上海交大瑞金醫院揭示NKTCL的基因組和轉錄組學表徵

2020-12-06 科學網

上海交大瑞金醫院揭示NKTCL的基因組和轉錄組學表徵

作者：

小柯機器人

發布時間：2020/3/18 20:57:43

上海交通大學瑞金醫院趙維蒞、陳賽娟以及黃金豔課題組合作取得一項新成果。他們揭示了自然殺傷T細胞淋巴瘤（NKTCL）的基因組和轉錄組學表徵。相關論文於2020年3月16日發表在《癌細胞》雜誌上。

NKTCL是非霍奇金淋巴瘤的侵襲性和異質性實體，與EBV感染密切相關。

為了根據基因組結構改變和愛潑斯坦-巴爾病毒（EBV）序列鑑定NKTCL的分子亞型，研究人員對128例新診斷的NKTCL組織活檢樣本進行了多組學研究，並定義了三種突出的亞型，它們在起源細、EBV基因表達、轉錄特徵，以及對基於天冬醯胺酶的治療方案和靶向治療應答都不相同。

這一新研究確定了EBV相關發病機理的分子網絡，並提出了NKTCL的潛在臨床治療策略。

附：英文原文

Title: Genomic and Transcriptomic Characterization of Natural Killer T Cell Lymphoma

Author: Jie Xiong, Bo-Wen Cui, Nan Wang, Yu-Ting Dai, Hao Zhang, Chao-Fu Wang, Hui-Juan Zhong, Shu Cheng, Bin-Shen Ou-Yang, Yu Hu, Xi Zhang, Bin Xu, Wen-Bin Qian, Rong Tao, Feng Yan, Jian-Da Hu, Ming Hou, Xue-Jun Ma, Xin Wang, Yuan-Hua Liu, Zun-Min Zhu, Xiao-Bin Huang, Li Liu, Chong-Yang Wu, Li Huang, Yun-Feng Shen, Rui-Bin Huang, Jing-Yan Xu, Chun Wang, De-Pei Wu, Li Yu, Jian-Feng Li, Peng-Peng Xu, Li Wang, Jin-Yan Huang, Sai-Juan Chen, Wei-Li Zhao

Issue&Volume: 2020/03/16

Abstract: Natural killer/T cell lymphoma (NKTCL) is an aggressive and heterogeneous entity ofnon-Hodgkin lymphoma, strongly associated with Epstein-Barr virus (EBV) infection.To identify molecular subtypes of NKTCL based on genomic structural alterations andEBV sequences, we performed multi-omics study on 128 biopsy samples of newly diagnosedNKTCL and defined three prominent subtypes, which differ significantly in cell oforigin, EBV gene expression, transcriptional signatures, and responses to asparaginase-basedregimens and targeted therapy. Our findings thus identify molecular networks of EBV-associatedpathogenesis and suggest potential clinical strategies on NKTCL.

