如何快速找到有效的shRNA序列

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RNA幹擾（RNA interference， RNAi）作為一種重要的基因轉錄後沉默機制, 廣泛應用於基因功能研究、腫瘤及病毒感染性疾病治療的實驗研究，其核心作用是雙鏈的小幹擾RNA ( small interfering RNA, siRNA ) 能夠抑制同源基因的表達。

RNA幹擾包括siRNA和shRNA，雖然都是幹擾RNA類型，但是siRNA和shRNA卻有著很大不同。siRNA是單鏈RNA幹擾，通過結合mRNA，阻止蛋白的表達。shRNA其實是一類病毒，整合至基因組中進行基因幹擾。因此siRNA和shRNA的最大區別就在於是否整合進入了基因組中以及轉染有效性的長短。siRNA有效期較短，shRNA有效期長。

有這麼幾種方法獲取有效的shRNA序列：

下面以AKT1為例跟大家講一講如何在SIGMA官網挑選你想要的有效的shRNA序列。

一、首先打開SIGMA的官網，網址如下，在搜索框中輸入想要的基因名。

https://www.sigmaaldrich.com/china-mainland.html/

 

二、點擊搜索，界面如下，選擇基因，進入下一個頁面。

 

3、選擇此處的shRNA

4、選擇你想要的物種，點擊後面的價格

 

5、這時就可以看到shRNA的序列了，標註有Validated的序列是經過驗證的，並且上面會有序列的得分，分數越高代表效率越好，我們只要挑分數高的序列合成，然後就可以構建我們想要的shRNA質粒了，或者直接提供序列給公司，公司也可以儘快提供有效的質粒給你做實驗了。

 

當然常見的基因，SIGMA的官網上都是有的，但是有的基因比較少人研究的話，有可能會沒有，這時候大家還是可以選擇前幾種方法去找到一個有效的shRNA序列。