海洋生產力指標——藻類通過光合作用固定無機碳，使之轉化為碳水化合物，從而為水域生產力提供基礎。海洋浮遊藻的總生產力估計每年為31×109噸碳。在食物鏈的轉換中，1千克魚肉約需100～1000千克浮遊藻，因此浮遊藻類資源豐富的海區都是世界著名漁場所在地，而浮遊藻類的產量就成為估算海洋生產力的指標。
生物氮肥資源——固氮藍藻是地球上提供化合氮的重要生物，目前已知固氮藍藻有120多種，在每公頃水稻田中固氮量達16～89千克。
食用價值——褐藻門的海帶、裙帶菜，紅藻門的紫菜，藍藻門的髮菜，綠藻門的石蓴和滸苔等都是重要的食用藻類。
工業藻膠——褐藻門的海帶、昆布、裙帶菜、鹿角菜、羊棲菜等除供食用外，可作為提碘、甘露醇及褐藻膠的原料。巨藻、泡葉藻及其他馬尾藻也可作為提取褐藻膠的原料。褐藻膠在食品、造紙、化工、紡織工業上用途廣泛。從石花菜、江蘺、仙菜等可提取瓊膠用作醫藥、化學工業的原料和微生物學研究的培養劑。從紅藻門的角叉藻、麒麟菜、杉藻、沙菜、銀杏藻、叉枝藻、蜈蚣藻、海蘿和伊穀草等藻類中，可提取在食品工業上有廣泛用途的卡拉膠。
水質判斷指標——血紅眼蟲藻佔優勢種時表現紅色水華，說明水質貧瘦；
衣藻佔優勢時呈墨綠色水華且有粘性水泡，表示水質肥沃；
微囊藻與顫藻、魚腥藻佔優勢時池水呈銅鏽色紗絮狀水華，味臭有害於魚；
藍裸甲藻佔優勢形成的藍色水華是養殖鰱、鱅、鯉、鯽、非鯽高產魚池的典型水質之一，但繁殖過盛也會使水質惡化造成魚類泛池。
扁藻、杜氏藻、小球藻等單細胞藻類蛋白質含量較高，是貝類、蝦類和海參類養殖的重要天然餌料。