細胞內包裹的異常物質，通常稱為包涵體(inclusion)。常見的是核內包涵體，即在細胞核內固有結構之外的其他物質，最多見的是細絲狀、片狀、結晶狀或無定形的蛋白質包涵體。有時在細胞質內也可以看到包涵體。看到核內包涵體，要注意區分其真假包涵體。
病毒感染時相當可靠的診斷標誌是病毒包涵體。病毒在增殖過程中，常在宿主細胞內形成一種蛋白質性質的病變結構，即包涵體，一般是由完整的病毒顆粒或尚未裝配的病毒亞基聚集而成，少數則是宿主細胞對病毒感染的反應產物，不含病毒粒子。在光學顯微鏡下，包涵體多為圓形、卵圓形或不定形。病毒性核內包涵體周圍通常有空暈，形成所謂鷹眼樣表現，以巨細胞病毒(CMV)感染最為典型，而腫瘤性包涵體沒有這種現象。受到病毒感染的細胞不限於巨噬細胞，內皮細胞、上皮細胞等也可受累。
有些病毒僅形成胞質內包涵體，如呼吸道合胞病毒、SARS冠狀病毒，HBV在胞質內形成包涵體，使肝細胞呈毛玻璃樣。天花病毒、狂犬病病毒、副流感病毒、腮腺炎病毒、呼吸道合胞病毒、呼腸孤病毒(Reovirus)、脊髓灰質炎病毒，均可在胞質內形成嗜酸性包涵體。
有的病毒在胞質和胞核內都可以形成包涵體，如CMV主要形成核內包涵體，有時在胞質內也可以見到小包涵體。因被感染細胞變大，核內和胞漿內出現包涵體，故又稱巨細胞包涵體病。麻疹病毒包涵體也見於胞質和胞核內，均為嗜酸性。
有些病毒僅在胞核內形成包涵體。如單純皰疹病毒(HSV)胞核內嗜酸性染色的包涵體，水痘-帶狀皰疹病毒感染也於上皮細胞核內形成嗜酸性包涵體；腺病毒則形成嗜鹼性包涵體。
有的包涵體還具有特殊名稱，如天花病毒包涵體叫顧氏（Guarnieri）小體。狂犬病病毒在腦神經細胞胞質內形成嗜酸性的包涵體，又叫「內基氏小體」(Negri body)。傳染性軟疣的病毒包涵體比較醒目，叫做軟疣小體。
核內包涵體常常很少，在光鏡下不易發現。用免疫組化標記有助於發現和鑑別包涵體的性質。①用上皮細胞、組織細胞、內皮細胞或淋巴細胞等標記識別含有包涵體的細胞屬性；②用不同病毒的抗體識別各種病毒，具有特異性，易於發現包涵體並能鑑別病毒類型，其炎症背景也有助於排除腫瘤。有些特殊染色也有助於鑑別病毒包涵體，如Giemsa染色法可顯示多種病毒包涵體:SARS病毒包涵體於肺細胞胞漿中呈現鮮紅色；合胞病毒、CMV包涵體於肺組織的細胞核內，在沒有形成包涵體前呈鮮紅色，形成包涵體後呈深紫色至藍色。電鏡檢查對確認病毒感染更有其獨到的作用。