Cell丨非經典分泌蛋白進入膜泡的分子機制

2021-01-20 BioArt生物藝術

責編 | 兮

蛋白質分泌是細胞之間進行信息傳遞的核心方式之一。我們通常所指的分泌蛋白具有N端的信號肽序列,能夠被信號識別顆粒(SRP)所識別並通過SEC61轉運體(translocon)進入內質網腔,隨後信號肽被切除,分泌蛋白經過加工和修飾,通過內質網-高爾基體(ER-Golgi)膜泡運輸途徑被運送到細胞外,該過程被稱為經典分泌途徑【1-3】,其關鍵內容已經被寫入細胞生物學教科書。

近年來研究發現,許多蛋白質的分泌不依賴於ER-Golgi的常規分泌途徑,稱為非經典分泌(Unconventional Protein Secretion,UPS)【4,5】。大多數UPS蛋白不具有典型的信號肽,其分泌主要通過兩種方式:(1)直接穿越細胞質膜(I型)【6,7】; (2)類似於經典分泌,需要膜泡運輸介導(III型)【8,9】。在III型UPS中,蛋白質需要進入一個膜泡載體(例如分泌性自噬體和溶酶體等),然後通過膜泡運輸系統被運送到細胞外。由於缺少信號肽的導向,一個亟待解決的關鍵問題就是這類UPS貨物是如何進入膜泡載體中的。

2020年4月8日,清華大學生命科學學院葛亮課題組在Cell雜誌在線發表題為「A translocation pathway for vesicle -mediated unconventional protein secretion」的研究論文,報導了一條介導UPS貨物進入膜泡的蛋白跨膜轉運分子通路。

促炎症因子IL-1β(interleukin-1β)是第一個被發現,同時也是研究最多的非經典分泌蛋白【10】。IL-1β可通過I型和III型UPS分泌:I型途徑中,IL-1β主要通過Gasdermin D(GSDMD)N末端片段在細胞質膜上形成的孔被釋放【11-13】;III型途徑中,成熟型IL-1β (mIL-1β)被會運送到一個膜泡載體中【14-18】。

在之前的研究工作中,作者建立了一套分析mIL-1β分泌的細胞學系統,發現mIL-1β能夠轉運進一個中間膜泡結構並進入自噬體的雙層膜結構之間,最終通過分泌型自噬被分泌到胞外,並且這一跨膜轉運過程依賴於蛋白質的去摺疊【17】,這預示著存在一個類似translocon的膜通道(圖1)。

圖1. IL-1β進入膜泡載體並通過分泌型

該工作中作者為鑑定這個未知的通道蛋白,採用二氫葉酸還原酶(DHFR)系統,並結合了蛋白質交聯和質譜技術。由於氨基蝶呤(aminopterin)抑制DHFR的去摺疊,摺疊形式的DHFR會像塞子一樣將mIL-1β-flag-DHFR阻滯在膜轉運機器上。之後通過化學交聯與免疫沉澱富集轉運機器並通過質譜進行鑑定,找到了一個膜蛋白TMED10(圖2)。

細胞學研究發現TMED10調控mIL-1β的分泌。在CLP誘導的敗血性休克(Cecal Ligation and Puncture (CLP)-induced septic shock)小鼠模型中,TMED10髓系敲除的小鼠分泌更少的mIL-1β, 進而導致更低的炎症反應與更高的存活率,提示TMED10在某些生理條件下調控炎症因子的釋放和炎症反應。

圖2. 鑑定未知轉運體策略

有趣的是除了IL-1β外,非經典分泌蛋白IL-1家族其它成員(包括:IL-1α、IL-18、IL-33、IL-36、IL-37和IL-38)以及分子伴侶(HSP5B)、糖鏈結合蛋白(galectin 1和galectin 3)、 磷脂結合蛋白(Annexin A1)和神經毒性蛋白(Tau)的分泌也受TMED10調控,提示TMED10調控一系列UPS蛋白貨物的分泌。鑑於多種非經典分泌蛋白直接受TMED10的調控,一個重要的問題是否存在一個類似於經典分泌信號肽的共同序列調節這些UPS貨物的分泌?通過序列比對,作者發現了一個共同的基序motif1對這些UPS蛋白的分泌不可或缺, 提示motif1可能是一個通用的TMED10介導的非經典分泌信號序列。

