EmpiReS:可變剪切差異分析

2021-02-15 茶與生信

EmpiReS: Differential Analysis of Gene Expressionand Alternative Splicing

儘管絕對定量在高通量測量中具有挑戰性，但條件之間的特徵變化通常可以高精度確定。因此，倍數變化的分析是標準方法，但是通常需要對變化的變化進行雙重差分分析。差異性可變剪切是雙重差異性分析的一個例子，即，基因的不同同工型在條件之間的倍數變化。EmpiRe是一種基於生物學對象適當特徵的倍數變化的各種組學數據的定量方法。這些倍數變化的經驗誤差分布可從「重複測量」中估算出來，並用於量化特徵倍數變化及其方向。我們使用模擬數據評估EmpiRe檢測應用於RNA-Seq的差異表達基因的性能。在幾乎相同的召回水平下，它比已建立的工具具有更高的精度。此外，我們通過無分布模擬和經過實驗驗證的剪接事件，通過亞型倍數變化（EmpiReS）的變化，評估了選擇性剪接基因的檢測。EmpiReS為基於不同生物學數據集的仿真提供了最佳的精度調用值。我們建議EmpiRe（S）作為一種通用的，定量的，快速的方法，具有很高的可靠性，並且在（雙）差分分析中靈敏度和精度之間具有良好的平衡。

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