利用這個套路,環狀RNA輕鬆發4.5分SCI

2021-02-12 SCI狂人

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本次分享的文章套路主要是利用GEO數據挖掘選出一個表達上調的環狀RNA(GEO2R做差異分析)，然後收集臨床樣本、細胞實驗進行驗證。文章發表在Biomedicine & Pharmacotherapy，Biomedicine & Pharmacotherapy目前最新的影響因子為4.545，令人遺憾是的這個期刊需要支付USD 2660，如果有朋友對這個期刊比較感興趣的話，可以點擊連結：https://www.elsevier.com/journals/biomedicine-and-pharmacotherapy/0753-3322/open-access-journal進行更加詳細的了解。

文章題目：Increased expression of circRNA_102231 in lung cancer and its clinicalsignificance

全文下載方式：打開網址https://sci-hub.se/輸入上面的標題即可找到文章並且可以免費下載全文。

文章套路內容主要如下：

1、查找GEO數據，利用GEO2R進行差異分析

2、收集臨床樣本，進行qRT-PCR驗證，進行相關分析

3、一系列的細胞實驗驗證（CCK-8 assay、Colony formation assay、Wound-healing assay、Transwell invasion assay）

本文章比較難的就是收集臨床樣本和需要經費，需要有條件、有一定經費的課題組才能完成。

往期內容：

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  • circNet:人類環狀RNA資料庫
    >從SRA資料庫中收集了來自26個不同組織，共464個樣本的RNA_seq數據，利用find_circ軟體預測其中的環狀RNA,共預測到212950個環狀RNA,和circBase資料庫相比，其中有53687個是新的環狀RNA
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  • 太厲害了,利用TCGA數據發了12分的SCI
    有的人利用TCGA數據發了1-2分的SCI；有的人利用TCGA數據發了3-5分的SCI；現在有人利用TCGA數據發了12的SCI。這篇文章發表在Nat Commun上，該期刊屬於Nature子刊，影響因子：12.121，中科院分區：1區。
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    sci期刊可以快速發論文嗎？當然可以。一個領域的sci期刊，都不止一本，每本sci期刊都有其既定的發行周期和排刊要求，只要投稿發表的論文水平與投稿的sci期刊要求一致，就能夠比較順利的安排發表，否則會耽誤不少的時間。
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    研究人員結合基因組學和轉錄組學的方法分析了神經母細胞瘤（一種起源於兒童期的由交感神經系統原始細胞產生的腫瘤）中的染色體外環狀DNA的圖譜，鑑定並表徵了廣泛來源於體細胞的和未被報導的體外染色體環狀DNA。此外，還意外發現染色體外環狀DNA是體細胞基因組重排的主要來源，可以通過嵌合體循環和將環狀DNA重新整合進線性基因組，促進癌基因重塑。
  • 環狀RNA常用資料庫使用介紹
    歡迎個人轉發到朋友圈，公眾號、自媒體、網站等媒體轉載請聯繫授權，circRNA@163.com充分利用環狀RNA相關的在線資料庫，
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    研究者利用RNA pull down的手段，鑑定到與Mexis互作的蛋白DDX17。DDX17可以與Abca1的增強子結合，促進Abca1的轉錄。DDX17的缺失導致Abca1表達量下降。而敲低Mexis後，DDX17結合Abca1增強子的能力明顯變弱。說明Mexis可以通過結合DDX17促進其對Abca1增強子的控制。
  • 【分子克隆專題】環狀RNA
    ②外顯子-內含子環狀RNA（EIciRNA）是一種外顯子和內含子同時環化的RNA。內部重複序列可能在其生成過程中發揮重要作用，它們可能與EcircRNA類似（圖1）。③來源於內含子的環狀RNA（CiRNAs）：由內含子環化形成（圖2）。
  • 「大頭兒子」與環狀RNA
    如果我們能人為幹預這個過程，一些不可能治療的疾病，也就有可能獲得一種簡單的解決方案。  這一切和大頭兒子以及環狀RNA又有何關係？科學家們發現，哺乳類動物大頭的發育基礎之一，依賴一種被稱為微RNA-7的分子，如果沒有它在關鍵時刻抑制某些基因的表達，哺乳類動物就無法得到它們賴以稱霸世界的智力。在實驗室中把正在發育的大腦皮層中的這類RNA幹掉，你就會得到一隻小頭老鼠。