使用微生態製劑是實施水產健康養殖的重要技術手段之一。微生態製劑又稱微生態調解劑、益生素、促生素、增生素、生菌素等，它是在微生態理論指導下，利用從養殖動物體內或其生活環境中分離出來的有益微生物，採用特殊工藝製成的活菌製劑。它具有無毒副作用、無汙染、無殘留和低成本等特點，可以抑制病原微生物的生長，提高養殖對象自身的免疫力，維持養殖生態平衡。
【微生態製劑的種類】
按照用途，微生態製劑可以分兩大類：一類是體內微生態改良劑，將其添加到飼料中用以改良養殖對象體內微生物群落的組成，應用較多的有乳酸菌、芽孢桿菌、酵母菌、EM菌等；另一類是水質微生態改良劑，將其投放到養殖水環境中以改良底質或水質，主要有光合細菌、芽孢桿菌、硝化細菌、反硝化細菌、EM菌等。
光合細菌
光合細菌是能進行光合作用的一類細菌。其菌體含有豐富的蛋白質、多種維生素，以及生物素、類胡蘿蔔素、輔酶Q等生理活性物質。該細菌能吸收水體中的氨氮、亞硝基氮、硫化氫和有機酸等有害物質，抑制病原菌生長。
芽孢桿菌
芽孢桿菌為革蘭氏陽性菌，是普遍存在的一類好氧性細菌。該菌能以內孢子的形式存在於水生動物的腸道內並分泌活性很強的蛋白酶、脂肪酶、澱粉酶，可有效提高飼料的利用率，促進水生動物生長；它也可以通過消滅或減少致病菌來改善水質；芽孢桿菌還可以分解並吸收水體及底泥中的蛋白質、澱粉、脂肪等有機物以改善水質和底質。
硝化細菌
硝化細菌是亞硝化細菌和硝化細菌的統稱，屬於自營性細菌的一類。亞硝化細菌將水體中的氨氮轉化為亞硝酸氮，硝化細菌能將亞硝酸鹽氧化為對水生動物無害的硝酸氮。硝化細菌主要與其它細菌一起製成複合微生態製劑。
反硝化細菌
反硝化細菌由具有反硝化作用的微生物種群組成，主要是把硝酸鹽或亞硝酸鹽轉變成氮氣而釋放出來，多用於處理底泥。在養殖池底層溶解氧低於0.5 mg／L、pH值8～9的條件下，反硝化細菌能利用有機物中的底泥作為碳源，將底泥中的硝酸鹽轉化為無害的氮氣排入大氣中。反硝化過程能大量消耗池塘底層的發酵產物和沉積於底層的有機物，使底層汙泥中有機物和硝酸鹽的含量迅速減少，有效防止氣候突變引起的水質劇變。
乳酸菌
乳酸菌是一種能使糖類發酵產生乳酸的細菌，它能抑制有害微生物的活動、致病菌的增殖、有機物的腐敗。乳酸菌可以分解在常溫下不易分解的木質素和纖維素，使有機物發酵轉化成對動、植物有效的養分。
酵母菌
酵母菌是一群屬於真菌的單細胞生物，含有較高的胺基酸、維生素等營養成分。在有氧條件下，酵母菌可將溶於水的糖類轉化為二氧化碳和水。在缺氧的條件下，酵母菌可利用糖類作為碳源進行發酵和繁殖酵母菌體。所以酵母菌能有效分解溶於池水中的糖類，迅速降低水體中的生物耗氧量。
革蘭氏陽性放線菌群
革蘭氏陽性放線菌屬好氣性菌群。它能從光合細菌中獲得基質，產生各種抗生素及酶，直接抑制病菌，促進有益微生物增殖。放線菌和光合細菌混合使用效果更好。它還能分解常態下不易分解的木質素、纖維素、甲殼素，有利於動、植物吸收。
硫化細菌
硫化細菌是一種能將無機硫化物氧化為硫酸的自養型細菌，並從氧化無機硫中獲得能量。硫化細菌廣泛分布於池塘底泥和水體中，其氧化作用提供了水生植物可利用的硫酸態的硫元素，降低池內硫、硫化氫的含量。
EM菌
EM為有效微生物群的英文縮寫，是由光合細菌、乳酸菌、酵母菌等多種有益菌種複合培養而成的微生物群落，它們能通過共生增殖關係組成複雜而又相對穩定的微生態系統。EM中的有益微生物經固氮、光合等一系列分解、合成作用，可使水中的有機物質形成各種營養元素，供自身及餌料生物的生長繁殖，同時增加水中的溶解氧，降低氨、硫化氫等有毒物質的含量，維持養殖水環境的平衡。另外，EM菌還能在腸道內形成優勢菌群抑制大腸桿菌的活動，並促進機體對餌料的消化吸收，使排洩物中的氨氮含量減少，起到淨化水質、促進生長的作用。
