如何運用CRISPR-cas9基因編輯技術發高分文章?

2020-12-05 深圳南博屹生物科技

最近「基因編輯嬰兒問世」事件引起了業內強烈的轟動,在該項研究中賀建奎採用了CRISPR-cas9技術對胚胎進行編輯,用5微米、約頭髮二十分之一細的針把Cas9蛋白和特定的引導序列注射到還處於單細胞的受精卵裡,來達到預防HIV病毒的目的。

關於CRISPR-cas9技術,大家應該都不陌生,我們先來了解一下它的原理:

CRISPR系統最早是細菌在長期演化過程中形成的一種降解入侵病毒的DNA或其他外源DNA的免疫防禦:當病毒把自己的基因整合在細菌的DNA上,企圖利用細菌的複製功能來為自己服務的時候,細菌就進化出了CRISPR系統,把病毒基因從自己的染色體上切除,同時將這些信息錄入自己的基因組,當病毒再次入侵時該系統起到識別入侵的作用可再次切除病毒的DNA,清除病毒的外來入侵基因。這與我們人體的免疫過程大致相同。

目前應用最廣泛的是CRISPR-cas9技術: Cas9蛋白含有兩個核酸酶結構域,可以分別切割DNA兩條單鏈。Cas9首先與crRNA及tracrRNA結合成複合物,然後通過PAM序列結合併侵入DNA,形成RNA-DNA複合結構,進而對目的DNA雙鏈進行切割,使DNA雙鏈斷裂。

而關於CRISPR-cas9技術的應用,我們來介紹一篇高分文章,給大家做一下參考:

該文章發表在《Molecular Cell》期刊上,影響因子14.248。

下面一起看下文章的具體內容:

1. 為了建立一套完整的轉錄後調控miRNA生物合成的蛋白質圖譜,研究人員收集了72名人類miRNA的前體,包括轉錄後調控的miRNA。

研究人員採用STAR方法和不同的量化方法,發現不同的細胞類型之間加工中間體的水平可能有很大的差異,miRNA加工的轉錄後調節是一個廣泛且具有細胞類型特異性的現象。

2. 為了確定與72個前miRNAs特異相互作用的調節蛋白,作者採用質譜法,凝膠電泳法等在體外進行了相互作用的研究,發現了180個蛋白質可以與miRNA前體的單個或一個子集有優先或特異的結合。

3. 作者又進行了生物信息測試,結果顯示180個蛋白質中有162個與「RNA結合」相關,另一些則與『RNA處理』或『剪接』有關。

4. 作者選取了一組候選基因檢測其在細胞中的表達,證實了作者在質譜分析中觀察到的結合特異性,之後採用RIP法等多種方法確認了大量的候選蛋白質。

5. 為了識別RBPs所接觸的miRNA髮夾上的序列區域和基序,作者分析了與之結合的miRNA髮夾,還鑑定了一組與特定的pri-miRNA結合的蛋白質。

6. 接下來作者採用了RNAi或CRISPR/CAS技術進行了敲除實驗,作者首先進行了C9ORF114敲除,因為有報導其與與mRNA相互作用,之後在篩選中發現一對高度相似的兩個RBPs PUM 1和PUM 2,敲除它們檢測相關pri-miRNA的表達,結果顯示輕度上調,表明其抑制作用為轉錄後效應;

之後做了另外一個敲除實驗,敲除了ZC3H7A並檢測相關miRNA的表達,結果表明ZC3H7A具有高度的保守性和結合特異性,在miRNA的調節中可能具有冗餘功能,並加以驗證。

7. 作者做實驗確定了ZC3H10和PRI-miR-143之間具有直接特定的相互作用,之後為了闡明其分子機制,進行了功能損失實驗,結果表明其機制不局限於細胞背景,並且對CELF 1和CELF 2也進行了敲除,數據表明,核RBPs CELF 1/2也可能在DROSHA處理水平上起作用。

8. 最後作者又敲除了TRIM 71基因,並利用CRISPR/Cas9技術使TRIM 71突變,經過實驗證明之後發現通過轉錄後調節miRNA水平可以直接影響靶基因的表達。

實驗完成,我們來看作者是如何運用CRISPR技術的:作者篩選出可能調控miRNA成熟的RBP蛋白之後,利用CRISPR技術對RBP進行敲除看其是否對miRNA成熟過程有影響,例如敲除C9ORF114,先設計sgRNA序列,構建轉染載體pX330-gRNA,用lipo3000方法轉染細胞,之後用RT-PCR和WB方法檢測C9ORF114的表達水平。

你學會了嗎?另外,昨日國家自然科學基金委員會發布公開信,譴責了賀建奎副教授「人類胚胎基因編輯嬰兒」的行為,小博認為,科學技術進步固然可以推動人類社會的發展,但是科學倫理建設也會面臨著越來越多的新挑戰,我們應以負責任的態度去踐行科研中的倫理規範!

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