傻傻分不清楚……
屎腸球菌和糞腸球菌，
真的是一對讓人很無語的名字，
聽起來都是髒髒的，有啥不一樣麼
1. 譯名是怎麼來的？用意如何？
拉丁文直譯。
Enterococcus faecium（屎腸球菌）Enterococcus faecalis （糞腸球菌）的拉丁名其實就是同義詞。faec-這個詞根在英語也用，比如faeces（常拼做feces），就是糞便的意思。-ium，-alis是兩種科學術語常用的名詞後綴，本身是沒有什麼實際含義。
也就是說faecium和faecalis實際上是一個意思，都是指糞便，也就是同義詞。那在翻譯的時候也只好找一對同義詞，都指糞便的，「屎」和「糞」就很合適。
2. 會不會產生混淆？
當然會。
但是這個問題是拉丁名導致的。Enterococcus faecium的Wikipedia上寫著「Not to be confused with Enterococcus faecalis.」，Enterococcus faecalis那頁也寫了同樣的話。
3. 為什麼會出現這麼混論的拉丁命名呢？
既有客觀原因，也有歷史原因。
兩種菌都是常見的偏利共生的腸道微生物。到1990年，在臨床分離中，faecalis（糞腸球菌）佔比90-95%，而faecium（屎腸球菌）為5-10%，歷史上faecalis遠遠多於faecium，這是客觀原因。
對人的腸道微生物的研究不可避免的會先發現佔比大的優勢種，然後才越來越精細發現比例小的其他物種。所以由於物種發現的先後順序，其實經常會出現命名不合適的尷尬情況。這是歷史原因。
歷史上faecalis也的確是先發現的。
1899年的時候Thiercelin and Jouhaud發現在有一大類微生物和Bacterium coli (今天被廣泛用作模式生物的E.coli，腸道微生物裡面的一個優勢種，也是最早被發現的腸道微生物之一）一起在胃腸道內廣泛生長，並提出了今天使用的Enterococcus腸球菌的屬名（原文使用Enterocoque）。同一時間MacCallum and Hastings從一例心內膜炎的病理中分離了致病菌，命名為Micrococcus zymogenes，也就是後來的E. faecalis。
1906年Andrewes and Horder首次使用了Streptococcus faecalis這個名字，並確認是糞便來源的，得到了和M&H相似的觀察，從而確認是同一種菌，使用faecalis這個名字，是為了強調細菌本身是一種腸道微生物（儘管最開始的發現是在心內膜炎）。當時鏈球菌屬，就這麼一款糞便來源的微生物，用faecalis命名非常合適。
而早期的形態學觀察並沒有分離出faecium，實際上，從菌落形態上區分這兩種菌是挺困難的。直到1919年Orla-Jensen發表的發酵研究才第一次描述了Streptococcus faecium，辨別的方式是發酵類型的細微差別。比如faecium不能發酵甘露醇上，而faecalis可以。因為faecium也是糞便來源的微生物，也沒有什麼天賦異稟的特徵可以用來命名，所以暫時命名成faecium也不奇怪。如果命名成「糞便來源不能發酵甘露醇鏈球菌」，一個詞顯然放不下……如果為了遷就faecium，就改了faecalis的名兒——人家先命名的都用了十多年了憑啥跟著你改。
但這種命名的確還是有點不負責任的，太容易混淆了。怎麼解決這個問題？
Sherman是一個研究鏈球菌的科學家，也是他最開始建立了enterococcal group的框架（1937年），也發展成後來的腸球菌屬。Sherman的分類中，認為faecium和faecalis實際上是一個物種，所以這事就這樣解決了…………大事化小小事化了。
直到1960年前後，faecium才被確認，的確是另一個物種啊啊啊。
然而這時候，除了發酵類型還是沒有很好的方式區分兩個物種，而這兩個名字都已經用了半個世紀了，真正研究這個領域的人完全沒有ium，alis傻傻分不清楚的困擾。既然沒有更好的命名方式的提出來，於是又理所應當地繼續沿用下去了。貿然改名，只會造成新的混亂。
最後的最後，在1984年，人們通過遺傳學手段發現，enterococcal group這一群和其他的鏈球菌親緣關係太遠了，所以乾脆，就升一檔，成立腸球菌屬，也就是沿用至今的Enterococcus faecium（屎腸球菌）Enterococcus faecalis（糞腸球菌）的兩個拉丁名。這裡改名一方面是因為的確有理有據，另一方面，腸球菌的概念也用了很久了半個世紀了，新命名不太會引起混亂。
【1】雖然歷史上faecalis遠遠多於faecium，但是現在的臨床分離中，faecium的比例越來越高。主要原因是耐藥性的廣泛傳播，使得在抗生素篩選之下faecium有更強的適應度。
【2】兩種菌在血平板上的菌落形態還是可以明顯區分的。的確這也是目前常用的除了甘露醇高鹽平板之外的鑑別手段之一。
另外，還要釐清的一點是，Sherman的那個年代可能是沒有這種經驗可以參考的。現在使用的瓊脂培養基（Agar plate）雖然可以追溯到1881 Wlather Hesse，但是各種配方的特殊培養基誕生的時間是各有先後的。血平板技術，目前能查到的最早的記錄，是Bulloch’s 1938 The History of Bacteriology——「Agar poured out in a thin layer in a Petri dish may be smeared with blood in the same way and used for culture. 」文章裡描述了血平板配置的各種方式，但也只是建議來用來研究病原菌，當時可能還不是一種成熟的通用技術。