA 2017年2月17日電 /美通社/ -- NRGene 利用 Illumina 生成的測序數據，僅在兩周內便完成八倍體雜合子草莓基因組的組裝工作。

全球公認的基因組分析領導者 NRGene，近日完成史上第一個商業化種植草莓複雜基因組的組裝。

大多數植物、動物和人類基因組均為二倍體 ——每個基因含兩個變體。草莓基因組中每個基因包含八個幾乎相同的變體，因而，要對每個基因進行準確定相，依靠原有技術無法實現。這一不可能被 DeNovoMAGICTM 3.0 改變。

NRGene 基於雲計算的 DeNovoMAGICTM 3.0 軟體利用 Illumina 測序數據，僅在兩周內便完成了八倍體雜合子草莓基因組的組裝工作。

「看到 NRGene 如何運用 Illumina 數據，快速且經濟地組裝各種複雜基因組，包括此次的草莓基因組，真是令人興奮。」Illumina 公司農業基因組學副總監Ryan Rapp說，「我們希望這項技術能讓全世界的農業研究人員獲得進入基因組學的權限，從而以更具可持續性和更有效的方式，改善食物供應。」

NRGene 公司的 DeNovoMAGICTM 3.0 利用 Illumina 生成的較長相位序列片段，提供完整和高度精確的基因組組裝。而一旦有了被破解的多個基因組，NRGene 可進一步利用其泛基因組平臺 PanMAGICTM 比對多個單個樣品的完整基因組序列，以捕獲遺傳多樣性，同時更精準地確定所有品種的有益性狀特徵。

「根據 NRGene 提供的基因組數據，草莓育種者將能更快培育性狀更好的草莓品種——生命力更強、更抗病、保質期更長。」日本 Kazusa DNA 研究所植物基因組學和遺傳學實驗室負責人 Sachiko Isobe 說道。

過去12個月裡，NRGene 已經交付了第一個麵包小麥、二粒小麥和硬質小麥基因組，幾十個新的玉米、大豆、棉花和油菜基因組，目前還在幫助更新繪製利用之前相對陳舊和低效技術繪製的基因組圖譜。

 「此次草莓基因組組裝表明，NRGene能夠快速準確地繪製即便是較複雜的基因組。」NRGene 公司執行長 Gil Ronen 說：「而我們技術的最終價值則在於，它可用於分析和組裝跨越所有物種的任何一個基因組。」

更多詳細信息可訪問：http://nrgene.com/strawberry-results

該項目由 NRGene 與日本 Kazusa DNA 研究所合作完成，並由日本農林水產省提供部分支持。

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