遺傳密碼具有以下幾種特點：
（1）起始碼與終止碼（Initiation codon and termination codon）:
密碼子AUG是起始密碼，代表合成肽鏈的第一個胺基酸的位置，它們位於mRNA5′末端，同時它也是蛋氨酸的密碼子，因此原核生物和真核生物多肽鏈合成的第一個胺基酸都是蛋氨酸，當然少數細菌中也用GUG做為起始碼。在真核生物CUG偶爾也用作起始蛋氨酸的密碼。密碼子UAA，UAG，UGA是肽鏈成的終止密碼，不代表任何胺基酸，它們單獨或共同存在於mRNA3』末端。因此翻譯是沿著mRNA分子5′→3′方向進行的。
（2）密碼無標點符號：兩個密碼子之間沒有任何核苷酸隔天，因此從起始碼AUG開始，三個鹼基代有一個胺基酸，這就構成了一個連續不斷的讀框，直至終止碼。如果在讀框中間插入或缺失一個鹼基就會造成移碼突變，引起突變位點下遊氨基排列的錯誤。
（3）密碼的簡併性（Degemeracy）：
一種胺基酸有幾組密碼子，或者幾組密碼子代表一種胺基酸的現象稱為密碼子的簡併性，這種簡併性主要是由於密碼子的第三個鹼基發生擺動現象形成的，也就是說密碼子的專一性主要由前兩個鹼基決定，即使第三個鹼基發生突變也能翻譯出正確的胺基酸，這對於保證物種的穩定性有一定意義。如：GCU，GCC，GCA，GCG都代表丙氨酸。
（4）密碼的通用性：
大量的事實證明生命世界從低等到高等，都使用一套密碼，也就是說遺傳密碼在很長的進化時期中保持不變。因此這張密碼錶是生物界通用的。然而，出乎人們預料的是，真核生物線粒體的密碼子有許多不同於通用密碼，例如人線粒體中，UGA不是終止碼，而是色氨酸的密碼子，AGA，AGG不是精氨酸的密碼子，而是終止密碼子，加上通用密碼中的UAA和UAG，線粒體中共有四組終止碼。內部甲硫氨酸密碼子有兩個，即AUG和AUA；而起始甲硫氨酸密碼子有四組，即AUN。
密碼子結構與胺基酸側鏈析性之間也有一定關係。①胺基酸側鏈極性性質在多數情況下由斷面子的第二個鹼基決定。第二個鹼基為嘧啶（Y）時，胺基酸側鏈為非極性，第二個鹼基為嘌呤時，胺基酸側鏈則有極性。②當第一個鹼基為U或A，第二個鹼基為C，第三個鹼基無特異性時，所決定的胺基酸側鏈為極性不帶電。③當第一個鹼基不是U，第二個鹼基是P時，胺基酸側鏈則帶電。在此前提下，若是一個是C或A時，表示帶正電的胺基酸，第一、二個鹼基分別是G、A時，此種氨革酸帶負電，但上述關係也有個別例外。
一種胺基酸由多種密碼子所編碼的事實使人想到：同一種胺基酸的一組密碼子的使用頻率是否相同？許多實驗證實，在原核生物和高等真核生物中同一組密碼子的使用頻率是不相同的。高頻密碼子多出現在那些表達量高的蛋白質基因中，例如，核糖體蛋白質基因，RecA蛋白質基因等。表18-2。這種使用頻率與細胞內一組tRNA中的不同tRNA含量有關。