【微生態製劑在水產養殖中應用】
動物胃腸中的大量微生物組成的微生態系是在長期的歷史進化過程中形成的。正常菌群像一道屏障，保護宿主的健康生長。當正常菌群佔優勢時，會抑制病原菌生長，提高宿主抗病能力。微生態製劑正是通過調節宿主體內的微生態結構，使其在微生態平衡的系統下表現出最佳的生理狀態和最快生長發育，具有最高的抗逆性。
調節宿主體內菌群結構，抑制有害生物的生長，減少和預防疾病
1、促進有益菌形成優勢種群
經過長期的進化過程，微生物在動物腸道內形成了一個微生態平衡系統。正常情況下，腸道內優勢種群為厭氧菌，而需氧菌和兼性厭氧菌只佔1%左右。如果專性厭氧菌減少，失去優勢種群地位，則動物腸道微生態平衡失調，引起各種腸道疾病。使用微生態製劑可使擬桿菌、雙歧桿菌等專性厭氧菌數量增加，恢復優勢種群，起到調節微生態平衡的作用。
2、生物頡抗
動物微生態製劑中的有益微生物在體內對病原微生物有頡抗作用，這些有益微生物可與病原微生物爭奪營養物質和生態位點，抑制病原微生物的生長繁殖。有益菌還通過分泌抑菌物質抑制病原菌增長，例如乳酸菌分泌細菌毒素、過氧化氫、有機酸(包括乳酸、乙酸、丙酸、丁酸等)等物質，可使腸道環境pH下降，抑制有害病原微生物生長。
3、生物奪氧
大量研究表明，一些需氧菌微生物特別是芽抱桿菌能消耗腸道內氧氣，造成厭氧環境，有助於厭氧微生物的生長，從而使失調的菌群平衡恢復到正常狀態。
消除汙染物，淨化環境
養殖水域底部常常積累大量的殘餘餌料、排洩廢物、動植物殘體以及有害氣體氨氣、硫化氫等，這些物質往往導致水質敗壞使水產動物受到毒害。微生態製劑中的微生物具有氧化、氫化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮等作用，能將上述有害物質分解為二氧化碳、硝酸鹽、硫酸鹽等，不僅淨化了水質，還能為單胞藻的繁殖提供營養物質促進藻類的繁殖。目前比較常用的水質調節劑有光合細菌、硝化細菌、芽抱桿菌等。光合細菌具有獨特的光合作用能力，能有效地利用水中過剩的有機物作為自身繁殖的營養源，迅速分解水中氨氮、硫化氫、酸類等有害物質，從而改善水質，增強魚類的抗病力。
促進養殖動物的生長，增強機體的抵抗力
1、微生態製劑中的有益菌具有活性較強的澱粉酶、脂肪酶、蛋白酶等，能極大地提高飼料利用率，促進消化吸收和動物生長發育。
2、作為飼料添加劑的微生態製劑，其菌體含有大量的營養物質，可為動物補充營養。其中光合細菌粗蛋白含量高達65%，還含有豐富的B族維生素、泛酸、生物素、葉酸、類胡蘿蔔素、鈣、磷和多種微量元素、輔酶Q等。
3、一些微生物在發酵或代謝過程中產生多種有益物質如胺基酸、維生素、促生長素之類的生理活性物質，促進生長發育。
防止有毒物質的積累，保護機體不受毒害
動物機體在受到某些應激因素的影響下，機體內動物腸道中微生態平衡失調，導致體內菌群比例失調，需氧菌增加，並使蛋白質分解產生胺、氨等有害物質，動物表現為病理狀態。有些益生菌如某些乳酸桿菌、鏈球菌、芽抱桿菌等，可以阻止毒性胺和氨的合成。多數好氧菌產生超氧化物歧化酶(SOD)可幫助動物消除氧自由基。有些微生態製劑中的有益微生物如芽抱桿菌在腸道內可產生氨基氧化酶及分解硫化物的酶類，從而降低血液及糞便中氨、吲哚等有害氣體的濃度，改善養殖環境。
刺激免疫系統，提高免疫力
微生態製劑是很好的免疫激活劑。動物口服益生菌後，調整腸道菌群，使腸道微生態系統處於最佳的平衡狀態，活化腸黏膜內的相關淋巴組織，使抗體分泌增強，提高免疫識別能力，並誘導T、B淋巴細胞和巨噬細胞等產生細胞因子，通過淋巴細胞再循環而活化全身免疫系統，從而增強機體的免疫系統。
