黃南處在三江源生態保護試驗區的核心區域，生態環境保護工作至關重要。從全州生態環境保護現狀和存在的突出問題來看，加強生態環境保護工作任重道遠。
一、生態環境保護現狀
(一)草地現狀。全州總面積1.89萬平方公裡，總人口25.95萬人。全州土地總面積2815.58萬畝，其中草地面積2474.48萬畝，佔土地面積的87.89%，可利用草場面積2367萬畝，佔草場總面積的95.66%。存欄草食牲畜218萬頭(只)。目前，全州天然草原理論載畜量為333.51萬隻羊單位，實際載畜數為432.51萬隻羊單位，超載數達99萬隻羊單位，超載率達29.68%。由於存在超載過牧等不合理利用草原資源的問題，全州60%的天然草原存在不同程度的退化，中度以上的退化草地面積達1341萬畝，黑土灘型草地面積99.75萬畝，沙化草地面積43萬畝，鹽鹼化草地面積1.65萬畝，鼠害危害面積達1353.3萬畝，毒草危害面積達387.9萬畝。草原退化使草原植被群落結構發生了明顯變化，與上世紀70—80年代相比較單位面積可食鮮草產量下降了50—60%，優質牧草比重下降了20—30%，有毒有害類雜草增加了70—80%，草原植被蓋度減少了15—25%，優質牧草高度下降了30—50%，原生態景觀破碎化，植被演替呈高寒草甸——退化高寒草甸——荒漠化的逆向演替趨勢，生態環境保護形勢嚴峻。
(二)林地現狀。全州林業用地面積為788.63萬畝，佔全州國土總面積的13.6%，其中有林地92.68萬畝，疏林地5.9萬畝，灌木林地474.14萬畝，未成林造林地6.89萬畝，苗圃地0.3萬畝，宜林地208.71萬畝。林業面積佔全省的14.21%。全州蓄積量590.76萬立方米，佔全省的10.93%。全州森林覆蓋率為19.22%,高於全省水平14個百分點，全國水平1個百分點。
(三)小流域現狀。全州有較大河流60多條、小河流80多條，大小流泉1500餘處。全州年均自產徑流量29.7843億立方米，現年開發利用量6548萬立方米。截止201O年，我州合理開發水能資源，共建成小水電站20座，總裝機9.712萬千瓦。由於自然和人為因素，水土流失嚴重，特別是北部的尖扎、同仁兩縣尤為突出。全州水土流失面積主要分布在4縣18個鄉鎮，涉及96個行政村，1個牧場，輕度以上水土流失面積9126.82平方公裡，佔全州總面積的48.3%，其中尖扎縣959.15平方公裡、佔全縣總面積的59.9%，同仁縣1335.6平方公裡，佔總面積的42.3%，澤庫縣4250.66平方公裡、佔全縣總面積的64%，河南縣2581.41平方公裡、佔全縣總面積的39%。水土流失總體惡化趨勢尚未得到根本扭轉，治理任務仍然艱巨。
(四)三江源保護現狀。青海三江源自然保護區涵蓋我州澤庫、河南縣4個鄉鎮27個行政村，總面積2933平方公裡(澤庫縣2684平方公裡，河南縣249平方公裡)，佔三江源保護區總面積的1.93%，佔全州總面積的15.5%，其中核心區面積543平方公裡，緩衝區面積1048平方公裡，實驗區面積1342平方公裡。保護區內現有人口3637戶、20005人。保護區內的麥秀林場和官秀林場被列為三江源自然保護區18個核心保護區之一，為森林灌叢核心保護區。
二、存在的主要問題
「十一五」期間，全州生態環境保護工作雖然在經濟較快發展，資源、能源需求量大幅增加的情況下取得了管理存在諸多問題。一是醫療廢物集中處置設施建設滯後，州和縣醫療垃圾處理站都未啟動運轉，醫療廢物對人類身心健康危害嚴重。二是固體廢物管理沒有建立統一的監管體系，管理制度不健全，缺乏完善的應急處置機制。三是放射性和電磁輻射汙染防治工作相對滯後，管理體制機制不完善，人員、設備以及應急響應能力明顯不足，存在著一定的安全隱患。
(二)環境汙染治理歷史欠帳多，環境基礎設施十分薄弱。到目前全州尚未建成一個汙水處理廠，垃圾填埋場等環保基礎設施和公共服務與城鎮要求相比還很不完善，城鎮環保設施不能滿足城鎮發展的需要。由於資金困難、政府重視不夠等種種原因，部分縣的垃圾填埋場只填不埋，新的環境汙染問題又在不斷發生，加劇了環境汙染。
(三)生態保護手段滯後，農牧區生態環境十分脆弱。一是水土流失嚴重，開礦修路，造成部分草場沙化。二是農牧區環保公共設施和服務設施缺乏，沒有汙水處理系統和生活垃圾填埋設施，飲用水安全沒有保障，為疾病和動物疫情的滋生和傳播埋下了隱患。三是邊治理邊破壞現象嚴重。近年來國家高度重視生態環境保護工作，大力實施了生態保護和建設等項目，但部分地區仍然存在邊治理邊破壞現象，非法開採沙、石等違法行為日趨嚴重。四是自然災害嚴重。如：雪災、山體滑坡、洪水襲擊、鼠蟲、乾旱等災害頻繁出現和發生，導致全州生態環境不斷惡化。
(四)環保人力、物力、財力投入不足。一是全州環保系統普遍存在工作人員少，執法機構不健全，執法主體不明確的問題，致使依法管理難以實施。環保工作經費沒有保障，環保建設項目配套資金難以落實。如：黃南州環境保護局於2010年元月獨立分設，下設黃南州環境監察支隊、環境監測站，四縣環保局仍與林業局合署辦公未分設，四縣均設有環境監察大隊和配備人員編制各5名。但目前全州環保工作人員共有40名，其中州級13名，縣級28名，專業人員只有4名，佔10%，無法承擔日益繁重的環保監測監管工作任務。二是一些地區生態環境保護意識不強，重開發、輕保護，重建設、輕維護，對資源採取掠奪式、粗放型開發利用方式，甚至一些地方少數牧民將自己承包草場隨意出租或出售給採沙、採石個人或企業，亂挖濫採，超出了生態環境承載能力，加之執法不嚴，環保法制宣傳不到位，嚴重影響生態建設與保護工作的開展。三是河道內排汙嚴重，境內黃河、隆務河、澤曲河等流域各主要支流匯入口沒有水質監控設施，在線監控工作無法開展，生活和醫療廢物、廢水在河道內隨意排汙的現象突出。