目和亞綱的分類，魚類和其他脊椎動物稍有不同，主要根據骨骼、鱗片和鰭等。科的確立依據主要是比較明顯且具有一定適應性的形態特徵。科的分布範圍一般相當廣泛，有些幾乎遍布全世界，如鯉科（Cyprinidae）種類在非洲、美洲、亞洲，歐洲都有分布，鯡科（Clupeidae）種類分布於太平洋、大西洋和印度洋各海域，是世界最重要的漁撈對象。其中的種類所適應的生境類型也較廣泛。而淡水的鯰科（Siluridae）種類只分布在歐洲和亞洲。
魨科（Tetraodontidae）魚類廣泛分布於太平洋、印度洋、大西洋的熱帶、亞熱帶及溫帶海洋中，少數屬分布到淡水河流中。但是有的科（單種科除外）分布也相對較狹窄，如鮡科（Sisoridae）只分布在亞洲南部和東南部諸國的淡水水域。屬的確立，多以共同形態為依據。這些特徵，有的可列為屬的依據，有的僅為種間區分的準繩，因此對它們的評價是具體分類工作中的一個關鍵性問題。目前進行屬的區分時，不單根據一個特徵，一般以特徵的綜合為依據，但在具體的分類工作中，不同學者間還是有不少分歧意見的，形成了兩個主要趨向：即主分派與主合派（或稱主並派）。
前者著重相近種間的鑑別，把它們分成較多的屬；後者卻著重種間的親緣關係，把它們分成較少的屬，甚至並為一個屬。目前多數人傾向主合派的主張，不過在種數過多的大屬中，當進行更細緻的分類時，常引用亞屬，使隸屬這一屬中的各種間的親緣關係更易於表達出來。屬的分布範圍較狹，一般限於一個大洲或相鄰的水繫上，其中一些種類也常棲息於同一水域的不同生境中。
種的確立，多是以生物學種的概念為依據的。眾所周知，物種概念歷來是系統生物學和進化研究中主要的爭論焦點之一，林奈時期，分類學家包括林奈本人完全拘泥於物種的模式概念，堅持物種不變論。達爾文則不然，由於他豐富的科學考察活動而積累的知識，使他認識到物種是在漫長的自然歷史發展過程中，由簡單到複雜、由低級到高級、由少到多不斷演變形成的，並在他的《物種起源》中，創立了「共同祖先」和「自然選擇」學說。
但是達爾文並沒有打破模式概念，直到20世紀40年代，進化系統學家通過對生物多樣性的進一步認識，逐漸對物種模式概念產生懷疑，才提出種群概念。此後物種概念才有了現代的意義，邁爾（Mayr，1953）定義：「種是相互配育的自然類群，這些類群與其他類群在生殖上互相隔離著。」他又在1969年修改為「物種是由居群（population）所組成的生殖單元，在自然界佔有一定的生境地位」。陳世驤（1987）補充為：「物種是由居群組成的生殖單元（和其他單元在生殖上有隔離），在自然界佔有一定的生境，在宗譜線上代表一定的分支。」
此概念包括四個標準，即居群組成、生殖隔離、生境地位和宗譜分支。這樣的概念融合了林奈和達爾文物種概念中的合理成分，標誌著系統生物學和進化基本原理認識水平的提高和發展，為分類鑑定指出了方向，為亞種分化和物種形成等研究開闢了新途徑。邁爾和陳世驤的物種概念，是生物學種概念。生物學種實質上是根據遺傳特徵而決定的種，又稱遺傳學種。物種是客觀存在的，是自然構成的，不是生物學家任意指定的。它具有上述的四個標準，又具有兩種屬性，即表型屬性和生殖屬性。表型屬性主要與適應和自然選擇有關，生殖屬性主要與遺傳和性選擇有關。表型屬性與生物軀體的分異、生長和維護有關。生殖屬性則涉及生物的生殖細胞、組織、器官及全部或者部分與生殖有關的軀體生理和行為方面。