【水產微生態製劑應用中存在的問題及其對策】
微生態製劑可在一定程度上替代或取代抗生素，為健康養殖和綠色水產品的生產創造了條件，在我國得到越來越廣泛的應用。但由於微生態製劑在水產養殖上的應用時間短，許多產品和使用技術尚不完善。對於這些問題如不能及時加以重視，防微杜漸，將引發嚴重的後果。
水產微生態製劑的安全性
從抗生素應用實踐表明，一種新產品的安全性評價需要一個較長的認識過程。對微生態製劑的毒副作用等問題未見報導，往往表明我們對此缺乏了解，並不能表明不存在問題。換言之，微生態製劑的天然性並不能從邏輯上保證其安全性。事實上，大多數微生態製劑並非單純製品，常含有培養基殘留物，無機鹽，防腐劑，稀釋劑等，大多屬於未知成分，因此發酵菌種，雜菌汙染，培養基原料，酶的化學性質，雜質的種類和數量等因素都有可能影響到微生態製劑的安全性；此外，由於缺乏國家統一的產品質量標準，很多菌種在投產前及生產過程中缺乏生物學，遺傳學特徵的檢驗，存在嚴重的安全隱患。具體而言問題包括多個方面，選用菌種沒有進行針對性的選擇和嚴格的馴化，可能對水產動物和人的健康存在潛在的威脅；菌種存在變異，而大多數生產企業在生產中沒有監控細菌變異的條件和技術，產品質量得不到很好的保證；缺乏對菌種可能的代謝產物的系統研究，一株現在無毒副作用的菌種也無法保證其長期的安全性；在進行微生態製劑的新品種開發篩選菌株時常有偏重於產生抑菌物質的傾向，病原菌長時間與其接觸有可能產生抗性，這種取向不加以關注，有可能重蹈抗生素應用的覆轍。
過高估計微生態製劑能力而產生依賴性
很多養殖者對微生態製劑的作用機理不甚了解，以為微生態製劑是由活菌組成，數目龐大，且繁殖快，改善水質和提高抗病性的能力無限，因而隨意擴大養殖密度，增加投餌量，對養殖塘疏於管理。
微生態製劑與抗生素及消毒劑混用
一些養殖者在使用微生態製劑的同時，出於對水產動物疾病的恐懼，習慣於運用抗生素或消毒劑進行雙重預防，以為可保萬無一失，殊不知抗生素及消毒劑在殺滅病菌的同時也將由活菌組成的微生態製劑破壞殆盡。
運輸及儲存不當導致活力下降
微生態製劑的運輸和儲存是商家和養殖者最容易忽略的環節，往往隨意堆放，而各廠家說明書上要求的存儲條件也不一致，有的要求乾燥，避光，冷儲，有的稱可室溫保存，令使用者莫衷一是，造成混亂，孰不知環境因素對菌株的活性影響巨大。
一般來說，若將微生態製劑存儲於溫暖，潮溼的環境，細菌在儲存的過程中就開始繁殖生長，到使用時細菌可能大部分已進入衰敗期。進一步分解有機物的能力極其有限；若暴露於強光，高溫等惡劣環境，可直接導致細菌死亡，其活菌數則將大打折扣。將保管不當的微生態製劑投入水體，不但不能起到應有的作用，反而會汙染水體，影響養殖動物的食慾。
微生態製劑生產質量良莠不齊
由於水產微生態製劑發展的時間較短，市場準入制度不健全，缺乏相應的行業標準，生產廠家難免龍蛇混雜。一些不具備資質的小廠混跡其間，其技術，設備，工藝落後；生產的微生態製劑實際活菌數達不到說明書上表明的數量；同一批產品出廠時細菌所處的生長期參差不齊，有的細菌已處於衰敗期，活力有限；微生態製劑活菌檢測採用的血細胞計數板法無法可觀，準確的反應活菌數量；產品說明書中有效期不統一，從一年到三年不等；很多問題在說明書中找不到答案而具有盲目性；部分廠家的廣告推介存在誇大，有誤導嫌疑。種種問題使水產微生態製劑的質量難有保障。
微生態製劑基礎研究缺乏
