鯨魚屬於海生哺乳動物，是地球現存最大的動物，是由陸生脊椎動物回到海洋中生活而演化出來的。因此，鯨魚最近的陸地親屬是哺乳動物。由於古鯨化石記錄極其稀少, 鯨的起源和演化一直是個進化之謎。對此, 著名古生物學家辛普森(G.G. Simpson, 1902～1984)的解釋是, 鯨在海洋中進化的時間太長了, 以至未保留下任何有關其祖先的信息。
20 世紀的50年代, 美國科學家博伊登(Alan Boyden) 等利用抗原、抗體反應的方法進行鯨類起源與進化的研究, 發現在現存的動物中, 鯨與偶蹄目哺乳動物的親緣關係最近。但是，一直沒有化石證據的支持。直到1997 年, 美國密執安大學的古生物學家菲利普·D·金格裡奇(Philip D. Ging erich )才在巴基斯坦5000萬年前的始新世地層中發現了1件陸生鯨化石，並命名為巴基鯨，證明了鯨類是從陸生哺乳動物起源的。從而，揭開了鯨類的演化歷程的秘密。
鯨魚生活在海洋中，一般都在深海活動，因此它們的化石很少被發現。古生物學的研究表明, 所有生存於古近紀(約6500～5500萬年前)的哺乳動物都是陸生的，因此水生的鯨類的演化一定開始於5500萬年的始新世以後，而在陸地上可考察範圍的始新世以後的海相地層與古生代和中生代的海相地層比起來要少很多。新生代以來的海相地層大部分還都在海下，不像陸地上那樣容易考察，因此發現鯨類化石的機會也不多。
但是由於板塊運動，印度板塊在新生代期間開始向歐亞板塊漂移，印度板塊和歐亞板塊之間的古特提斯海越來越小，直至封閉，隆起形成喜馬拉雅山脈。在印度板塊向歐亞板塊漂移的過程中，將古特提斯海的海底擠壓出海面，然後又隆起成山。於是，新生代的海底地層就被託到了地表，海洋也消失了，變成了陸地。就使得科學家能夠認真考察新生代期間，從而發現一系列鯨魚化石，使我們終於了解到了鯨魚從陸地動物向海洋動物演化的傳奇歷程。這就是為什麼大部分鯨魚由陸地向海洋演化過程中的化石都在巴基斯坦及周邊地區發現的原因。