有一種常見的誤解認為，軟體構型動物化石通常形成平展的碳質膜，以這種形式保存於巖石的表面。伯吉斯動物經過嚴重擠壓，當然也是扁平的——它們缺乏硬體結構，還要承受水以及將其深埋的沉積物的重壓，所以，我們不能指望其三維結構能得以較好的保存。但是，伯吉斯動物化石並非都是完全扁平的。有了這一發現作為事實基礎，惠廷頓才有可能用上一種方法，使它們的結構得以揭示。（伯吉斯動物的軟體結構不以碳質的形式保存，而是經過一種未為人知的化學過程，使原來的碳被鋁和鈣的矽酸鹽取代，形成一暗色的反射層，且不影響解剖學結構細節的精緻保存。）
一些動物的三維構架可以被保存下來。對於這一事實，沃爾科特從未認識到，即便有，也十分模糊。他把所有的伯吉斯化石看作平展的薄片，所以他篩選標本，尋找他認為身體朝向（orientation）最佳的標本。畢竟，保持那樣的體姿，能最好地展示解剖學結構（或者說最不令人困惑）。對於兩側對稱的動物，最佳體姿，通常就是伸展得徹底、鋪展得最扁平的。他不採用那些動物斜向和正面朝上的標本，認為不同的結構和表面被壓到地層的一個平面後，形成的一層膜無法解析。而頂視方向（背朝上體姿的背面觀）完全不同，它能使不同結構的特徵顯示得最為明晰。
沃爾科特通過研究照片來詮釋他的標本，而這些照片卻時常被過度修描。惠廷頓的團隊也大量照相，但主要用於發表，而非作為主要研究工具。實際上，對伯吉斯標本拍照，並不能獲得理想的效果。這些照片，無論是將其放大，或是用濾光處理，能從中獲取的信息都很少，不如標本本身。照明源位置不同，矽酸鋁表面反射的光也不同，若將照明源位置調高，看到的影像較灰暗；調低，則更加明亮。
直接觀察標本，通過調節照明源高度，來回比較，可以獲得分辨程度更高的影像於是，惠廷頓採用一種最古老的方法，作為他研究詮釋標本的主要方式——耐心細緻地手繪標本圖。這種方法所需的基本儀器設備叫顯微描繪器（camera lucida，也叫投影描繪器），惠廷頓使用的機型與沃爾科特用過的沒有什麼不同，跟礦物學家W.H.沃拉斯頓 [1] 在1807年發明的原型比，也沒有多少改進。顯微描繪器，簡單地講，就是能把實物影像投影到一個平面的一組鏡子。
您可以把它接到顯微鏡，把鏡下所見的影像投射到一張紙上。就這樣，當您繪製動物標本圖時，標本實物及其在紙上的映象同時出現在眼前，您的視線不必離開目鏡，也不用來迴轉頭。惠廷頓和他的團隊大規模使用這種技術，對研究的每一個物種的每一件標本進行了繪圖。同時觀察多種細小的標本不是件容易的事，得把它們一個個放大。不過，可以把一系列標本繪圖放到一起研究。
惠廷頓將顯微描繪器繪圖技術與一整套方法相結合，而選擇那些方法，都基於他對伯吉斯動物化石保存的認識——動物的三維結構得以保存下來，那些化石不僅僅是地層裡一個平面上的平展薄片。下面，我以對西德尼蟲（Sidneyia inexpectans ）的研究為例，向大家展示這套方法在研究中如何實用，威力有多強大。西德尼蟲是伯吉斯頁巖裡最大的節肢動物，沃爾科特如此命名，是因為第一件標本由其子西德尼發現。（我選擇以西德尼蟲為例，是因為在惠廷頓團隊的系列出版物中，這篇由大衛·布魯頓於1981年發表的對該屬的專論在技術方面最為雅致動人。）工作主要涉及以下三個環節：
若果真如沃爾科特所言，所有解剖學結構被擠壓成一層膜，那麼，對化石進行重構，就好比讓被壓路機擀平的動畫形象恢復成之前的樣子。但是，在幻想世界裡對傻大貓 [2] 管用的招數，在現實中的頁巖石板上無法複製。 幸運的是，伯吉斯化石不像通常那樣只保存在地層的單一平面上。在被淤泥吞噬後，深埋其中的動物身體朝向各有不同。淤泥通常會浸入動物各組成結構，沉積物形成的薄面將它們隔成一系列微層——殼層往下挨著鰓層，鰓層往下挨著足層，如此一來，三維結構得以保存，即使在後來遭受淤泥的擠壓，也能保持。 利用小鑿或者（與在牙醫那兒見到的類型區別不大的）十分尖的震動鑽（vibro-drill），小心地將標本的最上面幾層揭走，表層之下的內部結構就顯現出來。（揭走的層面通常只有微米級的厚度，這項十分細緻的工作也可以利用針尖手工完成——一粒一粒地挑、一片一片地鑿。）
一些節肢動物本身就十分扁平，但西德尼蟲不同，重構的結果（圖3.3）顯示，它的結構相當立體。最外一層是半圓筒狀的殼，略呈拱形，將軟體結構覆於其下 [3] 。由於受到強度巨大的自然擠壓，標本有相當程度的裂損，鰓足二枝已有部分從殼的破裂處伸出。但布魯頓發現，要揭示完整的解剖學結構，還是得將標本鑿開。很多海洋節肢動物的附肢通常分為兩部分（詳見後文關於節肢動物解剖學結構的插頁），靠外的一部分著生有鰓，用於呼吸與遊弋，靠內的是步行足，但也常用以取食。