石正麗向nature正式提交新冠病毒源頭補充材料

2020年11月17日，石正麗團隊正式向NATURE提交了RaTG13的詳細來源。該病毒來自2012年到2015年該課題組對雲南省墨江縣通關鎮礦井的採樣（相關研究請參考https://www.nature.com/articles/s41586-020-2951-z）。

2020年2月3日，NATURE雜誌加速評審了來自中科院武漢病毒所石正麗研究員的新冠病毒可能的來源研究報告，初步揭示了蝙蝠作為新型冠狀病毒的宿主來源以及血管緊張素轉換酶II（ACE2）作為其進入細胞的受體（相關研究請參考https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7）。

石正麗團隊在文中指出，中華菊頭蝠是SARS-CoV 2的自然宿主，而目前分離到的COVID-19非常可能來源於蝙蝠的SARS-like重組病毒。而經宏基因組測序後，石正麗發現，目前流行的COVID-19複製酶的序列和他們實驗室之前在蝙蝠裡分離到的一個蝙蝠冠狀病毒毒株RaTG13相似度非常高，整體基因組相似度高達96.2%。但與受體結合的S基因部分與其他常見SARS-like冠狀病毒的差別非常的大。帶著這個疑問，石正麗團隊隨後針對S基因設計了特異性引物，進行RT-qPCR檢測，發現這幾個患者的早期樣本（肺泡灌洗液和咽拭子）都能檢測到，但是在後期，無論是咽拭子、肛拭子還是血液都檢測不到了，進而推測病毒是呼吸道傳播的（但不排除其他途徑）。文中石正麗團隊肯定了COVID-19的來源應該是和實驗室分離株RaTG13屬於同一個類群，只是在不經意間突破了種屬屏障，並最終感染了人。但是，對RaTG13的詳細來源卻沒有在文章中體現。

在2012年7月1日至10月1日之間，石正麗團隊從4例嚴重呼吸道疾病患者（其中一位已故）中收集了13份血清樣本。這些患者在2012年4月26日至27日接受昆明醫學院第一附屬醫院治療之前，曾進入過中國雲南省墨江縣通關鎮的一個礦洞，以清理蝙蝠糞便以開採銅。石正麗團隊收到的樣本是在2012年6月，7月，8月和9月由醫院工作人員收集的。為調查呼吸系統疾病的原因，石正麗團隊使用了自己實驗室針對RNA依賴的RNA聚合酶（RdRp）開發的PCR方法對樣本進行了測試。結果顯示，伊波拉病毒，尼帕病毒和蝙蝠SARSr-CoVRp3的所有樣本均呈陰性。除此之外，團隊還測試了血清樣品中是否存在針對這三種病毒的核衣殼蛋白的抗體，同樣結果裡沒有一個樣品顯示陽性。就在近期，研究團隊用自己實驗室開發的酶聯免疫吸附試驗（ELISA）測試了對這種新型SARS冠狀病毒2（SARS-CoV-2）核衣殼蛋白（該蛋白與蝙蝠SARSr-CoV Rp3的胺基酸序列同一性超過90％）的反應情況，結果確認這些患者未感染SARS-CoV-2。

至此，石正麗團隊懷疑患者是被未知病毒感染。因此，科研團隊和其他小組一同在洞穴內及其周圍對包括蝙蝠，大鼠和麝香在內的動物進行了採樣，發現了一些甲型冠狀病毒和副粘病毒。在2012年至2015年之間，石正麗的研究小組每年在這個洞穴中對蝙蝠進行一到兩次的採樣，共收集了1,322個樣本。從這些樣品中，團隊共檢測到293種高度多樣性的冠狀病毒，根據部分RdRp序列將其中的284種命名為α冠狀病毒，將9種命名為β冠狀病毒。而這9種β冠狀病毒全部是SARSr-CoV，其中一種（樣本ID4991；在我們的文章中更名為RaTG13以反映蝙蝠的種類、位置和採樣年份）在2016年的文章中進行了描述（請參考Ge, X. Y. et al.Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandonedmineshaft. Virol. Sin. 31, 31–40 (2016).）。ID4991的部分RdRp序列（370 bp）於2016年上傳在GenBank中，登錄號為KP876546。基於部分RdRp序列，所有鑑定出的蝙蝠SARSr-CoV都與SARS-CoV遠距離相關。2018年，隨著實驗室中下一代測序技術和能力的提高，我們對這些蝙蝠病毒進行了進一步測序，並獲得了RaTG13的幾乎全長基因組序列（無5'和3'端）。在2020年，我們將SARS-CoV-2序列與未發表的蝙蝠冠狀病毒序列進行了比較，發現它與RaTG13具有96.2％的同一性。