病毒蛋白與基因組RNA 構築DNA-蛋白複合結構多級可控構築

2020-11-25 生物谷

生物大分子在自然進化中發展出一套獨特的「自下而上」自組裝方式進行各種複合結構的可控裝配,為多功能生物

納米

材料的加工製備提供了絕佳範例。其中,核酸-蛋白質

納米

複合體系的可控構築,不僅將實現生物學上兩種基本組裝模式的有效結合,以提供愈加複雜的生物結構模板,還有助於體內生物大分子相互作用的深入理解,對仿生器件製造和生物醫學應用具有深遠意義。近年來,DNA

納米

技術取得眾多令人矚目的研究成果。研究人員在計算機幫助下基於鹼基互補配對原則構建了一系列精緻的DNA多維結構,利用其伸出的DNA捕獲鏈雜交蛋白表面偶聯的DNA片段,可指導蛋白客體在預定位置有序排布,從而廣泛應用於DNA-蛋白質複合納米結構的可編程構築。然而,利用蛋白質表面胺基酸殘基進行DNA共價交聯的常規方法,有著一些難以規避的缺點,包括修飾基團對功能蛋白活性的損害,修飾點與取向的不可控性以及操作體系不適於體內自組裝過程等,限制了進一步的發展。因此,一些科學家利用非共價交聯手段,如鏈黴親和素-生物素相互作用、特異性適配體和DNA結合蛋白等,進行DNA支架-蛋白質複合納米結構的組裝研究。但目前這些研究往往局限於特殊蛋白個體在DNA支架上的結合排布,並且不涉及後續組裝調控。構建更加高級而有序的DNA-蛋白質複合結構,並實現蛋白分子化學計量學和原位組裝調控,是發展基於核酸和蛋白質的雜化生物納米材料所面臨的一個重要挑戰。

針對這一挑戰,中國科學院蘇州納米技術與納米仿生研究所研究員王強斌團隊在前期工作的基礎上(ACS Nano, 2018, 12, 1673-1679; Adv. Mater., 2017, 29, 1606533; J. Am. Chem. Soc., 2016, 138, 1764-1767; Small, 2016, 12, 4955-4959; J. Am. Chem. Soc., 2015, 137, 457–462; J. Am. Chem. Soc., 2013, 135, 11441–11444.),首次利用病毒蛋白與基因組RNA內在作用機制在DNA支架上進行原位可控組裝體系的設計,展示了DNA-蛋白複合結構的多級可控構築。病毒是一類典型的自組體,它的裝配過程具有很高的特異性和效率,能夠在短時間內利用弱鍵協同作用組裝生產出大量的病毒顆粒。以菸草花葉病毒(tobacco mosaic virus, TMV)作為模式系統,研究人員探索了不同條件下TMV基因組RNA與衣殼蛋白的互作規律及其對病毒顆粒的裝配調控。TMV基因組特定的組裝起始序列可有效引導核酸與病毒衣殼蛋白的特異性結合併引發體外重構組裝,並且病毒蛋白管的組裝長度是由RNA長度決定的,從而為蛋白域的精確調控提供了可能。研究人員構建了一維到三維DNA origami模板作為支架結合不同長度的TMV RNA重組序列,引導後續的原位組裝過程。通過支架表面結合位點和序列的設計,不僅實現TMV病毒蛋白管在DNA支架特定位置按一定組裝程序進行定向裝配生長,還完成蛋白管原位組裝長度的有效調控。這些成果為構建複雜DNA-蛋白複合組裝體系提供了新的策略。這種策略具有普適性,展現出以DNA origami為功能

載體

結合其它探針進行病毒組裝與感染機制研究的潛力,為DNA

納米技術

在生物醫學領域的應用提供新的視角。(

生物谷

Bioon.com)