為了研究TMED10是否是個蛋白轉運體,作者建立了體外脂質體重建實驗系統,發現UPS貨物能夠轉運進入含有TMED10的蛋白脂質體,並且轉運過程依賴於UPS貨物的motif1和蛋白質去摺疊。這提示TMED10具有直接轉運UPS貨物進入膜泡的活性,可能是一個通道蛋白。除此之外,作者也發現分別位於細胞質和內質網腔內的兩個分子伴侶蛋白HSP90A和HSP90B1(GRP94)促進TMED10介導的蛋白跨膜轉運,提示TMED10和這兩個膜泡內外分子伴侶蛋白協同轉運UPS貨物進入膜泡。

免疫螢光和電鏡結果顯示UPS貨物與TMED10在細胞內共定位於ERGIC(ER-Golgi intermediate compartment)。雙分子螢光互補(Bimolecular Fluorescent Complimentary, BiFC)實驗顯示TMED10與mIL-1β處於相同的膜泡結構。這些結果表明,TMED10可能通過在ERGIC上形成一個通道介導UPS貨物進入膜泡載體ERGIC。

然而,TMED10是一個單次跨膜蛋白,要形成通道,就需要發生寡聚化。作者發現UPS貨物大量產生時導致TMED10自身發生寡居化,而隨著分泌的完成TMED10寡聚體逐漸解聚。這提示TMED10轉運體的形成和其介導的UPS貨物分泌是一個受貨物調節的過程,在貨物大量產生的時候被激活。

基於以上的實驗結果,作者提出了一個TMED10介導的非經典分泌途徑模型並命名為THUPS(TMED10-channeled UPS):當需要分泌的UPS貨物(例如炎症反應中大量產生的mIL-1β)大量產生時,將激活THUPS非經典分泌途徑,UPS貨物結合分子伴侶HSP90A發生去摺疊,結合ERGIC上的TMED10,誘導其發生寡聚化形成蛋白轉運體,在腔內分子伴侶HSP90B1的幫助下進入ERGIC這一膜泡載體。

作者先前的研究發現ERGIC是自噬體的重要膜來源【19】。鑑於分泌型自噬參與UPS,ERGIC可能是分泌性自噬的一個源頭細胞器。UPS貨物將通過ERGIC進入分泌性自噬的過程以及下遊膜泡通路(包括:分泌性溶酶體和多泡體(MVB)等),最終被運送到細胞外。當然也不排除ERGIC上產生的膜泡也可以通過其它途徑將UPS貨物分泌到細胞外(圖3)。

圖3. TMED10介導的蛋白質非經典分泌途徑工作模型

該研究提示類似於經典分泌途徑,非經典蛋白質分泌也存在一條(或者多條)蛋白質跨膜轉運通路調節蛋白的分泌。在細胞內THUPS可能是SEC61介導的經典分泌跨膜轉運的平行途徑,調節非經典蛋白質分泌。該研究還處於初期,很多問題還需要進一步解答,包括:該通路的分子細節、THUPS相關非經典蛋白質分泌組以及生理意義等。

據悉,這項研究由清華大學生命科學學院葛亮實驗室完成,實驗室張敏博士和博士生劉磊是文章的共同第一作者,葛亮研究員為通訊作者。

參考文獻:

1.S. O. Shan, P. Walter, Co-translational protein targeting by the signal recognition particle.FEBS Lett579, 921-926 (2005).

2.G. Zanetti, K. B. Pahuja, S. Studer, S. Shim, R. Schekman, COPII and the regulation of protein sorting in mammals.Nat Cell Biol14, 20-28 (2011).

3.T. A. Rapoport, L. Li, E. Park, Structural and Mechanistic Insights into Protein Translocation.Annu Rev Cell Dev Biol33, 369-390 (2017).

4.W. Nickel, C. Rabouille, Mechanisms of regulated unconventional protein secretion.Nat Rev Mol Cell Biol10, 148-155 (2009).