我國水產微生態製劑發展晚，還有很多基礎問題有待解決。水產上使用的微生態製劑很多是在為人類或其他動物設計的產品基礎上改良而成，菌株並不一定完全適合在水產動物消化道和養殖水體中增殖。迫切需要培育出適合水生動物的微生態製劑；微生態製劑的活性受到多種環境因素的影響，如溫度，溼度，酸度，機械摩擦和擠壓以及室溫條件下的存儲等，菌種的穩定性難有保障，影響研究非常必要，然而縱觀近年來發表的關於微生態製劑方面的文章，大多是生產中的應用和相關的綜述，而有關微生態製劑基礎及更深入的研究則少之又少。眾多的科研人員熱衷於做簡單重複的工作，不能不說是對我國科技資源的巨大浪費。本來我國對微生態製劑的研究起步較晚，如果任由這種狀況發展下去，將嚴重阻礙我國水產事業的發展，被國外遠遠甩在後面。
微生態製劑使用不當
養殖戶對微生態製劑一知半解，或者受廣告宣傳的影響，簡單的認為使用微生態製劑只要向池中潑灑就可以了，全不管是何種製劑，使用時有什麼具體要求，表現出隨意性。事實上，微生態製劑是由活菌組成，其作用的發揮與細菌的數量有直接關係，隨意減少劑量，將難以形成種群優勢；而超劑量的使用造成資源的浪費，況且微生態製劑必須在水體中大量增殖後才能發揮作用，這需要幾天時間，問題嚴重時再用，難以立馬見效，往往引起資源的浪費和巨大經濟損失。
【水產微生態製劑的科學使用】
如今我國微生態製劑雖在水產養殖中取得了不錯的效果，但存在的問題仍是顯而易見的，要想水產微生態製劑能有一個良好的發展前景，正確認識和使用水產微生態製劑變得十分關鍵。
安全性
許多微生態製劑源於環保製劑，當應用於水產養殖時，應注意菌株的特異性，考慮對水生生物的安全性，如假單胞菌中的螢光假單胞菌和銅綠假單胞菌對魚類就是病原菌。目前，除光合細菌外，其他的微生態製劑尚無國家統一的產品標準。國內生產廠家眾多，產品難免魚龍混雜，所選的菌種應進行針對性的選擇和嚴格的馴化，防止對漁業生產和人的健康造成損害。因此，應選擇那些有研發實力，技術成熟的生產廠家的產品，確保產品的安全性。
針對性
目前市場上常見的應用於水產上的微生態製劑產品不是很多，根據其在水產殖中的應用大致
可分為兩類：一類是用於改良水質的，即水質微生態調控劑；另一類是內服以提高魚類抗病力的，即飼料微生態添加劑。不同種類的微生態製劑其針對性和作用效力不盡相同。高濃度的光合細菌增氧效果最佳；EM菌和硝化細菌消除氨氮效力最高；芽孢桿菌有明顯的降低亞硝酸鹽的作用；EM菌有助於提高水體的pH。實際應用時，應該根據具體的要求，合理選擇微生態製劑，發揮它的最大效力。近年許多學者和生產廠家試圖利用不同菌株的不同特性，將多種菌株培育後複合，以期發揮他們的綜合效果。但由於不同菌株的生長，繁殖條件不同，同一環境條件難以同時滿足所有複合菌株發揮作用的要求，其作用值得進一步探討。
實效性
1、注意微生態製劑的質量
使用微生態製劑時，一定要注意菌體的數量和活力，一般要求每毫升含3億個以上的活菌體，且活力要強。試驗表明，隨著微生態製劑保存期的延長，活菌數量逐漸減少，其作用效果明顯降低。所以除應注意妥善儲存外，還應儘早使用，製劑的顏色和氣味發生明顯變化，則可能意味著菌體已開始死亡腐敗，儘量不要再使用。
2、除了注意保持原有產品中菌體活性外，還可採取適當的活化措施提高菌體的活性，增強使用效果。
使用粉劑時，最好用池塘水浸泡30分鐘左右，再潑灑；芽孢桿菌在保存期間以芽孢的形式存在，可通過配製好的培養基進行活化，增殖，然後潑灑；光合細菌可用沸石粉吸附後再進行潑灑；使用EM菌時最好按1∶1的比例加入糖蜜紅糖水，攪拌均勻後放置半小時左右，促進菌體活化。
3、降低環境因子的不良影響
各種環境因子都可能對微生態製劑產生一定的影響，我們應把不良影響降到最小，選擇適宜的水環境，一般控制pH6-8，水溫15-35℃，水體溶解氧2㎎/L以上。當然，不同菌株受環境因子的影響也有所不同。陰雨天使用光合細菌效果不明顯；亞硝酸鹽和pH偏高的水體，使用芽孢桿菌製劑的效果不明顯；pH值低於7或者高於8.5的水體，以及溶解氧含量低的水體，不利於硝化細菌的生長；光對硝化細菌的生長，繁殖也有一定的抑制作用。因此，在使用微生態製劑前，應測定有個水環境因子的指標，依此選擇相適應的微生態製劑，並通過改進措施，達到最為理想的效果。
