在古人看來，治病救人與治理國家有相通之處，所謂「上醫治國，中醫治人，下醫治病」，能否勝任，一方面是格局，一方面是能力。明太祖朱元璋打天下時，是不太信任文人的，啟用文人只是暫時做出的姿態，爭取民心，當發生「胡惟庸案」後，便馬上變臉了。
眾所周知，丞相是天下讀書人的代表，籠統地說古代是專制的社會是不準確的，起碼在宋朝的時候，皇帝就不能為所欲為，士大夫參與到了國家重大決策中，範仲淹的「先天下之憂而憂，後天下之樂而樂」，代表了當時士大夫的心聲，宋朝是君臣「共治天下」。
朱元璋當然不能容忍這樣的情況發生，「天下是我一個人的，我的地盤，我做主」，借著「胡惟庸案」，朱元璋廢除了丞相，加強中央集權。同時，以武力奪取天下的朱元璋，自然迷信武力，從其年號「洪武」可以看出端倪，從此形成了「重武輕文」的政治格局。
在官階方面，設置的軍事最高決策機構，大都督府的最高長官，左、右都督是正一品，即便都督同知也是從一品，而位列文官之首的六部尚書，僅為正二品。在封爵方面，《大明律》規定，文官不能封公侯，劉伯溫作為首席謀士，僅僅得了個「誠意伯」，顯得朱元璋不是很有「誠意」，而武將因功封為公爵、侯爵的，大有人在。
在治國方面，朱元璋自然也不吃文官那一套，其認為「法嚴則人知懼，懼則犯者少，故能保全民命。法寬則人慢，慢則犯者眾，民命反不能保」，主張以嚴刑峻法治理國家。明朝初年發生的四大案的胡、藍兩案，受牽連而被誅殺就達到了四萬多人，一方面是整頓吏治，處理貪汙腐敗。
另一方面朱元璋為了孫子朱允炆坐穩江山，逐漸誅殺了為大明朝的建立，立下赫赫戰功的武將，出現的權力空缺，由朱元璋分封二十多位的兒子填補。這二十多位藩王不僅有許多特權，自己還掌握一定的軍隊，節制封地附近的軍隊。
朱元璋這麼做，希望這些藩王加強邊防，藩屏皇室，其對朱允炆說：朕以御虜付諸王，可令邊塵不動，貽汝以安。朱允炆對此回答到，虜不靖，諸王御之；諸王不靖，孰御之？朱允炆是個好學生，能舉一反三：元朝實力來犯，藩王可以對付；藩王進犯，那麼誰能對付呢？朱元璋顯然沒有想過自己兒子會造反的問題，默然了許久。
1398年，朱允炆即位，是為建文皇帝，其迅速建立了齊泰、黃子澄、方孝孺等人為首的智囊團，把脈、全面分析大明朝，針對老朱「醫師」遺留的問題，做出了一些改革：
提升文官地位
有別於朱元璋「馬上得天下，馬上治之」，建文帝有意結束「重武輕文」的政治格局，提高文官的地位，寄希望於文官在國家政務方面多提建設性意見。取「建文」的年號，與「洪武」形成了鮮明對比，表明了建文帝的態度。
於是，建文帝將六部尚書由正二品提升為正一品、布政使由從二品提升為正二品、太僕寺寺卿也由六品提升為正五品，還下令恢復了洪武年間斷斷續續的科舉考試，為國家選拔人才；大力興辦學校，擴大儒學教育。
實行惠民政策
在統一全國過程中，因為江浙地區支持過張士誠。朱元璋奪得天下後，對江浙經濟進行壓迫，賦稅高出其他的地區數倍，即便此後曾削減了20%的賦稅，但仍然十分沉重；禁止江浙籍的人出任戶部官職，防止其偏私家鄉。
即位後的建文帝，不僅下令按照每畝地收一石糧的標準徵收賦稅，大大減輕了江浙地區百姓的負擔，而且恢復了江浙籍的人可以出任戶部官職的權力。此外，建文帝針對寺廟侵佔農田的情況，下令每名僧人只得擁有五畝田地，多出的統一交公，由政府統籌分配給農民。
寬刑省獄
《明史·恭閔帝紀》:「嘗請於太祖，遍考禮經，參之歷朝刑法，改定《洪武律》畸重者七十三條，天下莫不頌德焉。」
朱元璋執政時期，曾制定出嚴苛的《大明律》，量化實施嚴刑峻法。建文帝將《大明律》與歷朝刑法相比較，更改了其中過於嚴厲的七十三條。由此，洪武年間的一些冤案得以更正，一批無辜的官員及家屬得到赦免。
可以說，上述政策較好地糾正了朱元璋執政時期的一些弊端，但也不是說沒有瑕疵，與其父朱標最大的不同是，建文帝即位之前缺乏歷練。朱標自幼跟隨宋濂學習，受到很好的教育；長大後，朱元璋委以重任，逐漸成長為政治成熟的接班人。
建文帝缺乏這樣的機會，輔以齊泰、黃子澄、方孝孺等人，史稱「秀才朝廷」。這樣的團隊的問題，不在於識別問題，體現在於處理具體政務上，有些政策的出臺過於理想主義，如在經濟改革上實行的井田制，在歷史上存不存在還是個問題，實施後也沒有實際意義。
如果說上述問題還瑕不掩瑜，但在處理削藩上，建文帝卻犯了致命的錯誤，缺乏周密的計劃：
其一，選擇對象不當。建文帝採納了黃子澄的建議，先剪除其他藩王，回過頭再對付燕王朱棣。這樣不僅給了朱棣名正言順出兵的藉口，還給了充足的備戰時間；
其二，沒有合適的統帥。朱元璋為了鞏固大明江山，誅殺了大批開國元勳，加之建文帝提升文官地位，間接壓制了武將，以至於一些失職的武將投靠了燕王。在建文帝這邊，能力與資歷可以與朱棣相提並論的，基本沒有；
其三，建文帝優柔寡斷的性格。建文帝曾下過，「戰場上不得傷害朱棣」的命令，都「做了初一」了，還怕「做十五」？這樣的命令，無異於給戰場上的朱棣加了「外掛」，讓士兵們還怎麼打呢？
綜上所述，撇開削藩方面，建文帝執政以來的新政，可以說瑕不掩瑜，是符合歷史潮流的，即便是失國，也沒有失民心，能夠延續多久，就看建文帝的壽命了。