DOI: 10.1016/j.ccell.2020.02.005

Source: https://www.cell.com/cancer-cell/fulltext/S1535-6108(20)30094-5

相關焦點

  • 科學家揭示印度眼鏡蛇基因組和轉錄組
    科學家揭示印度眼鏡蛇基因組和轉錄組 作者：小柯機器人 發布時間：2020/1/9 14:34:04 美國基因泰克公司Somasekar Seshagiri小組揭示了印度眼鏡蛇參考基因組和轉錄組，其為毒液毒素的綜合鑑定提供參考。
  • 科學家揭示心血管疾病家兔模型的基因組和轉錄組特徵
    科學家揭示心血管疾病家兔模型的基因組和轉錄組特徵 來源：上海生命科學研究院   發布者：張薦轅   日期：2016-06-20   今日/總瀏覽：1/3013
  • 《自然》刊登瑞金醫院王衛慶教授研究成果:腸道微生物群可幹預肥胖
    點擊查看 近日，國際頂尖期刊NatMed(IF=29.886)刊發了來自上海交大瑞金醫院王衛慶教授的文章：Gutmicrobiomeandserummetabolomealterationsinobesityandafterweight-lossintervention。
  • 瑞金新知速遞 第249期|王侃侃研究員發現長鏈非編碼RNA CRNDE促進急性髓細胞白血病發生的分子機制
    在本研究中，我們首先應用資料庫中急性髓細胞白血病（AML）患者和正常人群骨髓/外周血樣本的RNA-seq數據，鑑定了一組在APL中異常表達的lncRNAs。然後聚焦其中進化上保守的lncRNA CRNDE（Colorectal Neoplasia Differentially Expressed）進行深入研究。
  • 上海交大醫工交叉研究取得可喜成果 ——成功構建中國漢族人泛基因組分析流程
    近日，來自上海交通大學的兩個跨學科、跨專業科研團隊，通過數年的協作科技攻關，開發了一套針對大規模人類基因組深度測序數據的全新分析系統---人類泛基因組分析系統（Human Pan-genome Analysis system，簡稱HUPAN）。該方法學的建立為解析人類基因組中尚未被發現的「暗物質」提供了重要研究工具。
  • 基因組所等RNA甲基化表觀轉錄組學研究獲進展
    原標題：基因組所等RNA甲基化表觀轉錄組學研究獲進展 　　2014年1月，中國科學院北京基因組研究所基因組變異與精準生物醫學實驗室「百人計劃」研究員楊運桂研究組，與中國科學院動物研究所「百人計劃」研究員劉峰研究組合作開展的「m6A甲基轉移酶複合物鑑定」研究，發現了WTAP(wilms'tumour 1-associating protein
  • 彭廣敦教授:空間轉錄組測序技術轉錄組學研究領域的新方向
    4月21日，由生物谷主辦的2017多組學研究與臨床轉化前沿論壇在上海隆重開幕。本次會議多組學研究和臨床轉化研討會以邁向臨床精準醫療為主題，聚焦基因組學、轉錄組學、蛋白質組學和代謝組學等多組學技術聯用研究臨床疾病，以及多組學數據的整合交叉分析應用，會議涉及基因變異、測序分析、轉錄調控、代謝研究、RNA幹擾等，力圖打通多組學研究到臨床應用的通道，推動多組學技術在醫學轉化上的應用。來自中國科學院上海生化細胞所的彭廣敦教授分享了「空間轉錄組測序技術」精彩議題。
  • 上海大學揭示虎頭蜂毒腺轉錄組基因
    原標題：揭示虎頭蜂毒腺轉錄組基因 《科學報告》本周發表了首個墨胸胡蜂（俗名虎頭蜂）的毒腺轉錄組（基因組中被表達的那部分序列），同時也發表了對其毒腺的分析。 人被墨胸胡蜂蟄後可能會出現嚴重的過敏和毒性反應，進一步發展為器官衰竭甚至死亡。
  • 單細胞轉錄組學揭示肝實質和非實質細胞譜系的早期出現
    單細胞轉錄組學揭示肝實質和非實質細胞譜系的早期出現 作者：小柯機器人 發布時間：2020/10/31 20:57:43 加拿大特裡福克斯實驗室Pamela A. Hoodless團隊近日取得一項新成果。
  • 農科院蜜蜂所解析中華蜜蜂基因組和轉錄組
