新型冠狀病毒RdRp-nsp7-nsp8聚合酶複合物2.9Å解析度電子顯微結構（Coulomb potential map）。螺旋狀分子為類比同類機制聚合酶判斷的RNA模版鏈（灰色）與新生鏈（紅色）的位置和走向；瑞德西韋預期以效應分子（GS-443902）的形式結合於催化反應中心阻斷RNA合成（右下插圖）；背景為新型冠狀病毒冷凍電子顯微照片及聚合酶複合物處於不同視角下的分子形態。
近日，「上海科技大學—清華大學抗新冠病毒聯合攻關團隊」率先在國際上成功解析新型冠狀病毒「RdRp（RNA依賴的RNA聚合酶）-nsp7-nsp8複合物」近原子解析度的三維空間結構，揭示了該病毒遺傳物質轉錄複製機器核心「引擎」的結構特徵，為開發針對新冠肺炎的藥物奠定了重要基礎。
3月17日，相關論文成果的預印本以「Structure of RNA-dependent RNA polymerase from 2019-nCoV, a major antiviral drug target」為題在線發表於BioRxiv（一個生物科學的開放式預印本存儲庫，相關論文未經同行評議）。
新冠肺炎疫情爆發以來，迅速在世界範圍內擴散流行，短時間內對世界各國造成了巨大衝擊，對全人類產生了空前的影響。因此，針對新型冠狀病毒的藥物靶點研究以及新藥的研發迫在眉睫。
新型冠狀病毒在入侵細胞後，便開始大量複製；而病毒的RNA依賴的RNA聚合酶（RdRp，也被稱為nsp12）在病毒的遺傳物質—RNA的合成過程中起著至關重要的作用。以RNA聚合酶為核心，病毒會巧妙地利用其它輔助因子（如nsp7/nsp8等）組裝一臺高效的RNA合成機器，進行自我複製。RNA聚合酶作為這臺複製機器的核心部件，是最重要的抗病毒藥靶之一。破壞該核心設備的功能，就能阻止病毒的複製，最終達到治療的目的。而瑞德西韋恰恰就是一個靶向RNA聚合酶的前藥，當藥物進入人體，通過代謝後，其最終產物就直接靶向抑制病毒的RNA聚合酶。
瑞德西韋被認為是一個在新冠肺炎的治療中頗具前景的臨床藥物。目前，瑞德西韋臨床試驗已在中國開展，由中日友好醫院、中國醫學科學院藥物研究所牽頭，在武漢金銀潭醫院等多家抗疫一線醫院中進行，計劃入組761例患者，結果預計在4月27日公布。但是，由於缺乏新型冠狀病毒RNA聚合酶的三維結構信息，瑞德西韋如何精確靶向病毒RNA聚合酶的機制尚不明確，這是當前針對該靶點開展更有效的抗病毒藥物開發及應用的重要障礙之一。
饒子和院士研究團隊自從2003年SARS冠狀病毒爆發以來，就一直致力於冠狀病毒關鍵藥靶的研究以及抗病毒新藥的研發。在這次新冠肺炎疫情襲來之初，饒子和、楊海濤教授等團隊，率先在國際上解析了首個新型冠狀病毒蛋白（主蛋白酶）與抑制劑複合物的高解析度三維晶體結構，並在臨床試驗藥物中發現了可以有效抑制新型冠狀病毒的抑制劑。在此基礎上，由饒子和、婁智勇教授、王權教授等組成「上海科技大學—清華大學抗新冠病毒聯合攻關團隊」，率先在國際上成功解析了新型冠狀病毒「RdRp-nsp7-nsp8」複製機器的三維空間結構，整體解析度達到2.9Å。
解析的複合物結構顯示，新型冠狀病毒的RNA聚合酶具有其它病毒RNA聚合酶的保守特徵，並含有套式病毒（nidovirus）的NiRAN特徵結構域；同時病毒RNA聚合酶與病毒的輔助非結構因子nsp7/nsp8組成了複製機器。令人興奮的是，研究人員還首次在新型冠狀病毒的RNA聚合酶的N端發現了一個獨特的「β發卡」結構域，這一結構域的發現為闡明新型冠狀病毒RNA聚合酶的生物學功能提供了新的線索。研究人員又通過對該原子解析度結構的深入分析，發現了新型冠狀病毒RNA聚合酶行使功能的關鍵胺基酸殘基，並通過與「C型肝炎病毒聚合酶ns5b-索非布韋效應分子」複合物結構進行比對，提出了瑞德西韋的效應分子（即代謝後的最終產物）抑制新型冠狀病毒RNA聚合酶的可能作用模式。
研究人員表示，這項研究首次精細描繪出了新型冠狀病毒「RdRp-nsp7-nsp8」複製機器的內部構造，並為瑞德西韋的效應分子如何精確靶向抑制複製機器的核心元件—病毒RNA聚合酶進而發揮藥效活性，提出了合理的機制解釋，這為深入研究新型冠狀病毒複製的分子機理奠定了重要的理論基礎，並為開發抗新冠肺炎的特效藥開闢了新途徑。
《中國科學報》從上海科技大學獲悉，為了方便科技工作者、特別是藥物研發人員分析使用，該研究的分子結構坐標數據已經投遞至蛋白質結構資料庫（PDB）, 編號為 6M71。
相關論文信息：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.16.993386v1
版權聲明：凡本網註明「來源：中國科學報、科學網、科學新聞雜誌」的所有作品，網站轉載，請在正文上方註明來源和作者，且不得對內容作實質性改動；微信公眾號、頭條號等新媒體平臺，轉載請聯繫授權。郵箱：shouquan@stimes.cn。