5.C. Rabouille, V. Malhotra, W. Nickel, Diversity in unconventional protein secretion. J Cell Sci 125, 5251-5255 (2012).

6.J. P. Steringer, W. Nickel, A direct gateway into the extracellular space: Unconventional secretion of FGF2 through self-sustained plasma membrane pores.Semin Cell Dev Biol83, 3-7 (2018).

7.T. Schafer et al., Unconventional secretion of fibroblast growth factor 2 is mediated by direct translocation across the plasma membrane of mammalian cells.J Biol Chem279, 6244-6251 (2004).

8.V. Malhotra, Unconventional protein secretion: an evolving mechanism.EMBOJ 32, 1660-1664 (2013).

9.J. M. Duran, C. Anjard, C. Stefan, W. F. Loomis, V. Malhotra, Unconventional secretion of Acb1 is mediated by autophagosomes. J Cell Biol 188, 527-536 (2010).

10.A. Rubartelli, F. Cozzolino, M. Talio, R. Sitia, A novel secretory pathway for interleukin-1 beta, a protein lacking a signal sequence.EMBOJ 9, 1503-1510 (1990).

11.N. Kayagaki et al., Caspase-11 cleaves gasdermin D for non-canonical inflammasome signalling.Nature526, 666-671 (2015).

12.J. Shi et al., Cleavage of GSDMD by inflammatory caspases determines pyroptotic cell death. Nature 526, 660-665 (2015).

13.C. L. Evavold et al., The Pore-Forming Protein Gasdermin D Regulates Interleukin-1 Secretion from Living Macrophages. Immunity 48, 35-44 e36 (2018).

14.G. Schatz, B. Dobberstein, Common principles of protein translocation across membranes.Science271, 1519-1526 (1996).

15.P. A. Verhoef, M. Estacion, W. Schilling, G. R. Dubyak, P2X7 receptor-dependent blebbing and the activation of Rho-effector kinases, caspases, and IL-1 beta release.J Immunol170, 5728-5738 (2003).

16.N. Dupont et al., Autophagy-based unconventional secretory pathway for extracellular delivery of IL-1beta.EMBOJ 30, 4701-4711 (2011).

17.M. Zhang, S. J. Kenny, L. Ge, K. Xu, R. Schekman, Translocation of interleukin-1beta into a vesicle intermediate in autophagy-mediated secretion.Elife4, (2015).

18.C. Semino, S. Carta, M. Gattorno, R. Sitia, A. Rubartelli, Progressive waves of IL-1beta release by primary human monocytes via sequential activation of vesicular and gasdermin D-mediated secretory pathways.Cell death & disease9, 1088 (2018).

19.L. Ge, D. Melville, M. Zhang, R. Schekman, The ER-Golgi intermediate compartment is a key membrane source for the LC3 lipidation step of autophagosome biogenesis.Elife2, e00947 (2013).