    近日，中國農業科學院蜜蜂研究所解析了中國本土保護蜂種—中華蜜蜂的基因組和轉錄組數據，揭示了中華蜜蜂的抗蟎機制。 據悉，中華蜜蜂主要分布在亞洲，是目前我國飼養最多，具有顯著經濟價值的兩個蜂種之一，2006年被列為國家級畜禽遺傳資源保護品種。
  • 交大醫學院及瑞金醫院「偵查小分隊」出徵武漢:病因診斷的任務同樣...
    2月17日上午8時許，隨著D952次動車一聲汽笛，上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院院新冠肺炎病因診斷專家組踏上徵程。該專家組由國家衛健委委派，赴武漢開展新冠肺炎病理學和病因診斷研究工作。瑞金醫院病理科主任王朝夫親自帶隊，隊伍由病理科黨支部書記費曉春副主任醫師、張衡主治醫師、超聲診斷科劉振華主治醫師、上海交通大學醫學院基礎醫學院蔡軍、趙雷老師共同組成。
  • 直接RNA測序、串聯質譜法揭示新冠病毒的轉錄組和蛋白質組特徵
    近日，發表在預印本網站bioRxiv上的一篇論文使用直接RNA測序和串聯質譜法表明了SARS-CoV-2的轉錄組和蛋白質組的特徵，揭示了細胞通道在去除了疑似Furin 蛋白酶切位點的S蛋白中誘導的框內缺失突變的證據。
  • 西安交大在《科學》發文揭示鴉片罌粟基因組及嗎啡合成原理—新聞...
  • 全基因組及轉錄組研究揭示開心果的環境適應以及馴化機制 | Genome...
  • Science:對人類血細胞中的所有蛋白編碼基因進行全基因組轉錄組分析
    2019年12月31日訊/生物谷BIOON/---在臨床和研究環境中，血液都是對人類進行分子分析的主要來源，並且是許多治療策略的目標，這突顯了需要對構成人類血液的細胞進行全面的分子圖譜構建。人類蛋白質圖譜計劃（www.proteinatlas.org）是一個開放式資料庫，旨在通過整合各種組學技術（包括基於抗體的成像）來繪製所有人類蛋白的圖譜。
  • 微陣列空間轉錄組與單細胞測序揭示胰腺癌結構
    微陣列空間轉錄組與單細胞測序揭示胰腺癌結構 作者：小柯機器人 發布時間：2020/1/16 10:36:33 美國紐約大學Itai Yanai團隊利用基於微陣列的空間轉錄組學和單細胞RNA測序
  • 西安交大在《科學》發文揭示鴉片罌粟基因組及嗎啡合成原理
    ，闡明嗎啡類生物鹼、合成基因簇的進化歷史，為進一步開發鴉片罌粟藥用價值和揭示罌粟科乃至早期雙子葉植物進化歷史奠定了重要基礎。為此，葉凱團隊以英國本土罌粟植物為對象，利用多種前沿基因組測序技術、複雜數學模型、深度挖掘及分析方法成功破譯罌粟基因組並揭示其進化歷史，首次在國際上完成了罌粟全基因組測序及高質量組裝分析。
  • Cell上的經典蛋白組學、磷酸化蛋白組學、WES多組學聯合分析文獻
    發表時間：2020.07第一作者單位：中科院上海藥物研究所運用生物技術：蛋白組學和磷酸化蛋白組學對蛋白質組、磷酸化蛋白質組、轉錄組和全外顯子組測序數據的綜合分析揭示了腫瘤相關特徵，如腫瘤相關蛋白變異、特有的蛋白質組特徵以及早期患者或EGFR和TP53突變患者的臨床結果。基於蛋白的LUAD分層顯示了三個亞型(S-I、S-II和S-III)，它們與不同的臨床和分子特徵有關。
  • 通過基因組學和轉錄組學特徵分析合併肝細胞癌和肝內膽管癌的不同...
    通過基因組學和轉錄組學特徵分析合併肝細胞癌和肝內膽管癌的不同分子亞型 作者：小柯機器人 發布時間：2019/7/11 14:24:57 北京大學白凡/張寧團隊經過課題組成員不懈努力，通過分析基因組和轉錄組特徵
  • 李君課題組發文揭示B肝相關慢加急性肝衰竭發病新機制
    慢加急性肝衰竭（ACLF）是一種在慢性肝病基礎上出現的急性肝功能惡化，伴隨肝臟和肝外器官衰竭的高病死率複雜症候群，內科綜合治療的短期病死率高達50-90%，其關鍵原因是發病機制不清。針對東西方人群ACLF患者的不同臨床特徵，浙大一院李君教授課題組前期已聯合上海交大瑞金醫院、陸軍軍醫大學附屬西南醫院、解放軍總醫院第五醫學中心、中山大學附屬第三醫院等十三家國內著名三甲醫院肝病中心開展了一項多中心、前瞻性、開放性大隊列研究，建立了適合B肝人群的HBV-ACLF診斷的中國標準（COSSH-ACLF），相關研究結果發表在國際權威胃腸肝病學雜誌Gut (2018;67:2181