何為神靈？鬼神是否存在？明代的開國皇帝太祖對這兩個問題都有自己的回答，顯然更有利於我們了解明代的諸神崇拜。
明太祖曾說：「夫嶽鎮海瀆皆高山廣水，自天地開闢以至於今，英靈之氣萃而為。神，必皆受命於上帝，幽微莫測。」可見，這個時候對所謂神的認知，不過是英靈之氣的所聚、薈萃。關於有無鬼神的問題，按照一般儒家的觀點，人的精神所在，不過是魂魄而已。人稟天地之氣而生，故人形於世，少而壯，壯而老，老而衰，衰而死。這是一種自然的現象。當人死之後，魂升於天，魄降於地。所謂「魂」，不過是一種「氣」 ，到了高穹之處，也就隨著清風而四散。所謂「魄」，不過是人的骨肉毫髮之類，旦入於地，也就化土成泥。
明太祖雖以儒教立國，在鬼神問題上卻並不一味以儒家為準，而是肯定鬼神的存在。儘管肯定鬼神的存在，但明太祖並不承認鬼神的偶像崇拜。這種觀點，同樣影響到了明代的思想家吳廷翰。他明確指出，只有「視之不見，聽之不聞」者，才叮以稱之為鬼神。如果有所聞見，而且必須附物而著，這就不是鬼神了。顯然，這種觀點是對鬼神偶像化的一種否定。而明代學者陳獻章對神，卻自有一番解釋。細玩陳氏之語的意思，雖說「聰明正直"方可稱神，但神的價值或者說意義所在，還是由於它們有「威福予奪」之權，這就是所謂的「神權"。
真正的宗教，大多是放棄現實利益的，是從現世不存在利益的觀點出發。但是，明朝人的宗教信仰始終是以追求現實利益為主體，祈求佛祖神靈滿足自己的各種願望。他們在春秋社日，舉行迎神賽會，無非是為了祈禱來年風調雨順，五穀豐登；奉祀天妃媽祖，其目的就是為了藉助神靈的威屍驅趕邪祟，讓神靈保佑他們旅途平安。正是因為追求這樣的現實利益，才使得藥王廟在當時很流行。
在佛教中，有像藥師如來這樣能給人們治病的佛，而在明代的民間，也禱祀藥王，其目的都是為追求解除自己疾病痛苦這些現世利益。正如明太祖所言，世俗善良百姓，常常慕佛淨僧，並大舍布施，甚至傾心向道，不過是「意在積功累行，欲目前之福臻身，死不墮地獄，亦欲延及子孫者」、儘管其中是現世與來世利益並存，但還是以現世利益為主。
神靈崇拜的分類，若按照傳統的說法，可以分為天神、地衹、人鬼三種。若將這三種按照現在的宗教學的觀點加以重新分類，天神、地衹可歸於自然崇拜類，而人鬼則可歸於偶像崇拜。假若以舊時朝廷的法令為依準，則又可分為正神與邪神。所謂正神，是指列於朝廷祀典、受到官方保護並定期享受祭品的神靈。所謂邪神，就是在朝廷祀典之外的眾多的民間信仰神靈，又可稱之為「淫祀"。
在帝國時代，普天之下，莫非「王土」。而王土的構成，無非是那些大山與大江、大河。正是從這種觀念出發，皇帝又將自己統治下的這片國土稱作「江山」。得天下，就是坐穩了江山。皇帝將自己的權力視作天命所授，而自己本人則是天之子，即所謂的「天子」。顯然，在帝國的祀典中，除了祭天之外，大山、大江乃至大河的祭祀同樣也佔有相當重要的地位。
按照傳統的說法，祭祀屬於國家的大典。祭祀神靈的本意，在於使臣下百工齊其念慮，一其心志，藉此與神明相交，最後感通神明。每當皇帝祭祀山川之神時，文武官員均需要陪祀。官員因故不能參加陪祀，可以免於責罰，若無故，則當被逮問。但實際的情況並非如此。到了成化年間，國家的祀典大多落於陳套，流於形式，文武官員往往無故不參加陪祀。
洪武元年(公元1368年)所定祀典，其總的精神包含下面兩點：首先，立人祀典者無不是一些「應祀神祗」，並且享受朝廷或有司「歲時致祭」的待遇。所謂的應祀神衹，就是諸如名山大川、聖帝明王忠臣烈士，以及「有功於國家，及惠愛在民者」。其次，對於過去一直存在並得以流傳下來的神廟，有些不在祀典，但確實有功德於民，並且事跡昭著者，雖然無法享受到朝廷或地方有司的祭祀，但也必須對這些神廟進行保護，禁止對其毀撤。