相關焦點

  • 生命學院葛亮課題組發文報導蛋白非經典分泌過程關鍵步驟
    的研究論文,首次報導了非經典分泌過程中的蛋白跨膜轉位機制。分泌蛋白通常具有N端信號肽序列以指導新生多肽鏈進入內質網(endoplasmic reticulum,ER)被加工、修飾,之後被運輸到高爾基體(Golgi apparatus)經過進一步的加工,最終抵達細胞質膜並被釋放到細胞外,這一過程被稱為經典分泌途徑。
  • 古樹新芽亦爭春,蛋白質組學深入揭示囊泡運輸的重要機制
    值得一提的是,此文是一篇值得借鑑的經典案例,研究者以前人重要研究理論為依據,充分藉助最新的蛋白質組學技術從而更進一步發掘並闡明了囊泡運輸的機制,最終研究成果再一次發表在高水平學術期刊上。 細胞中大多數分子都很龐大,無法直接穿過細胞中的膜結構。這些分子的運輸需要依賴一種叫囊泡的細胞結構——這種有膜包被的小型泡狀結構能夠將待運輸的分子包裹起來,送到目的地並釋放。在「細胞碼頭」中,這些「貨櫃」的吞吐量是驚人的。
  • 專家點評Cell Research丨中山大學團隊發現新的外泌體通路
    ESCRT分選泛素化的EGFR進入MVEs形成ILVs來促進EGFR的溶酶體降解,是MVE通路上膜蛋白分選進入內體溶酶體降解的經典模型。事實上,EGFR在多種癌症中經常積累並伴隨著突變,並且存在於癌細胞系和癌症病人血清來源的外泌體中。
  • The Inner Life of A Cell
    這種粘附刺激白細胞並引發了細胞內的級聯通訊反應。磷脂雙分子層的內葉在構成上與外葉有很大不同。一些蛋白質橫貫質膜,其它則通過共價連接脂肪酸或一個與膜蛋白的非共價作用將自己錨定在內葉上。膜與蛋白的聯合體是跨膜信號傳遞中至關重要的部分。
  • Cell:科學家解析囊泡運輸機制
    然而不論大小,這些軸突似乎都利用了相似的分子馬達在相似的微管軌道上運作傳送囊泡貨物。在近期發表在《細胞》Cell雜誌上的一篇論文中,來自法國國家衛生研究院(INSERM)的研究人員證實,這些馬達的主要能量來源或許並非傳統認為的是線粒體,供給這些馬達動力的ATP似乎是來自囊泡附帶的糖分解機器——GADPH(甘油醛-3-磷酸脫氫酶)。
  • 植物胞質分裂中成膜體的動態調控及囊泡運輸機制
    研究植物胞質分裂過程中囊泡運輸的分子機制。對於了解植物的形態建成具有重要的意義。來源於高爾基體和反式高爾基體網絡的囊泡攜帶細胞壁物質、蛋白質和脂質運向新生細胞板位置,互相融合形成早期細胞板。隨後早期細胞板向兩端擴張並與母細胞壁融合,經過修飾後形成成熟細胞板。以微管骨架為主要成分的成膜體,作為細胞板囊泡運輸的軌道和細胞板組裝的「腳手架」參與了這一過程。
  • 郭玉松團隊揭示平面細胞極化核心蛋白從內質網輸出的分子機制
    PCP的建立受一組進化保守的PCP核心蛋白調控,包括跨膜蛋白Frizzled以及鈣粘蛋白EGF LAG七次跨膜G型受體家族成員(Celsr)【1】。新合成的跨膜的PCP核心蛋白沿著分泌轉運途徑被傳遞至質膜,而後在質膜上執行其生理功能。目前,調節PCP核心蛋白在分泌轉運途徑中的運輸的分子機制還大部分未知。
  • 囊泡運輸分子機制研究獲重大進展—新聞—科學網
    細胞內的運輸系統將大量需要運輸的物質分揀、包裝到膜狀的囊泡結構中,利用動力蛋白(又稱為分子馬達molecular motor)水解ATP產生的能量驅動囊泡在微管或微絲細胞骨架充當的軌道上移動,高效精確地將各種貨物定向運輸到相應的亞細胞結構發揮生理功能。囊泡運輸分為幾個環節:貨物識別、沿著微管軌道運輸以及貨物卸載。
  • 物質跨膜運輸的方式
    這叫做協助擴散,如,葡萄糖進入紅細胞就是這種方式。鑲嵌在細胞膜上的協助物質進出細胞的特殊蛋白質稱為載體蛋白。載體蛋白具有以下特點:(1)專一性:載體蛋白具有與底物(溶質分子)特異性結合的位點,對底物具有高度選擇性,每種載體蛋白能與特定的溶質分子結合,所以每種載體蛋白通常只轉運一種類型的分子。
  • 魏偉等開發活體內分析特定細胞類型的分泌蛋白組技術
