涵蓋全部細菌和古生菌的分類學
作者：
小柯機器人發布時間：2020/4/28 14:29:23
澳大利亞昆士蘭大學Donovan H. Parks研究團隊探究了細菌和古生菌域到物種的分類學。相關論文發表在2020年4月27日的《自然—生物技術》上。
研究人員通過使用公認的平均核苷酸同一標準來設定物種界限，解決了許多未知基因簇缺少種名這一局限，並提供了涵蓋所有公共可獲得細菌和古細菌基因組的物種簇。
與之前的平均核苷酸同一性研究不同，該研究選擇了一個代表性的基因組作為定義每個物種有效命名法的「類型」。在已知的24706個物種簇中，有8792個是已有報導其命名。研究人員為剩餘的15914個物種簇分配了佔位符名稱，以為越來越多的未研究物種的基因組提供名稱。
該研究為細菌和古細菌基因組提供了一個完整的域到物種分類學框架，這將促進對未知物種的研究並有利於科學成果的交流。
據了解，基因組分類資料庫是系統發育的、基於基因組的分類法，可為大約15萬個細菌和古細菌基因組提供從域到屬的等級歸一化分類。但是，基因組分類資料庫中大約有40％的基因組缺少物種名稱。
附：英文原文
Title: A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea
Author: Donovan H. Parks, Maria Chuvochina, Pierre-Alain Chaumeil, Christian Rinke, Aaron J. Mussig, Philip Hugenholtz
Issue&Volume: 2020-04-27
Abstract: The Genome Taxonomy Database is a phylogenetically consistent, genome-based taxonomy that provides rank-normalized classifications for ~150,000 bacterial and archaeal genomes from domain to genus. However, almost 40% of the genomes in the Genome Taxonomy Database lack a species name. We address this limitation by using commonly accepted average nucleotide identity criteria to set bounds on species and propose species clusters that encompass all publicly available bacterial and archaeal genomes. Unlike previous average nucleotide identity studies, we chose a single representative genome to serve as the effective nomenclatural 『type』 defining each species. Of the 24,706 proposed species clusters, 8,792 are based on published names. We assigned placeholder names to the remaining 15,914 species clusters to provide names to the growing number of genomes from uncultivated species. This resource provides a complete domain-to-species taxonomic framework for bacterial and archaeal genomes, which will facilitate research on uncultivated species and improve communication of scientific results.
DOI: 10.1038/s41587-020-0501-8
Source: https://www.nature.com/articles/s41587-020-0501-8