基因晶片(DNA晶片)是遺傳分析領域的重要工具。常用的DNA晶片都是將DNA探針分子固定在固態基片上,因此往往會受到固液界面反應效率的限制。最近,中科院上海應用物理研究所物理生物學實驗室和上海交通大學Bio-X研究院的研究人員合作,發展了一種基於DNA納米技術的液態DNA晶片,可以在溶液中的納米級「中國地圖」表面實現DNA雜交反應,並實現可尋址的高靈敏基因檢測。相關論文已發表於材料領域著名雜誌《先進材料》 (Advanced Materials, 2010, 22, 2672-2675)。
DNA納米技術是近年來新興的前沿交叉領域,宗旨是利用DNA分子卓越的自組裝和識別能力,將其作為一種納米材料實現精確的自底向上的納米構築。2006年,加州理工學院的Rothemund博士發展出了DNA摺紙術(Nature 2006),被譽為DNA納米技術領域的一個重要裡程碑。理論上,DNA摺紙術可以用DNA分子設計任意形狀的圖形和三維結構,已在構築DNA分子計算機、DNA分子機器、生物傳感器和生物晶片等方向發揮了重要作用。DNA摺紙術的一個重要應用是美國亞利桑那州立大學的顏顥教授(上海應用物理所客座研究員)首先提出在對稱的DNA方塊上進行RNA的雜交檢測(Science 2008),從而實現了DNA納米技術向生物領域的回歸。
2003年,DNA計算合作組在上海市科委支持及賀林院士的創導和領導下成立了。DNA摺紙術問世之後該合作組迅速以此為切入口,發揮生物、納米、計算等多學科交叉的優勢,完成了將DNA摺紙術從最初的對稱圖形到不對稱圖形的設計,並在賀林、樊春海、胡鈞等指導下,由錢璐璐博士「繪製」了基於DNA摺紙術的納米尺度「中國地圖」(《科學通報》2006),成為該領域第二個發表的重要工作。
在此基礎上,該合作組的張釗博士充分利用地圖的不對稱性和可尋址的特點,實現了無需編碼索引而空間可尋址的液相DNA納米晶片,並通過原子力顯微鏡技術實現納米晶片的信號輸出。同時,張釗等又通過在「中國地圖」表面引入鏈置換反應,增加了DNA雜交過程的特異性,從而實現對單鹼基變異性的高特異性分辨,這為基於單鹼基多型性的遺傳分析提供了一個新的納米工具,相關論文已發表於納米領域重要雜誌
Small(2010, 6, 1854-1858),並被選為當期的Frontispiece論文。(來源:上海應用物理研究所)
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