真空冷凍乾燥食品加工的設備優化有幾個值得注意的方面。
如今，我國市場上銷售的很多真空冷凍乾燥機設備會根據加工食品的不同而進行分類，然而普遍沒有根據具體的應用環境細分應用模式。
很多真空冷凍乾燥機設備都採取統一的處理方法，沒有對同一類別食品中不同的細類進行優化，這使得在食品加工的過程中，難以提高加工質量。不同食品的水分含量不同，內部結構不同，比熱、導熱性質有所差異，重量和厚度各異，這使得在冷凍乾燥時，需要的時間也會各有不同。
比如，草菇的共晶點為 -23 ℃，和其他果蔬類食品之間的差異會導致採用統一的冷凍乾燥標準進行加工時無法達到令人滿意的效果。草菇的共熔點是 -20 ℃，胡蘿蔔的共熔點是 -15 ～ -14 ℃，現階段我國市售的絕大多數真空冷凍乾燥機設備都不能滿足對二者的同時加工要求。再以蘆薈為例， 其共晶點為 -12 ℃，共熔點是 -2 ℃，為了使凝膠形狀不發生改變，蘆薈在真空中加工時，溫度需要維持在20 ℃以下。此外，我國現階段的真空冷凍乾燥機設備市場並沒有形成良好的秩序，個別設備以次充好，沒有達到其宣傳的功能水平，造成食品加工效果不好。要想提高冷凍乾燥加工技術的水平，真空冷凍乾燥機設備生產廠商首先要對設備進行多功能設計，加入針對不同食品的加工模式。比如，在設計設備時，可以加入時間、溫度等多種參數的調節功能， 而且加工模式應分成自動加工和人工加工兩種。
不僅如此，廠商還要積極學習西方發達國家的真空冷凍乾燥機設備生產技術，優化自產的設備。食品加工商也要注意，在使用真空冷凍乾燥機設備時，要根據食品的特性選擇合適的加工方式，在保證食品外在形態的基礎上，還要利用凍幹技術各種參數的控制來保證食品的口感和營養價值。以草莓凍幹加工為例，草莓的冷凍溫度和共熔點都有一定的特殊性，生產商應根據這種特殊性來選擇合適的真空冷凍乾燥機設備，並通過試驗，來檢驗設備的凍幹加工效果，確保其性能達到要求，能夠讓加工達到預期效果之後，再進行大規模的凍幹加工。