相關焦點

  • 組蛋白修飾
    組蛋白乙醯化(acetylation, Ac)修飾一般與基因轉錄激活相關,而組蛋白去乙醯化則與基因沉默相關。在染色質複製時,組蛋白會被短暫地乙醯化。但是,如果染色質中組蛋白的乙醯化發生在細胞周期的其他時期,則可能與基因表達的狀態有關。例如,H4的N末端Lys8和Lys16 的雙乙醯化能夠招募轉錄相關蛋白,促進基因的表達。
  • 發現合成組蛋白信使RNA必需蛋白質
    美國北卡羅來納大學的科學家發現,FLASH蛋白在DNA複製過程中起著重要的作用。
  • Mol Cell:新研究揭示DNA損傷後的組蛋白降解促進DNA修復
    2020年9月26日訊/生物谷BIOON/---DNA損傷可能發生在基因組的任何地方,但大多數DNA被包裹在核小體上,這就使得修復複合體無法進入。如今,在一項新的研究中,來自瑞士弗雷德裡希米歇爾生物醫學研究所和巴塞爾大學等研究機構的研究人員發現DNA會誘導組蛋白耗竭,這增加了DNA纖維的可訪問性和靈活性,並提高了同源重組修復過程中的同源搜索速度。
  • 組蛋白高度乙醯化可打亂核心基因調控結構
    組蛋白高度乙醯化可打亂核心基因調控結構 作者:小柯機器人 發布時間:2019/12/2 13:48:31 美國國立衛生研究院Javed Khan、Berkley E.
  • PNAS | 復旦揭示植物組蛋白分子伴侶識別組蛋白的結構基礎
    NRP1以多種方式識別組蛋白H2A-H2B的分子機制。NRP1是擬南芥NAP1家族成員,作為組蛋白H2A-H2B的分子伴侶參與核小體移除,並能與轉錄因子WER結合激活下遊靶基因GL2,調控植物根毛髮育。
  • 病毒基因與人類基因的融合,產生未知蛋白顛覆認知
    病毒基因與人類基因的融合,產生未知蛋白顛覆認知 2020-06-21 16:01 來源:澎湃新聞·澎湃號·湃客
  • ChIP-seq在全基因組範圍內檢測與組蛋白、轉錄因子互作的DNA區段
    在全基因組範圍內檢測與組蛋白、轉錄因子互作的DNA區段。這需要染色質免疫共沉澱技術ChIP結合第二代測序技術(高通量測序),組合起來就是ChIP-seq。染色質免疫共沉澱技術(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也稱結合位點分析法,是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具,通常用於轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq技術,能夠高效地在全基因組範圍內檢互測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。
  • 2018年Lasker基礎醫學獎:組蛋白結構及其修飾對基因表達的調控
    景傑生物/報導2018年9月11日,本年度Albert Lasker基礎醫學研究獎授予兩位闡釋組蛋白結構及其修飾對基因表達的調控的兩位科學家:Michael Grunstein(UCLA)和Charles David Allis
  • 科學家繪製出新冠病毒「刺突」蛋白結構:為研發疫苗鋪平道路
    根據新的研究結果,現在,一組研究人員已經弄清這種病毒用以入侵人類細胞的一種關鍵蛋白質的分子結構,從而可能為疫苗的研發開啟了大門。據美國趣味科學網站2月19日報導,此前的研究顯示,冠狀病毒通過所謂的「刺突」蛋白入侵細胞,但這些蛋白質在不同的冠狀病毒中具有不同的形態。
  • 冷凍電鏡技術揭開重要蛋白原子結構
    原標題:冷凍電鏡技術揭開重要蛋白原子結構   據物理學家組織網30日報導,英國科學家利用2017年諾貝爾化學獎重要成果——冷凍電鏡技術,攻克了與基因表達有關的一種重要蛋白的結構難題。
  • 組蛋白甲基化與DNA甲基化的關係
