東非第三個可以列入先驅行列的傳教團體，是聖神會神父同聖心會修女聯合組成的傳教團。他們也來到了桑給巴爾，那時天主教徒在桑給巴爾已經辦了兩所醫院，一所收歐洲海員，一所收非洲人，另外還辦有一所小學和一所技術學校。不過，聖神會的傳教團只打算把桑給巴爾當作個補給站，1868年，該會在大陸上的巴加莫約建立了總部。
這個村子專門收容解放奴隸，其中絕大多數是從奴隸販子手裡買下來的，他們在這裡依靠自己的勞動，自己解決習藝期間的一部分生活費用。負責人霍納神父認為，在習藝期間每人可以支取五個英鎊，這也就夠他們獨立生活了。期滿以後，就替他們結婚成家，然後打發他們到一個基督教村子裡去安家落戶（這種村子都是作為基督教的據點而在內陸建立起來的）。有好幾百人就這樣得救而成了自由人，信了基督教，而且還過上了順順噹噹的莊稼生活。
巴加莫約猶如黑夜中的一支火炬。那裡的非洲人丟掉了掘土的木棒，學會了用犁耕地，第一次種起咖啡樹來。他們進了基督教以後，把許多由迷信引起的恐懼也拋在九雲外了。弗裡爾敦同大學傳教團和聖神會一樣，英國行教會也很關懷解放奴隸，他們故意把他們的村莊弗裡爾敦建立在蒙巴薩附近。這在一些家奴和奴隸主中間影響極大，蒙巴薩的阿拉伯人深為不安，發非把那幫傳教士的肝挖出來煮湯不可。就在桑給巴爾完全廢止奴隸制度前不久，教友會也出於對奴隸的關懷，在奔巴島上建會布道。
另外兩個早期的傳教會建立在沿海或沿海附近的早期傳教會還有兩家。一家是在1876年來到裡貝的聯合循道公會，另一家是利文斯敦年輕時參加過工作的倫敦會。一年以後，倫敦會同意收受一筆五千英鎊的捐款，用以購買一艘輪船，在坦噶尼喀湖上開展活動。這個傳教團運氣不好，死了不少人員，最後就遷到了北羅得西亞。不過，他們決定在坦噶尼喀湖開展工作，卻是很有意思的。
理由有三點：第一，這標誌著東非的傳教工作發生了變化，逐步向內陸遷移。第二，尼亞薩湖和坦噶尼喀湖之間由此就發生了聯繫，這也是促使羅得斯佔領北羅得西亞的因素之一。這種傳教活動和政治之間的聯繫，在十九世紀末葉的東非史上是頗有代表性的。第三，倫敦會收到五千英傍捐款，而英國行教會也同樣收到五千英鎊捐款，附帶的條件是要在烏幹達開展傳教工作，如此巧合確實奇怪。
探險家斯坦利剛寫信來報告說基督教傳教土在烏幹達大有可為，三天之後英國行教會就收到了這筆捐款。就憑了這筆捐款，該會的一小隊傳教士長途跋涉前往烏幹達；天主教傳教士也隨即跟上，不過這批傳教士是另一個教會的，他們屬拉維熱裡紅衣主教創辦的白衣神父會。天主教會的傳道事業能在東非迅速發展，都是靠了這位紅衣主教，因為非洲的貧困深深的打動了他的心。
他發展教會的雄心可也是漫無止境的，所以天主教和耶穌教的傳教團不久就在烏幹達發生了劇烈的摩擦，而他們雙方都還遇到了也在竭力發展信徒的穆斯林的競爭。最後，幾方面的信徒之間就發生了一場「宗教戰爭」。