    然而,生物信息學方法僅能推測由經典分泌途徑(內質網-高爾基體-囊泡)分泌的蛋白,漏掉非經典途徑分泌的蛋白;體外培養的細胞無法模擬體內的生理條件;非天然胺基酸整合入內源蛋白質方法未證明在哺乳動物中成功標記分泌蛋白。
  • 小知識:細胞器之間協調配合(以分泌蛋白為例)
    分泌蛋白:在細胞內合成後,分泌到細胞外起作用的蛋白質,例如消化酶、抗體、蛋白質類激素等。分泌蛋白的合成、加工、運輸與分泌過程:①線粒體功能;②附著在內質網上的核糖體是合成場所;③內質網初步加工場所;④囊泡負責運輸;⑤高爾基體進行進一步加工;之後包裹著蛋白質的囊泡與細胞膜融合,將蛋白質分泌到細胞外。
  • 趙瑚團隊揭示牙周膜幹細胞激活的分子機制
    由於缺乏可靠的體內標記和小鼠模型,我們對體內PDLSCs的定位、定量、生物學特性以及調控機制所知甚少。,並提出生理咬合力通過調節牙槽骨細胞Sclerostin蛋白的分泌,影響Gli1+細胞中經典Wnt信號通路的強度,進而調控Gli1+幹細胞的激活。
  • 專題1:細胞的分子組成及結構
    細胞的分子組成及結構是中學生物學知識的基礎,也是高考高頻考點。遺傳物質主要儲存在細胞核內,基因轉錄主要在細胞核內進行,A項正確;線粒體基質中進行有氧呼吸的第二階段,丙酮酸和水反應生成二氧化碳和[H],有氧呼吸的三個階段都有ATP的生成,B項正確;分泌蛋白合成的場所是核糖體,加工的場所是內質網和高爾基體,C項錯誤;溶酶體中含有水解酶,可以分解從外界進入細胞內的物質及細胞內損傷或衰老的細胞器,D項正確。
  • Cell | 細菌鞭毛馬達「定子」單元的分子機制
    值得注意的是,原核生物旋轉分子馬達的「定子家族」是除了ATPase家族外,唯一一個用跨膜離子濃度梯度而不是ATP產生機械動力的馬達分子,而其中MotAB則是這類「定子家族」中功能研究最深的典型【2】。但是,對其中的作用機制卻不像ATPase那樣被研究的非常透徹。因此至今,對MotAB和其他原核定子單元如何工作的分子機制仍然不清楚。
  • Developmental Cell:中科院研究進展:揭示囊泡轉運中相關分子機理
    分子重塑細胞膜機理的最新研究成果。孫飛等人以ACAP1(ArfGAP with coiled coil, ANK repeat and PH)的BAR-PH結構單元為研究對象,通過冷凍電鏡、X射線晶體學、分子動力學、生物化學和細胞生物學等多種技術手段,發現該結構單元在胞吞再循環過程中採用了不同於之前已知的兩類細胞膜重塑機制,並對該機制的詳細分子機理進行了解析。
  • Cell:纖毛G蛋白偶聯受體與細胞外囊泡之間的信號轉導調控
    通過維持其自身的第二信使環狀AMP(cAMP)和Ca2+的濃度,纖毛為信號分子提供了獨特的反應條件,這些信號分子在通路激活時動態進入和離開纖毛。例如,Hedgehog通路的激活觸發G蛋白偶聯受體(GPCR)GPR161的纖毛出口(ciliary exit),導致的纖毛體cAMP水平的降低促進隨後的信號傳導步驟。
  • 【重磅綜述】衰老過程中經典和非經典的細胞間通訊
    二、SASP:經典和非經典細胞間通訊SASP是一種衰老細胞特有的細胞間通訊手段。經典的SASP以衰老細胞分泌可溶性因子、生長因子和ECM重構酶為特徵。然而,新發現的SASP和其他被稱為非經典的細胞間通訊手段也在機體衰老和細胞衰老中被描述。在這裡,作者回顧了經典、新發現的和非經典SASP的現有知識。
  • 液泡膜是選擇透過性膜?
    細胞質與液泡相隔處還有一層薄膜,稱為液泡膜。它的組成和特性與細胞質膜相同。生物膜均是由磷脂分子構成的,都具有選擇透過性,所以細胞膜和液泡膜也一樣具有選擇透過性。  1知識拓展  液泡是由單層膜與其內的細胞液組成的。主要存在於植物細胞中。
  • 生物絕緣跨膜分子線的晶體結構
    生物絕緣跨膜分子線的晶體結構 作者:小柯機器人 發布時間:2020/4/19 20:53:15 英國東英吉利大學Thomas A.