    DNA甲基化需要進行基因篩選,由基因篩選識別出的一個基因被發現為一個與來自小鼠、蒼蠅和分裂酵母的組蛋白H3甲基轉移酶相關的蛋白編碼。這一發現將兩種類型的染色質更改聯繫在了一起:DNA甲基化和組蛋白甲基化。儘管DNA甲基化被認為是很多外源更改的關鍵,如X-染色體失去活性、銘記作用和基因沉寂等,但這裡組蛋白甲基化似乎是DNA甲基化的一個先決條件。
  • 2018年拉斯克獎 | 他們編織了組蛋白、麻醉、RNA的故事
    許多年來,科學家並不了解組蛋白在基因表達中的重要性。人們很大程度上認為,組蛋白不過是將染色體中的DNA粘合起來的膠水。直到上世紀90年代初,這個觀點才開始改變。當時,Grunstein開始了酵母細胞的基因實驗,並證明了基因激活和基因沉默需要組蛋白的N端(氨基端)尾部。然後,他繼續識別組蛋白尾端特定的賴氨酸殘基,這種物質被證明是翻譯後乙醯化的靶點。
  • 新研究揭示DNA損傷後的組蛋白降解促進DNA修復
    DNA損傷可能發生在基因組的任何地方,但大多數DNA被包裹在核小體上,這就使得修復複合體無法進入。如今,在一項新的研究中,來自瑞士弗雷德裡希米歇爾生物醫學研究所和巴塞爾大學等研究機構的研究人員發現DNA會誘導組蛋白耗竭,這增加了DNA纖維的可訪問性和靈活性,並提高了同源重組修復過程中的同源搜索速度。
  • 陳根:《細胞》重磅——病毒基因與人類基因融合產生未知蛋白
    文/陳根一般而言,病毒基因與人類基因發生融合,並不是一件新鮮事。畢竟病毒沒有細胞結構,無法合成自己複製所需的蛋白質。這樣,病毒就能欺騙細胞,讓它們生產病毒的關鍵蛋白。幾十年來,人們一直以為,這種宿主-病毒融合的mRNA,只會翻譯出屬於病毒的蛋白質。
  • 天津大學仰大勇教授課題組JACS:納米界面上的基因線路區室化促進...
    本研究中,模型基因線路由調控蛋白T7 RNA聚合酶基因和報告蛋白增強型綠色螢光蛋白基因組成。採用聚合酶鏈式反應(PCR)在兩種基因的一端各組裝了一個帶有兩個巰基修飾的枝狀支架,並通過金硫鍵將兩種基因共同錨定在金納米顆粒表面,在納米界面上構建了的基因線路區室化結構。
  • ...高解析度基因圖譜,並指出這種病毒的基因組僅由9個亞基因組RNA...
    作為一種RNA病毒,SARS-Cov-2進入宿主細胞並複製它的基因組RNA(gRNA),並產生許多較小的稱為「亞基因組RNA(subgenomic RNA)」的RNA。這些亞基因組RNA用於合成SARS-Cov-2所需的各種蛋白(刺突蛋白和包膜蛋白等)。因此,這些較小的RNA是幹擾這種新型冠狀病毒徵服我們的免疫系統的良好靶標。
  • Cell:揭曉新冠病毒轉錄組及RNA修飾
    CoVs攜帶的基因組極其龐大(26~32kb),每個病毒轉錄本均具有5'- cap結構和3'- poly(A)尾巴。一旦病毒進入細胞後,基因組RNA的兩個開放閱讀框(ORFs)ORF1a和ORF1b會產生非結構蛋白(nsps)。
  • 在DNA複製期間,蛋白MCM2促進組蛋白中的表觀遺傳...
    在人細胞內,我們的DNA被組蛋白包裹著。它們一起形成一種稱為染色質的結構。當細胞發生分裂時,DNA和整個染色質結構都被準確地複製是至關重要的。染色質儲存著影響哪些基因表達的表觀遺傳信息。這就是說,我們細胞中的表觀遺傳信息有助於控制哪些基因「開啟」和「關閉」。
  • PNAS:華人科學家參與組蛋白去甲基化研究
    ,加深了對組蛋白去甲基化的機制及特異性的了解。    組蛋白甲基化是表觀遺傳修飾方式中的一種,參與了異染色質的形成、基因印記、染色體失活和基因轉錄調控等,其中jumonji  C  (JmjC)位點是介導組蛋白賴氨酸去甲基化的一個催化位點。
  • 病毒入侵人類基因組導致融合蛋白產生
    顯示了病毒在感染人體時會將自己的基因與人類基因進行拼接,並且產生同時攜帶病毒和人類遺傳信息的融合蛋白。  既往對於病毒與宿主基因組整合的機制研究,已經十分深入。通常認為病毒-宿主融合的mRNA只表達屬於病毒的蛋白。而該研究表明,流感病毒感染後產生的融合基因不僅含有宿主mNRA的5』端帽狀結構,還包含了啟動子,導致被感染細胞產生一些非常複雜的融合蛋白。