4、把握最佳的使用時期
由於微生物製劑起效具有滯後性，要揮發微生態製劑的治本防治作用，就必須提前使用。尤其是在幼苗開食，食性轉換，季節變化，魚病高發等關鍵時期，提前使用微生態製劑，才能夠收到良好的防病效果。
5、掌握準確的使用周期
微生態製劑進入水產動物體內或者水體環境中，有益菌的數量具有先增後降的生長周期，其長短與菌群種類，密度，水體肥瘦，有害菌的數量等密切相關，一般為20-30天。所以在應用中應參考水體的透明度以及水質化學指標，及時調整，
6、尋求合理有效的使用方法
使用方法好壞是決定微生態製劑效果的關鍵，應遵循一定的原則。首先要協調好與其他技術措施的關係，禁止與抗生素，殺菌化學藥以及具有抗菌作用的中草藥，殺蟲劑等同時使用，在施微生態製劑後的生長周期內，儘量不使用化學藥物，不換水；此外應按照「交叉交替」原則進行使用，即根據不同的養殖期，不同的水質要求，交叉使用不同類型的微生態製劑，通過外用與內服相結合，潑灑與拌餌的交替使用，不僅使有益菌在養殖環境中形成優勢菌群，而且在水產養殖動物體內也成為優勢菌群，保障水產養殖動物始終處在健康的生長環境中。
規範性
很多存在的問題是由於使用不規範引起的，要想微生態製劑這一市場協調發展，應加強該領域的宣傳和管理，可以對從事水產養殖業的人員進行專業的技術培訓，提高其專業素質，使他們對微生態製劑有一個全面，客觀的了解；保證和監督廠家生產規範，且在做廣告推介時，不允許任意誇大其微生態製劑產品的作用，以免誤導養殖戶；不同的微生態製劑，有著不同的生物學特徵，因此對微生態製劑的儲運管理必須強調個體化原則，根據其不同的生物學特性，採取相應的管理方法。
中藥防治動物疾病的歷史源遠流長。中草藥與微生態製劑混合使用對動物的免疫作用主要是通過保護胃腸道而降低腹瀉率，兩者配伍使用具有協同增效作用。
【微生態製劑與中藥的配伍優勢】
（1）中醫學從宏觀上來認識把握生物機體的生命動態平衡，這與益生素調節生物體微生態平衡的作用有共通之處，使得中草藥和益生素有機結合在一起。
（2）中草藥可以促進益生菌的增殖。中草藥中含有活性多糖、寡糖和有機酸等物質，可以促進動物腸道內有益菌的增殖。
（3）中草藥中的酸均為有機弱酸，有 pH 緩衝劑的作用，能維持pH穩定，這也為益生菌的增殖提供了適宜的pH生存環境。有研究表明，阿膠、五味子、枸杞等能促進雙歧桿菌的生長；陳皮、山萸肉、梔子、貫眾對大腸桿菌、沙門氏菌有抑制作用，而對乳酸桿菌具有促進增殖的作用。
（4）益生菌可以促進中草藥的吸收利用。服用甘草後，具有抗過敏、抗炎症等類固醇作用的主要有效成分甘草甜素並不能直接被機體吸收，而在腸道菌的作用下，其含糖部分被切去形成苷元，然後被吸收進入血液中發揮其藥理作用。
（5）目前，益生素和中草藥配伍使用已有成品，如某公司生產的益生素中草藥複合製劑，該複合製劑能有效預防雞柔嫩艾美耳球蟲，其抗球蟲效力達到中等水平，與對照藥物相比，優於同類藥物敵球靈和鹽黴素。
中草藥和微生態製劑作為一種新型的抗生素替代品，受到養殖業的肯定。隨著科學技術的進一步發展，對中草藥與益生素飼料添加劑的研究與開發不斷加強，它必將為現代養殖業的發展做出更大的貢獻。
【微生態製劑與中藥配伍使用注意事項】
（1）益生素所用菌種很多，而中草藥種類也非常龐大。應篩選能夠配伍使用的益生素菌種和中草藥品種，使二者協同應用於養殖中。
（2）中草藥中有十八反十九畏的條件性配伍，注意不同中草藥間的配伍性。
（3）針對動物的不同生理階段，選擇不同的中草藥。