腸道菌群資料庫——gutMEGA分享

2021-02-15 英拜生物

    不知從何時起，「遇事不決，量子力學；機制難尋，腸道菌群」這句話開始廣為流傳，根據近十年的研究文章結果來看，一直被人類忽視的腸道菌群的功能逐漸被大家認識到，成為影響宿主生命健康的重要變量，比如腫瘤的發生、免疫治療的效果、抑鬱症的治療，都可以看到腸道菌群參與的身影。

    今天我們來講一下腸道菌群資料庫——gutMEGA，該資料庫收集了迄今為止已發表的人類腸道微生物宏基因組數據。資料庫由中山大學腫瘤防治中心的研究團隊收集和建立，發表的文章題目為gutMEGA: a database of the human gut MEtaGenome Atlas，發表在牛津學術旗下的Briefings in Bioinformatics期刊（影響因子8.99，中科院分區一區）。資料庫網址：http://gutmega.omicsbio.info/。

    論文的主要內容我就不介紹了，主要講一下資料庫使用。進入主頁後網頁是這個樣子。根據網站介紹，資料庫共收集了6457個分類單元的59132個定量事件，共有776個不同條件，涉及7個不同水平（界、門、綱、目、科、屬、種）。

    我們以克羅恩病為例進行（Condition）檢索。檢索結果是這樣的，我們可以在Condition下面看到有24個詞條選項，例如克羅恩病及正常對照，克羅恩病及潰瘍性結腸炎等。可以在Log2Ratio裡選擇過濾條件。

    點擊Detail中的「+」會出現以下界面，可以查看詳細信息如下，包括這樣研究來源PMID，研究所在地（資料庫裡還有比較不同國家之間腸道菌群差異）、測序方法和平臺以及樣本數等等，右邊的世界地圖可以讓人直觀的感受。並且網頁中還有菌群在兩個組別中的相對豐度差異結果。

    也可以點擊Download下載數據，會得到輸入的搜索條件下所有的結果，也方便大家進行手動檢索。

    網站還有瀏覽模塊（Browse），提供了一個逐項展示的界面供大家瀏覽腸道微生物。當方塊為綠色時，點擊會展示其結果。當方塊為灰色時，表示其下還有子選項，會有新的下級選項。

    Condition這一欄，展示的是不同實驗條件下的比較，例如尋常痤瘡患者VS正常人。這個資料庫包含的數據可不只有腫瘤，只要是已經發表了的研究，就有收集整理。

    資料庫還可以針對樣本進行篩選。

    網站還有搜索模塊（SEARCH），與常見的網站一樣可以搜索自己感興趣的方向。

    今天的介紹就到這裡，趕快自己挖掘想要的數據吧。

謝謝！     

課題整包|甲基化|高通量測序|分子生物學實驗|細胞功能

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