提到進化論，很多人會想到達爾文，達爾文的名字就是進化論的代名詞。
其實，進化論有不同的學派，達爾文進化論只是其中之一，只是達爾文的進化論長期作為主流進化論。
除了達爾文的進化論，還有拉馬克主義、中性學說、適應進化學說，以及由這些學說派生出的其他分支。
我們經常聽說進化論被推翻了，這個推翻一般是指達爾文的進化論。
很多人分不清進化論和達爾文進化論之間的區別，其中既包括宗教人士，也包括支持達爾文進化論的人。
宗教人士認為，推翻達爾文進化論等同於推翻進化論。
支持達爾文的人認為，否定達爾文就是否定進化論。
生物進化是事實，這個事實受到遺傳學、古生物學、以及分子生物學的支撐。
實際上，進化論仍處在一個發展和完善階段。最初階段進化論作為創世說（特創論）的對立面而產生，這是人生命理念從神學向自然科學轉變的過程，達爾文進化論在這方面做了不可磨滅的貢獻。隨著現代生物學研究的發展，進化研究進入到一個新的階段，即從生物組織的各層次逐步揭示進化原因、機制和規律的過程，而這是獲得正確結論的唯一可靠途徑。
那麼，為什麼有這麼多人接納達爾文的進化論，認為這種理論是生物進化的唯一解釋呢？一個原因是，達爾文的進化論是學校和大學裡的一般傳統課程。
大多數人有關信念的形成，既沒有經過認真思考，也沒有對進化問題的深入研究，只是人云亦云地照搬別人的觀點。至於那些支持達爾文進化論的所謂科學家，其實，只要我們留意一下，就會發現他們之所謂 「證明」，並不是那些能經得起考驗的科學證據，而是因為他們對先入為主的一套自然主義哲學有所偏好——他們之所以相信達爾文進化論是已被證明的學說，只因沒有其他合適的自然科學理論解釋這一事實。
在過去，教科書裡的達爾文進化論是完美無缺的，學生不需要對其進行批判性的反思，只要接受即可。作為灌輸式教育的結果，在很多人的意識裡，被大多數人接受的理論，課堂上講授的東西，就是正確的。由於學生很少接觸過反面的觀點與論證，他們的進化信念是膚淺的。
很多學生在教科書裡學到從進化的角度看世界。可是，他們卻沒有在教科書裡學到異常複雜的生物化學系統怎樣挑戰達爾文的進化論，不了解傳統進化論的局限性。我們要是想理解達爾文主義怎樣成了正統學說，以及怎樣在分子水平上不合乎科學，就得檢討用來啟迪未來科學家的教科書了。
在進化論的形成和發展過程中，一些科學家及普及科學作家對達爾文的進化論做了過度的追捧，對這些人來說，達爾文進化論是他們的宗教信仰，一種需要大力推廣的信念，被視為一把能開啟生命、人及宇宙的金鑰匙。就這樣，一個本身並不完美的假說成為了一個科學聖典，達爾文進化論就被一些人盲目吹棒宣傳為解答一切奧秘的最高原則。
之所以圍繞進化論的爭論不斷，主要因為長期作為主流的達爾文進化論存在缺陷。
達爾文進化論的核心是：基因變異與自然選擇，其中變異是隨機發生的。實際上，用這種理論來解釋複雜生物結構形成是非常牽強的，對此，達爾文的支持者從來沒有給出令人信服的解釋。
那些進化論反對者喜歡拿自然選擇學說說事，他們的策略是抓住這種進化學說的缺陷死纏爛打，似乎打敗達爾文就可以否定進化論。
其實，現代生物學已經發展到細胞，基因，分子層面，生物進化也是生物學的研究課題之一，只不過沒有人用現代科學的方法對生物進化進行總結和歸納。一些宗教保守人士利用普通人對現代生物學的不了解，揪住達爾文學說的弱點進行攻擊，以推銷他們所謂的生命觀和價值觀。
有的時候我們不要抱怨來自宗教的質疑和批評，更需要的是對現有學說的反省，做好自己最重要，找到對生物進化更具有說服力的解釋，摒棄現有理論中那些不合理的東西，把進化論完善，而非抱殘守缺，這樣才能更好地回擊質疑者，維護科學在公眾心中的尊嚴。