日本水石一般都會裝置在壁龕裡。如下圖所示，有一方置於水盤中的石頭放在壁龕裡的桌子上，牆壁上掛著一幅捲軸畫。水石會把山水之美表現在壁龕的空間裡，以此為入口給人以深深的感受與感慨，可以說是心靈的藝術。
可以說，水石與其他日本傳統文化藝術有著深層次的聯繫，特別是與禪、東洋哲學、茶道、插花、日本庭園、水墨畫等有著密切的關聯。當然，其和盆景的關係也非常之深。作為表現季節感的一種手段，在水石旁邊放置綠植和盆景也是基本而常見的樣式。如下圖所示，這方水石，放置了綠植。若加上這個，需要注意的地方就是石頭和配飾之間的方向及位置關係。務必要使其和諧統一、相得益彰。
在上圖中，水石居左，綠植居右。理由是，石頭的形狀是左邊高，因此將綠植擺在右邊與之遙相呼應。如果反過來放置的話，整體的平衡就會被打破。
水石的放置方法主要有兩種：一個是使用水盤的方法，即在桌子上放置水盤，然後鋪上沙子放置石頭。第二種是不使用水盤和沙子，而是將石頭放在木製的臺座上，然後置於臺子或桌子上。
這兩種方法並無優劣之分，而是需要根據石頭的形狀、顏色以及所構建的整體氛圍進行選擇，或者按照個人的喜好來決定。但是，茅屋石、象形石等並不適合在水盤上欣賞，而是更宜於在臺座上欣賞。
在這裡需要強調兩點：如果不是用臺座而是用水盤裝飾石頭的話，請一定要把沙子鋪在水盤上，然後把石頭放在上面，不要把石頭直接放在水盤上；如果用臺座來置放水石的話，請一定要放在桌子上，不要直接放在地板上。
如果將石頭放在水盤上，請考慮石頭與水盤整體的比例平衡來進行擺放。比如太大的石頭不能放在較小的水盤裡，那樣就感覺不到景物的擴展；而小石頭也不宜放在太大的水盤裡，那樣同樣會比例不協調，而產生不了好的效果。與此同時，置放水盤和臺座的桌子同樣要考慮大小比例，以達到與平衡。
文：摘譯自日本水石協會網，圖：日本水石協會及日本小品盆栽網