東漢末年，瘟疫流行，光是史書記載的「大疫」就有十幾次之多，導致人口大量減少，疫情之下，醫生的職責就顯得更為重要，而在東漢末年一下子出現了三個神醫，號稱建安三神醫，分別是：張仲景、華佗、董奉。
張仲景是三神醫之首，以傷寒雜病研究為主，似乎主要針對的就是當時的瘟疫，華佗是外科鼻祖，以外科手術最為精通，董奉則以杏子治病，三人中以華佗的醫術最為神奇，要知道兩千多前給人做外科手術，那是想也不敢想的事，而且華佗還自備麻醉藥。
華佗
《三國志 方技傳》記載了華佗給病人施行外科手術的事件，是這麼記載的：
華佗給人治病時，如果病症聚積在體內，針灸和藥物不能作用，就做手術，病人先喝下華佗的麻沸散，不久就會像醉死一樣沒有知覺，華佗就會趁這時動手術。如果病症在腸腹中，華佗便割開腸子清洗，然後敷上膏藥，縫好傷口，四五天的時間病就好了，病人沒有疼痛感，一個月的時間，病就全好了。
華佗醫治好了很多疑難雜症，治好的名人包括徐州的陳登，江東的周泰，名氣也漸漸大了起來，那個時候曹操有頭痛病，有人向曹操推薦華佗，而且這個華佗和曹操是正宗的老鄉，兩人都是當時的沛國譙縣人，也就是今天的安徽亳州人。
曹操與華佗
俗話說：老鄉見老鄉，兩眼淚汪汪。尤其是在當時非常看重同鄉之情的時代，更是重視，所以曹操對華佗也是格外重視，於是曹操就派人把華佗找來治病，曹操一直有頭風病，就是長期的頭痛，一直治不好，華佗就用針灸幫曹操治病，當時治過就好了，但曹操這個病是慢性病，會復發，所以需要一直把華佗留在身邊治病。
但這樣一來，華佗就不滿意了，原本華佗出身士族，曾經沛縣陳珪推薦為孝廉，太尉黃琬徵辟華佗，華佗都不願意來，能被當時的名士陳珪和黃琬所徵辟，說明華佗在當時還是有些名氣的，只是不願意出來做官，當時的士人拒絕徵辟一般有兩個原因：
1、想當隱士，或者不願意涉足官場。
2、抬高身份，博取名聲。
曹操
華佗顯然屬於第一類，而像司馬懿那樣拒絕曹操的徵辟顯然屬於第二類，華佗雖然出身士人，但是他的醫術高明，而且通曉儒家經書，相對來說，華佗更喜歡的是：四處遊歷，按照自己的興趣給人看病，因為醫生在當時的地位低下，華佗的傳記被歸於方技一類，方技在當時是指：醫經、經方、神仙術、房中術等特殊技能。
想想看，醫生在當時的地位和煉仙丹的一類術士是同樣的地位，就知道地位有多低下了，一般士人是不願意當醫生的，華佗一個出身士人，還受到當朝太尉徵辟過的，是不願意長期留在曹操身邊當私人醫生的，這是華佗與曹操矛盾的起因。
華佗喜歡遊歷四方
《後漢書 方技傳》明確說了華佗的脾氣不好，而且以做醫生為恥辱，曹操想把華佗留在身邊，華佗不願意固定在這裡，習慣到處遊歷，時間一長，首先是華佗不滿了，於是向曹操請假說要回家拿藥，到了家之後，華佗又說自己的妻子生病了，需要照顧，要求延長假期，然後過了假期，華佗還是不回來。
《後漢書 方技傳》：為人性惡，難得意，且恥以醫見業，又去家思歸，乃就操求還取方，因託妻疾，數期不反。
華佗不回來，曹操不滿意了，曹操懷疑華佗是故意不來，於是派人去請華佗回來，並交待使者，如果華佗的妻子確實病了，就放寬期限，並給賞賜小豆四千升，如果華佗的妻子沒病，就把華佗抓起來押送回來，結果使者一調查，發現華佗的妻子沒病，是華佗故意在撒謊，於是華佗就被官府抓了起來押送到許昌下到監獄了。
曹操殺華佗
曹操給華佗的罪名的有兩個，一個是欺君之罪，另一個是不從徵罪。所謂的欺君之罪就是指欺騙了曹操，所謂的不從徵罪就是指曹操徵辟華佗出來當醫生，華佗不願意，其實歸根結底還是華佗自己作死，把自己害死了。
曹操當時是挾天子以令諸侯的權臣，已經統一了中原及河北四州，成為整個天下勢力最大的諸侯，接下來曹操就要開始進行統一天下的戰爭了，曹操這個人一生殺過不少人，根本就不在乎多殺一個華佗，就算華佗是他的老鄉，就算華佗是當世神醫，其實在曹操眼中只有能利用和不能利用的區別，雖然荀彧給華佗求情，但曹操根本不聽。
這裡關鍵有一個原因就是醫生的職業在當時是低賤的職業，不被人所重視，當時地位最高的就是官員和士族，曹操殺一個官員或者士人也許還要思考一下，或者編個理由，比如曹操殺楊修及孔融，都是思考很久還找了理由的，但是曹操殺華佗就直接拒絕了荀彧的建議，其中一個原因就是醫生地位低。
華佗
曹操已經是這樣一個權臣，作為神醫的華佗是根本惹不起的，惹不起可以躲啊，如果故意違抗曹操的命令，就連司馬懿這樣出身大家族的人都不敢，當曹操第二次強行徵辟司馬懿時，司馬懿就乖乖地出來了，華佗顯然沒有司馬懿的智商，只知道一味對抗曹操，曹操作為控制大半個華夏的人，當然要維護自己的威權，現在有人敢欺騙曹操，你說曹操會怎麼辦？況且曹操從來就不是一個仁慈的人，殺了多少士人名士？
從某種意義上說，華佗的死也在於他自己的做死，他本可以犧牲自由活下去的，只要聽從於曹操的命令，曹操沒有理由會殺華佗，反而會因為華佗是自己的老鄉，能為自己治病而優待，可華佗偏偏不願意，因為華佗沒有想過自己這麼做的後果是什麼？或者他覺得曹操不會把他怎麼樣，顯然華佗失算了。
後漢書說華佗的脾氣不好，也許是當醫生自由習慣了，不願意受人約束，也許是華佗喜歡遊歷四方，不喜歡固定地待在一個地方，又或者是華佗是一個有理想的人，不願意跟隨曹操這樣的人在一起，所以他反抗了曹操，於是就造成了自己的死。