在把這種方法應用到丹尼索瓦人身上之前，卡梅爾和戈克姆安的團隊首先測試了它能否對尼安德特人進行成功預測，因為有數以百計的化石存在，他們的解剖結構已經為學界所知。
卡梅爾解釋說，通過這種方法對外貌所做的預測都是定性的和相對的：「我可以告訴你他們的手指更長，但我沒法精確地說它們要長2毫米。」
團隊發現了33個有可能通過甲基化模式預測的尼安德特人性狀。他們的研究結果準確預測了其中的29個，比如尼安德特人的臉比現代人的更寬，而頭更平。但研究也錯誤地預測了顱骨各塊骨頭之間連接處的凹痕（稱作骨縫），在現代人中間更寬。
他們預測這群遠古人有很多和尼安德特人相同的性狀，譬如，前額低而胸廓寬，但他們也鑑別出了一些差異之處，包括丹尼索瓦人的顎骨與顱骨更寬大。
雖然現在還不可能知道他們描繪的這幅肖像有多準確，但其中有一部分預測得到了來自化石殘骸的證據支持。
丹尼索瓦人化石記錄裡最具特徵性的一點是巨大的臼齒。儘管因為臼齒的大小未包含在研究團隊使用的資料庫裡，他們無法對這一點做出預測，但是他們還是得以確定丹尼索瓦人有很長的牙弓，這可能是對巨大牙齒的一種適應。
來自青藏高原的丹尼索瓦人化石是一塊擁有16萬年歷史的下頜骨，它的4個性狀裡有3個與戈克姆安和卡梅爾預測的相吻合。
此外，維奧拉在會議上展示過（但還沒有在論文裡正式描述過）的一塊來自丹尼索瓦洞的頭骨顯示，這個類群的頭部很寬——這與通過表觀遺傳做出的重構結果也是相符的。
但是，9月發表的一篇論文重構了丹尼索瓦人的指尖，結果表明他們的指尖和現代人的一樣細長，這就和預測裡像尼安德特人那樣的粗大手指不一樣了。（詳見丹尼索瓦人更像尼安德特人or 更像智人？從08年發現的那根手指說起）
「我認為大方向是正確的，但具體到個別性狀的話，還有許多可以商榷的地方。」維奧拉說。
雖然這些預測讓他印象深刻，但他並不確定它們會如何被用於確定丹尼索瓦人實際的長相。潛在的丹尼索瓦人骨骼化石太過稀少，它們中的絕大多數都已經被拿去做DNA或蛋白質測試，那是目前唯一可以把遺骸與那個已經滅絕的古人類群體聯繫在一起的方式。
美國麻省理工學院的計算生物學家馬諾裡斯•凱利斯（Manolis Kellis）認為這是一種「絕對有效的方法」。凱利斯致力於處理表觀遺傳數據，他認為卡梅爾和戈克姆安的團隊很好地解釋了他們預測裡的不確定之處：「由此得到的結果是很可靠的。」
英國弗朗西斯•克裡克研究所的群體遺傳學家蓬託斯•斯科格隆（Pontus Skoglund）認為，未來科學家也許可以通過表觀遺傳學方法，重構只留有化石殘片、甚至只留有塵土DNA的古人類的解剖結構。不過他覺得這種方法最能大顯身手之處，還是用來預測像行為那種根本不留存在化石裡的性狀。